+++ /dev/null
-package jalview.json.binding.v1;
-
-
-public class AppSettingsPojo
-{
- // private String globalColorScheme = "none";
-
-
-
- public AppSettingsPojo()
- {
-
- }
-
- //
- //
- // public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
- // {
- // for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
- // .values())
- // {
- // if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
- // {
- // // this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
- // this.settings.put("globalColorScheme", cs.getBioJsName());
- // break;
- // }
- // }
- // }
- //
- // public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
- // {
- // USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
- // null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
- // "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR("Taylor", "taylor",
- // new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE("Nucleotide",
- // "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
- // "Purine/Pyrimidine", "purine",
- // new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
- // "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
- // "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
- // "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
- // "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
- // "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
- //
- // // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
- // T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores", null), RNA_INT_TYPE(
- // "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
- // new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
- // "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
- // "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
- // "% Identity", "pid", new PIDColourScheme());
- //
- // private String jalviewName;
- //
- // private String bioJsName;
- //
- // private ColourSchemeI jvColourScheme;
- //
- // private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
- // String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
- // {
- // this.jalviewName = jalviewName;
- // this.bioJsName = bioJsName;
- // this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
- // }
- //
- // public String getJalviewName()
- // {
- // return jalviewName;
- // }
- //
- // public String getBioJsName()
- // {
- // return bioJsName;
- // }
- //
- // public ColourSchemeI getJvColourScheme()
- // {
- // return jvColourScheme;
- // }
- //
- // public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
- // {
- // this.jvColourScheme = jvColourScheme;
- // }
- //
- // }
-
-
-}