initSeqRefs();
JalviewModel jm = saveState(ap, null, null, null);
+ addDatasetRef(
+ jm.getVamsasModel().getSequenceSet().get(0).getDatasetId(),
+ ap.getAlignment().getDataset());
+
uniqueSetSuffix = "";
// jm.getJalviewModelSequence().getViewport(0).setId(null);
jm.getViewport().get(0).setId(null);