git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
extended Colour element with additional optional attributes for graduated colour
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Colour.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
index 689718b..fe36779 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  * \r
  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
@@ -47,6 +47,66 @@ public class Colour implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.lang.String _RGB;\r
 \r
+    /**\r
+     * Field _minRGB.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _minRGB;\r
+\r
+    /**\r
+     * loosely specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     */\r
+    private java.lang.String _threshType;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _threshold.\r
+     */\r
+    private float _threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _threshold\r
+     */\r
+    private boolean _has_threshold;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _max.\r
+     */\r
+    private float _max;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _max\r
+     */\r
+    private boolean _has_max;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _min.\r
+     */\r
+    private float _min;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _min\r
+     */\r
+    private boolean _has_min;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _colourByLabel.\r
+     */\r
+    private boolean _colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _colourByLabel\r
+     */\r
+    private boolean _has_colourByLabel;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _autoScale.\r
+     */\r
+    private boolean _autoScale;\r
+\r
+    /**\r
+     * keeps track of state for field: _autoScale\r
+     */\r
+    private boolean _has_autoScale;\r
+\r
 \r
       //----------------/\r
      //- Constructors -/\r
@@ -62,6 +122,91 @@ public class Colour implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
+     */\r
+    public void deleteAutoScale(\r
+    ) {\r
+        this._has_autoScale= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        this._has_colourByLabel= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMax(\r
+    ) {\r
+        this._has_max= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteMin(\r
+    ) {\r
+        this._has_min= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void deleteThreshold(\r
+    ) {\r
+        this._has_threshold= false;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean getAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean getColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Max'.\r
+     */\r
+    public float getMax(\r
+    ) {\r
+        return this._max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Min'.\r
+     */\r
+    public float getMin(\r
+    ) {\r
+        return this._min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'minRGB'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'MinRGB'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getMinRGB(\r
+    ) {\r
+        return this._minRGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'name'.\r
      * \r
      * @return the value of field 'Name'.\r
@@ -82,6 +227,98 @@ public class Colour implements java.io.Serializable {
     }\r
 \r
     /**\r
+     * Returns the value of field 'threshType'. The field\r
+     * 'threshType' has the following description: loosely\r
+     * specified enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ThreshType'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getThreshType(\r
+    ) {\r
+        return this._threshType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Threshold'.\r
+     */\r
+    public float getThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasAutoScale.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one AutoScale has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._has_autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasColourByLabel.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one ColourByLabel has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._has_colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMax.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Max has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMax(\r
+    ) {\r
+        return this._has_max;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasMin.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Min has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasMin(\r
+    ) {\r
+        return this._has_min;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method hasThreshold.\r
+     * \r
+     * @return true if at least one Threshold has been added\r
+     */\r
+    public boolean hasThreshold(\r
+    ) {\r
+        return this._has_threshold;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AutoScale'.\r
+     */\r
+    public boolean isAutoScale(\r
+    ) {\r
+        return this._autoScale;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.\r
+     */\r
+    public boolean isColourByLabel(\r
+    ) {\r
+        return this._colourByLabel;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
      * Method isValid.\r
      * \r
      * @return true if this object is valid according to the schema\r
@@ -129,6 +366,60 @@ public class Colour implements java.io.Serializable {
     }\r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'autoScale'.\r
+     * \r
+     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.\r
+     */\r
+    public void setAutoScale(\r
+            final boolean autoScale) {\r
+        this._autoScale = autoScale;\r
+        this._has_autoScale = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'colourByLabel'.\r
+     * \r
+     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.\r
+     */\r
+    public void setColourByLabel(\r
+            final boolean colourByLabel) {\r
+        this._colourByLabel = colourByLabel;\r
+        this._has_colourByLabel = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'max'.\r
+     * \r
+     * @param max the value of field 'max'.\r
+     */\r
+    public void setMax(\r
+            final float max) {\r
+        this._max = max;\r
+        this._has_max = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'min'.\r
+     * \r
+     * @param min the value of field 'min'.\r
+     */\r
+    public void setMin(\r
+            final float min) {\r
+        this._min = min;\r
+        this._has_min = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'minRGB'.\r
+     * \r
+     * @param minRGB the value of field 'minRGB'.\r
+     */\r
+    public void setMinRGB(\r
+            final java.lang.String minRGB) {\r
+        this._minRGB = minRGB;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'name'.\r
      * \r
      * @param name the value of field 'name'.\r
@@ -149,6 +440,29 @@ public class Colour implements java.io.Serializable {
     }\r
 \r
     /**\r
+     * Sets the value of field 'threshType'. The field 'threshType'\r
+     * has the following description: loosely specified\r
+     * enumeration: NONE,ABOVE, or BELOW\r
+     * \r
+     * @param threshType the value of field 'threshType'.\r
+     */\r
+    public void setThreshType(\r
+            final java.lang.String threshType) {\r
+        this._threshType = threshType;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'threshold'.\r
+     * \r
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.\r
+     */\r
+    public void setThreshold(\r
+            final float threshold) {\r
+        this._threshold = threshold;\r
+        this._has_threshold = true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
      * Method unmarshal.\r
      * \r
      * @param reader\r