jalview XML schema update for 2.4.1 (or 2.5?) introducing IDs for views and treepanel...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / DBRef.java
index a232298..4d67250 100644 (file)
@@ -1,26 +1,15 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
- * of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
- * GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
- * along with this program; if not, write to the Free Software\r
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-// ---------------------------------/\r
-// - Imported classes and packages -/\r
-// ---------------------------------/\r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
@@ -30,219 +19,201 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class DBRef implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _source.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _source;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _version.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _version;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _accessionId.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _accessionId;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _mapping.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public DBRef()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'accessionId'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'AccessionId'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getAccessionId()\r
-  {\r
-    return this._accessionId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'mapping'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Mapping'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping()\r
-  {\r
-    return this._mapping;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'source'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Source'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getSource()\r
-  {\r
-    return this._source;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'version'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Version'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getVersion()\r
-  {\r
-    return this._version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
+public class DBRef implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _source.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _source;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _version.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _version;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _accessionId.\r
+     */\r
+    private java.lang.String _accessionId;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _mapping.\r
+     */\r
+    private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public DBRef() {\r
+        super();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'accessionId'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'AccessionId'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getAccessionId(\r
+    ) {\r
+        return this._accessionId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'mapping'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Mapping'.\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping(\r
+    ) {\r
+        return this._mapping;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'source'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Source'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getSource(\r
+    ) {\r
+        return this._source;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Returns the value of field 'version'.\r
+     * \r
+     * @return the value of field 'Version'.\r
+     */\r
+    public java.lang.String getVersion(\r
+    ) {\r
+        return this._version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method isValid.\r
+     * \r
+     * @return true if this object is valid according to the schema\r
+     */\r
+    public boolean isValid(\r
+    ) {\r
+        try {\r
+            validate();\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+            return false;\r
+        }\r
+        return true;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param out\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final java.io.Writer out)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param handler\r
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
+     * marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     */\r
+    public void marshal(\r
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'accessionId'.\r
+     * \r
+     * @param accessionId the value of field 'accessionId'.\r
+     */\r
+    public void setAccessionId(\r
+            final java.lang.String accessionId) {\r
+        this._accessionId = accessionId;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'mapping'.\r
+     * \r
+     * @param mapping the value of field 'mapping'.\r
+     */\r
+    public void setMapping(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping) {\r
+        this._mapping = mapping;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'source'.\r
+     * \r
+     * @param source the value of field 'source'.\r
+     */\r
+    public void setSource(\r
+            final java.lang.String source) {\r
+        this._source = source;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Sets the value of field 'version'.\r
+     * \r
+     * @param version the value of field 'version'.\r
+     */\r
+    public void setVersion(\r
+            final java.lang.String version) {\r
+        this._version = version;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method unmarshal.\r
+     * \r
+     * @param reader\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.DBRef\r
+     */\r
+    public static jalview.schemabinding.version2.DBRef unmarshal(\r
+            final java.io.Reader reader)\r
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, reader);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
+     * object is an invalid instance according to the schema\r
+     */\r
+    public void validate(\r
+    )\r
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+        validator.validate(this);\r
     }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *                 marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *                 if this object is an invalid instance according to the\r
-   *                 schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *                 if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *                 if this object is an invalid instance according to the\r
-   *                 schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *                 marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'accessionId'.\r
-   * \r
-   * @param accessionId\r
-   *                the value of field 'accessionId'.\r
-   */\r
-  public void setAccessionId(final java.lang.String accessionId)\r
-  {\r
-    this._accessionId = accessionId;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'mapping'.\r
-   * \r
-   * @param mapping\r
-   *                the value of field 'mapping'.\r
-   */\r
-  public void setMapping(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping)\r
-  {\r
-    this._mapping = mapping;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'source'.\r
-   * \r
-   * @param source\r
-   *                the value of field 'source'.\r
-   */\r
-  public void setSource(final java.lang.String source)\r
-  {\r
-    this._source = source;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'version'.\r
-   * \r
-   * @param version\r
-   *                the value of field 'version'.\r
-   */\r
-  public void setVersion(final java.lang.String version)\r
-  {\r
-    this._version = version;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *                 marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *                 if this object is an invalid instance according to the\r
-   *                 schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.DBRef\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.DBRef unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.DBRef) Unmarshaller.unmarshal(\r
-            jalview.schemabinding.version2.DBRef.class, reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *                 if this object is an invalid instance according to the\r
-   *                 schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
 \r
 }\r