JAL-958 store normalised flag in jalview project
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / MappingChoice.java
index 176b64b..297ed89 100644 (file)
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
- */\r
-package jalview.schemabinding.version2;\r
-\r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-\r
-/**\r
- * Class MappingChoice.\r
- * \r
- * @version $Revision$ $Date$\r
- */\r
-public class MappingChoice implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _sequence.\r
-   */\r
-  private jalview.schemabinding.version2.Sequence _sequence;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _dseqFor.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _dseqFor;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public MappingChoice()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'dseqFor'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'DseqFor'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getDseqFor()\r
-  {\r
-    return this._dseqFor;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'sequence'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Sequence'.\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence()\r
-  {\r
-    return this._sequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'dseqFor'.\r
-   * \r
-   * @param dseqFor\r
-   *          the value of field 'dseqFor'.\r
-   */\r
-  public void setDseqFor(final java.lang.String dseqFor)\r
-  {\r
-    this._dseqFor = dseqFor;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'sequence'.\r
-   * \r
-   * @param sequence\r
-   *          the value of field 'sequence'.\r
-   */\r
-  public void setSequence(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Sequence sequence)\r
-  {\r
-    this._sequence = sequence;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.MappingChoice\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.MappingChoice unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.MappingChoice) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
-\r
-}\r
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
+ */
+
+package jalview.schemabinding.version2;
+
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
+
+/**
+ * Class MappingChoice.
+ * 
+ * @version $Revision$ $Date$
+ */
+public class MappingChoice implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _sequence.
+     */
+    private jalview.schemabinding.version2.Sequence _sequence;
+
+    /**
+     * Field _dseqFor.
+     */
+    private java.lang.String _dseqFor;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public MappingChoice() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'dseqFor'.
+     * 
+     * @return the value of field 'DseqFor'.
+     */
+    public java.lang.String getDseqFor(
+    ) {
+        return this._dseqFor;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'sequence'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Sequence'.
+     */
+    public jalview.schemabinding.version2.Sequence getSequence(
+    ) {
+        return this._sequence;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'dseqFor'.
+     * 
+     * @param dseqFor the value of field 'dseqFor'.
+     */
+    public void setDseqFor(
+            final java.lang.String dseqFor) {
+        this._dseqFor = dseqFor;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'sequence'.
+     * 
+     * @param sequence the value of field 'sequence'.
+     */
+    public void setSequence(
+            final jalview.schemabinding.version2.Sequence sequence) {
+        this._sequence = sequence;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled
+     * jalview.schemabinding.version2.MappingChoice
+     */
+    public static jalview.schemabinding.version2.MappingChoice unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.schemabinding.version2.MappingChoice) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.MappingChoice.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
+
+}