jalview XML schema update for 2.4.1 (or 2.5?) introducing IDs for views and treepanel...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / PdbentryItem.java
index 94de615..3dbc99c 100755 (executable)
@@ -1,21 +1,10 @@
 /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
- * of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
- * GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
- * along with this program; if not, write to the Free Software\r
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ * This class was automatically generated with \r
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
+ * Schema.\r
+ * $Id$\r
  */\r
+\r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
 /**\r
@@ -23,193 +12,181 @@ package jalview.schemabinding.version2;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class PdbentryItem implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _propertyList.\r
-   */\r
-  private java.util.Vector _propertyList;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public PdbentryItem()\r
-  {\r
-    super();\r
-    this._propertyList = new java.util.Vector();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vProperty\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addProperty(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._propertyList.addElement(vProperty);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vProperty\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void addProperty(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    this._propertyList.add(index, vProperty);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method enumerateProperty.\r
-   * \r
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Property\r
-   *         elements\r
-   */\r
-  public java.util.Enumeration enumerateProperty()\r
-  {\r
-    return this._propertyList.elements();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getProperty.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Property at the\r
-   *         given index\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Property getProperty(final int index)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._propertyList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+public class PdbentryItem implements java.io.Serializable {\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _propertyList.\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _propertyList;\r
+\r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+\r
+    public PdbentryItem() {\r
+        super();\r
+        this._propertyList = new java.util.Vector();\r
+    }\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vProperty\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addProperty(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._propertyList.addElement(vProperty);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vProperty\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void addProperty(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        this._propertyList.add(index, vProperty);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumerateProperty.\r
+     * \r
+     * @return an Enumeration over all\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Property elements\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateProperty(\r
+    ) {\r
+        return this._propertyList.elements();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getProperty.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     * @return the value of the\r
+     * jalview.schemabinding.version2.Property at the given index\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Property getProperty(\r
+            final int index)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property) _propertyList.get(index);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getProperty.Returns the contents of the collection in\r
+     * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
+     * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
+     * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
+     * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
+     * \r
+     * @return this collection as an Array\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Property[] getProperty(\r
+    ) {\r
+        jalview.schemabinding.version2.Property[] array = new jalview.schemabinding.version2.Property[0];\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property[]) this._propertyList.toArray(array);\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPropertyCount.\r
+     * \r
+     * @return the size of this collection\r
+     */\r
+    public int getPropertyCount(\r
+    ) {\r
+        return this._propertyList.size();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     */\r
+    public void removeAllProperty(\r
+    ) {\r
+        this._propertyList.clear();\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeProperty.\r
+     * \r
+     * @param vProperty\r
+     * @return true if the object was removed from the collection.\r
+     */\r
+    public boolean removeProperty(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty) {\r
+        boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);\r
+        return removed;\r
+    }\r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePropertyAt.\r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return the element removed from the collection\r
+     */\r
+    public jalview.schemabinding.version2.Property removePropertyAt(\r
+            final int index) {\r
+        java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);\r
+        return (jalview.schemabinding.version2.Property) obj;\r
     }\r
 \r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property) _propertyList\r
-            .get(index);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getProperty.Returns the contents of the collection in an Array.\r
-   * <p>\r
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,\r
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we\r
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.\r
-   * \r
-   * @return this collection as an Array\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Property[] getProperty()\r
-  {\r
-    jalview.schemabinding.version2.Property[] array = new jalview.schemabinding.version2.Property[0];\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property[]) this._propertyList\r
-            .toArray(array);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method getPropertyCount.\r
-   * \r
-   * @return the size of this collection\r
-   */\r
-  public int getPropertyCount()\r
-  {\r
-    return this._propertyList.size();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   */\r
-  public void removeAllProperty()\r
-  {\r
-    this._propertyList.clear();\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removeProperty.\r
-   * \r
-   * @param vProperty\r
-   * @return true if the object was removed from the collection.\r
-   */\r
-  public boolean removeProperty(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-  {\r
-    boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);\r
-    return removed;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method removePropertyAt.\r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @return the element removed from the collection\r
-   */\r
-  public jalview.schemabinding.version2.Property removePropertyAt(\r
-          final int index)\r
-  {\r
-    java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.Property) obj;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param index\r
-   * @param vProperty\r
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection\r
-   */\r
-  public void setProperty(final int index,\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-  {\r
-    // check bounds for index\r
-    if (index < 0 || index >= this._propertyList.size())\r
-    {\r
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '"\r
-              + index + "' not in range [0.."\r
-              + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vProperty\r
+     * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
+     * given is outside the bounds of the collection\r
+     */\r
+    public void setProperty(\r
+            final int index,\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property vProperty)\r
+    throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        // check bounds for index\r
+        if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
+        }\r
+        \r
+        this._propertyList.set(index, vProperty);\r
     }\r
 \r
-    this._propertyList.set(index, vProperty);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param vPropertyArray\r
-   */\r
-  public void setProperty(\r
-          final jalview.schemabinding.version2.Property[] vPropertyArray)\r
-  {\r
-    // -- copy array\r
-    _propertyList.clear();\r
-\r
-    for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++)\r
-    {\r
-      this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);\r
+    /**\r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPropertyArray\r
+     */\r
+    public void setProperty(\r
+            final jalview.schemabinding.version2.Property[] vPropertyArray) {\r
+        //-- copy array\r
+        _propertyList.clear();\r
+        \r
+        for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++) {\r
+                this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);\r
+        }\r
     }\r
-  }\r
 \r
 }\r