Merge branch 'feature/JAL-3187linkedFeatures' into feature/JAL-3251biotypedMappings
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Pdbids.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
deleted file mode 100644 (file)
index 978df5b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,303 +0,0 @@
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
- */
-
-package jalview.schemabinding.version2;
-
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
-//---------------------------------/
-
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
-
-/**
- * Class Pdbids.
- * 
- * @version $Revision$ $Date$
- */
-public class Pdbids extends jalview.schemabinding.version2.Pdbentry
-        implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _structureStateList.
-   */
-  private java.util.Vector _structureStateList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Pdbids()
-  {
-    super();
-    this._structureStateList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vStructureState
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addStructureState(
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._structureStateList.addElement(vStructureState);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vStructureState
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addStructureState(
-          final int index,
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._structureStateList.add(index, vStructureState);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateStructureState.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all
-   *         jalview.schemabinding.version2.StructureState elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateStructureState()
-  {
-    return this._structureStateList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getStructureState.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.StructureState at
-   *         the given index
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.StructureState getStructureState(
-          final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._structureStateList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "getStructureState: Index value '" + index
-                      + "' not in range [0.."
-                      + (this._structureStateList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) _structureStateList
-            .get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getStructureState.Returns the contents of the collection in an
-   * Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.StructureState[] getStructureState()
-  {
-    jalview.schemabinding.version2.StructureState[] array = new jalview.schemabinding.version2.StructureState[0];
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState[]) this._structureStateList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getStructureStateCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getStructureStateCount()
-  {
-    return this._structureStateList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllStructureState()
-  {
-    this._structureStateList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeStructureState.
-   * 
-   * @param vStructureState
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeStructureState(
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)
-  {
-    boolean removed = _structureStateList.remove(vStructureState);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeStructureStateAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.StructureState removeStructureStateAt(
-          final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._structureStateList.remove(index);
-    return (jalview.schemabinding.version2.StructureState) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vStructureState
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setStructureState(
-          final int index,
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState vStructureState)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._structureStateList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "setStructureState: Index value '" + index
-                      + "' not in range [0.."
-                      + (this._structureStateList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._structureStateList.set(index, vStructureState);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vStructureStateArray
-   */
-  public void setStructureState(
-          final jalview.schemabinding.version2.StructureState[] vStructureStateArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _structureStateList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vStructureStateArray.length; i++)
-    {
-      this._structureStateList.add(vStructureStateArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Pdbentry
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.Pdbentry unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.Pdbentry) Unmarshaller
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
-
-}