JAL-3120 preserve feature colour/mincolour/maxcolour while modifying,
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / ThresholdLine.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index f479c36..d70d855
-/*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
- * This file is part of Jalview.\r
- * \r
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
- */\r
-package jalview.schemabinding.version2;\r
-\r
-//---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-\r
-/**\r
- * Class ThresholdLine.\r
- * \r
- * @version $Revision$ $Date$\r
- */\r
-public class ThresholdLine implements java.io.Serializable\r
-{\r
-\r
-  // --------------------------/\r
-  // - Class/Member Variables -/\r
-  // --------------------------/\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _label.\r
-   */\r
-  private java.lang.String _label;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _value.\r
-   */\r
-  private float _value;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _value\r
-   */\r
-  private boolean _has_value;\r
-\r
-  /**\r
-   * Field _colour.\r
-   */\r
-  private int _colour;\r
-\r
-  /**\r
-   * keeps track of state for field: _colour\r
-   */\r
-  private boolean _has_colour;\r
-\r
-  // ----------------/\r
-  // - Constructors -/\r
-  // ----------------/\r
-\r
-  public ThresholdLine()\r
-  {\r
-    super();\r
-  }\r
-\r
-  // -----------/\r
-  // - Methods -/\r
-  // -----------/\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteColour()\r
-  {\r
-    this._has_colour = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-     */\r
-  public void deleteValue()\r
-  {\r
-    this._has_value = false;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Colour'.\r
-   */\r
-  public int getColour()\r
-  {\r
-    return this._colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'label'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Label'.\r
-   */\r
-  public java.lang.String getLabel()\r
-  {\r
-    return this._label;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Returns the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @return the value of field 'Value'.\r
-   */\r
-  public float getValue()\r
-  {\r
-    return this._value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasColour.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Colour has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasColour()\r
-  {\r
-    return this._has_colour;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method hasValue.\r
-   * \r
-   * @return true if at least one Value has been added\r
-   */\r
-  public boolean hasValue()\r
-  {\r
-    return this._has_value;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method isValid.\r
-   * \r
-   * @return true if this object is valid according to the schema\r
-   */\r
-  public boolean isValid()\r
-  {\r
-    try\r
-    {\r
-      validate();\r
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
-    {\r
-      return false;\r
-    }\r
-    return true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param out\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, out);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @param handler\r
-   * @throws java.io.IOException\r
-   *           if an IOException occurs during marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   */\r
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-          throws java.io.IOException,\r
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    Marshaller.marshal(this, handler);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'colour'.\r
-   * \r
-   * @param colour\r
-   *          the value of field 'colour'.\r
-   */\r
-  public void setColour(final int colour)\r
-  {\r
-    this._colour = colour;\r
-    this._has_colour = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'label'.\r
-   * \r
-   * @param label\r
-   *          the value of field 'label'.\r
-   */\r
-  public void setLabel(final java.lang.String label)\r
-  {\r
-    this._label = label;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Sets the value of field 'value'.\r
-   * \r
-   * @param value\r
-   *          the value of field 'value'.\r
-   */\r
-  public void setValue(final float value)\r
-  {\r
-    this._value = value;\r
-    this._has_value = true;\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * Method unmarshal.\r
-   * \r
-   * @param reader\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
-   *           marshaling\r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine\r
-   */\r
-  public static jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine unmarshal(\r
-          final java.io.Reader reader)\r
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    return (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) Unmarshaller\r
-            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,\r
-                    reader);\r
-  }\r
-\r
-  /**\r
-   * \r
-   * \r
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
-   */\r
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-  {\r
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-    validator.validate(this);\r
-  }\r
-\r
-}\r
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
+ */
+
+package jalview.schemabinding.version2;
+
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
+
+/**
+ * Class ThresholdLine.
+ * 
+ * @version $Revision$ $Date$
+ */
+public class ThresholdLine implements java.io.Serializable
+{
+
+  // --------------------------/
+  // - Class/Member Variables -/
+  // --------------------------/
+
+  /**
+   * Field _label.
+   */
+  private java.lang.String _label;
+
+  /**
+   * Field _value.
+   */
+  private float _value;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _value
+   */
+  private boolean _has_value;
+
+  /**
+   * Field _colour.
+   */
+  private int _colour;
+
+  /**
+   * keeps track of state for field: _colour
+   */
+  private boolean _has_colour;
+
+  // ----------------/
+  // - Constructors -/
+  // ----------------/
+
+  public ThresholdLine()
+  {
+    super();
+  }
+
+  // -----------/
+  // - Methods -/
+  // -----------/
+
+  /**
+     */
+  public void deleteColour()
+  {
+    this._has_colour = false;
+  }
+
+  /**
+     */
+  public void deleteValue()
+  {
+    this._has_value = false;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'colour'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Colour'.
+   */
+  public int getColour()
+  {
+    return this._colour;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'label'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Label'.
+   */
+  public java.lang.String getLabel()
+  {
+    return this._label;
+  }
+
+  /**
+   * Returns the value of field 'value'.
+   * 
+   * @return the value of field 'Value'.
+   */
+  public float getValue()
+  {
+    return this._value;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasColour.
+   * 
+   * @return true if at least one Colour has been added
+   */
+  public boolean hasColour()
+  {
+    return this._has_colour;
+  }
+
+  /**
+   * Method hasValue.
+   * 
+   * @return true if at least one Value has been added
+   */
+  public boolean hasValue()
+  {
+    return this._has_value;
+  }
+
+  /**
+   * Method isValid.
+   * 
+   * @return true if this object is valid according to the schema
+   */
+  public boolean isValid()
+  {
+    try
+    {
+      validate();
+    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
+    {
+      return false;
+    }
+    return true;
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param out
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void marshal(final java.io.Writer out)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, out);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param handler
+   * @throws java.io.IOException
+   *           if an IOException occurs during marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   */
+  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+          throws java.io.IOException,
+          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, handler);
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'colour'.
+   * 
+   * @param colour
+   *          the value of field 'colour'.
+   */
+  public void setColour(final int colour)
+  {
+    this._colour = colour;
+    this._has_colour = true;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'label'.
+   * 
+   * @param label
+   *          the value of field 'label'.
+   */
+  public void setLabel(final java.lang.String label)
+  {
+    this._label = label;
+  }
+
+  /**
+   * Sets the value of field 'value'.
+   * 
+   * @param value
+   *          the value of field 'value'.
+   */
+  public void setValue(final float value)
+  {
+    this._value = value;
+    this._has_value = true;
+  }
+
+  /**
+   * Method unmarshal.
+   * 
+   * @param reader
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine
+   */
+  public static jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine unmarshal(
+          final java.io.Reader reader)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    return (jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) Unmarshaller
+            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
+                    reader);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+    validator.validate(this);
+  }
+
+}