Formatting
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / VAMSAS.java
index 03633d6..8a4803c 100755 (executable)
@@ -1,5 +1,5 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with \r
+ * This class was automatically generated with\r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
 \r
 package jalview.schemabinding.version2;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
+\r
+import java.util.*;\r
 \r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
-import java.util.Enumeration;\r
-import java.util.Vector;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
+import org.exolab.castor.xml.*;\r
 \r
 /**\r
  * Class VAMSAS.\r
- * \r
+ *\r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class VAMSAS implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
-    //--------------------------/\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _treeList\r
-     */\r
-    private java.util.Vector _treeList;\r
-\r
-    /**\r
-     * Field _sequenceSetList\r
-     */\r
-    private java.util.Vector _sequenceSetList;\r
-\r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
-    //----------------/\r
-\r
-    public VAMSAS() {\r
-        super();\r
-        _treeList = new Vector();\r
-        _sequenceSetList = new Vector();\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.VAMSAS()\r
-\r
-\r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
-    //-----------/\r
-\r
-    /**\r
-     * Method addSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param vSequenceSet\r
-     */\r
-    public void addSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);\r
-    } //-- void addSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method addSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vSequenceSet\r
-     */\r
-    public void addSequenceSet(int index, jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _sequenceSetList.insertElementAt(vSequenceSet, index);\r
-    } //-- void addSequenceSet(int, jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method addTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param vTree\r
-     */\r
-    public void addTree(java.lang.String vTree)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _treeList.addElement(vTree);\r
-    } //-- void addTree(java.lang.String) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method addTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vTree\r
-     */\r
-    public void addTree(int index, java.lang.String vTree)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
-    } //-- void addTree(int, java.lang.String) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method enumerateSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return Enumeration\r
-     */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet()\r
-    {\r
-        return _sequenceSetList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateSequenceSet() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method enumerateTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return Enumeration\r
-     */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
-    {\r
-        return _treeList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateTree() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method getSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @return SequenceSet\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _sequenceSetList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
-        }\r
-        \r
-        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) _sequenceSetList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(int) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method getSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return SequenceSet\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet()\r
-    {\r
-        int size = _sequenceSetList.size();\r
-        jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[size];\r
-        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
-            mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) _sequenceSetList.elementAt(index);\r
-        }\r
-        return mArray;\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method getSequenceSetCount\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return int\r
-     */\r
-    public int getSequenceSetCount()\r
-    {\r
-        return _sequenceSetList.size();\r
-    } //-- int getSequenceSetCount() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method getTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @return String\r
-     */\r
-    public java.lang.String getTree(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
-        }\r
-        \r
-        return (String)_treeList.elementAt(index);\r
-    } //-- java.lang.String getTree(int) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method getTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return String\r
-     */\r
-    public java.lang.String[] getTree()\r
-    {\r
-        int size = _treeList.size();\r
-        java.lang.String[] mArray = new java.lang.String[size];\r
-        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
-            mArray[index] = (String)_treeList.elementAt(index);\r
-        }\r
-        return mArray;\r
-    } //-- java.lang.String[] getTree() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method getTreeCount\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return int\r
-     */\r
-    public int getTreeCount()\r
-    {\r
-        return _treeList.size();\r
-    } //-- int getTreeCount() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method isValid\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @return boolean\r
-     */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
-        try {\r
-            validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
-            return false;\r
-        }\r
-        return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param out\r
-     */\r
-    public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
-        Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method marshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param handler\r
-     */\r
-    public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        \r
-        Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeAllSequenceSet\r
-     * \r
-     */\r
-    public void removeAllSequenceSet()\r
+public class VAMSAS\r
+    implements java.io.Serializable\r
+{\r
+\r
+  //--------------------------/\r
+  //- Class/Member Variables -/\r
+  //--------------------------/\r
+\r
+  /**\r
+   * Field _treeList\r
+   */\r
+  private java.util.Vector _treeList;\r
+\r
+  /**\r
+   * Field _sequenceSetList\r
+   */\r
+  private java.util.Vector _sequenceSetList;\r
+\r
+  //----------------/\r
+  //- Constructors -/\r
+  //----------------/\r
+\r
+  public VAMSAS()\r
+  {\r
+    super();\r
+    _treeList = new Vector();\r
+    _sequenceSetList = new Vector();\r
+  } //-- jalview.schemabinding.version2.VAMSAS()\r
+\r
+  //-----------/\r
+  //- Methods -/\r
+  //-----------/\r
+\r
+  /**\r
+   * Method addSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param vSequenceSet\r
+   */\r
+  public void addSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet\r
+                             vSequenceSet)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    _sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);\r
+  } //-- void addSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method addSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @param vSequenceSet\r
+   */\r
+  public void addSequenceSet(int index,\r
+                             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet\r
+                             vSequenceSet)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    _sequenceSetList.insertElementAt(vSequenceSet, index);\r
+  } //-- void addSequenceSet(int, jalview.schemabinding.version2.SequenceSet)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method addTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param vTree\r
+   */\r
+  public void addTree(java.lang.String vTree)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    _treeList.addElement(vTree);\r
+  } //-- void addTree(java.lang.String)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method addTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @param vTree\r
+   */\r
+  public void addTree(int index, java.lang.String vTree)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
+  } //-- void addTree(int, java.lang.String)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method enumerateSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return Enumeration\r
+   */\r
+  public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet()\r
+  {\r
+    return _sequenceSetList.elements();\r
+  } //-- java.util.Enumeration enumerateSequenceSet()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method enumerateTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return Enumeration\r
+   */\r
+  public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
+  {\r
+    return _treeList.elements();\r
+  } //-- java.util.Enumeration enumerateTree()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method getSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @return SequenceSet\r
+   */\r
+  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(int index)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    //-- check bounds for index\r
+    if ( (index < 0) || (index > _sequenceSetList.size()))\r
     {\r
-        _sequenceSetList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllSequenceSet() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeAllTree\r
-     * \r
-     */\r
-    public void removeAllTree()\r
+      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+    }\r
+\r
+    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) _sequenceSetList.\r
+        elementAt(index);\r
+  } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(int)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method getSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return SequenceSet\r
+   */\r
+  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet()\r
+  {\r
+    int size = _sequenceSetList.size();\r
+    jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] mArray = new jalview.\r
+        schemabinding.version2.SequenceSet[size];\r
+    for (int index = 0; index < size; index++)\r
     {\r
-        _treeList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllTree() \r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @return SequenceSet\r
-     */\r
-    public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSet(int index)\r
+      mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet)\r
+          _sequenceSetList.elementAt(index);\r
+    }\r
+    return mArray;\r
+  } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method getSequenceSetCount\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return int\r
+   */\r
+  public int getSequenceSetCount()\r
+  {\r
+    return _sequenceSetList.size();\r
+  } //-- int getSequenceSetCount()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method getTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @return String\r
+   */\r
+  public java.lang.String getTree(int index)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    //-- check bounds for index\r
+    if ( (index < 0) || (index > _treeList.size()))\r
     {\r
-        java.lang.Object obj = _sequenceSetList.elementAt(index);\r
-        _sequenceSetList.removeElementAt(index);\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) obj;\r
-    } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSet(int) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method removeTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @return String\r
-     */\r
-    public java.lang.String removeTree(int index)\r
+      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+    }\r
+\r
+    return (String) _treeList.elementAt(index);\r
+  } //-- java.lang.String getTree(int)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method getTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return String\r
+   */\r
+  public java.lang.String[] getTree()\r
+  {\r
+    int size = _treeList.size();\r
+    java.lang.String[] mArray = new java.lang.String[size];\r
+    for (int index = 0; index < size; index++)\r
     {\r
-        java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
-        _treeList.removeElementAt(index);\r
-        return (String)obj;\r
-    } //-- java.lang.String removeTree(int) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method setSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vSequenceSet\r
-     */\r
-    public void setSequenceSet(int index, jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+      mArray[index] = (String) _treeList.elementAt(index);\r
+    }\r
+    return mArray;\r
+  } //-- java.lang.String[] getTree()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method getTreeCount\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return int\r
+   */\r
+  public int getTreeCount()\r
+  {\r
+    return _treeList.size();\r
+  } //-- int getTreeCount()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method isValid\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @return boolean\r
+   */\r
+  public boolean isValid()\r
+  {\r
+    try\r
     {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _sequenceSetList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
-        }\r
-        _sequenceSetList.setElementAt(vSequenceSet, index);\r
-    } //-- void setSequenceSet(int, jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method setSequenceSet\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param sequenceSetArray\r
-     */\r
-    public void setSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] sequenceSetArray)\r
+      validate();\r
+    }\r
+    catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
     {\r
-        //-- copy array\r
-        _sequenceSetList.removeAllElements();\r
-        for (int i = 0; i < sequenceSetArray.length; i++) {\r
-            _sequenceSetList.addElement(sequenceSetArray[i]);\r
-        }\r
-    } //-- void setSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method setTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param index\r
-     * @param vTree\r
-     */\r
-    public void setTree(int index, java.lang.String vTree)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+      return false;\r
+    }\r
+    return true;\r
+  } //-- boolean isValid()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method marshal\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param out\r
+   */\r
+  public void marshal(java.io.Writer out)\r
+      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
+      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+  {\r
+\r
+    Marshaller.marshal(this, out);\r
+  } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method marshal\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param handler\r
+   */\r
+  public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+      throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
+      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+  {\r
+\r
+    Marshaller.marshal(this, handler);\r
+  } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method removeAllSequenceSet\r
+   *\r
+   */\r
+  public void removeAllSequenceSet()\r
+  {\r
+    _sequenceSetList.removeAllElements();\r
+  } //-- void removeAllSequenceSet()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method removeAllTree\r
+   *\r
+   */\r
+  public void removeAllTree()\r
+  {\r
+    _treeList.removeAllElements();\r
+  } //-- void removeAllTree()\r
+\r
+  /**\r
+   * Method removeSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @return SequenceSet\r
+   */\r
+  public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSet(int index)\r
+  {\r
+    java.lang.Object obj = _sequenceSetList.elementAt(index);\r
+    _sequenceSetList.removeElementAt(index);\r
+    return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) obj;\r
+  } //-- jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSet(int)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method removeTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @return String\r
+   */\r
+  public java.lang.String removeTree(int index)\r
+  {\r
+    java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
+    _treeList.removeElementAt(index);\r
+    return (String) obj;\r
+  } //-- java.lang.String removeTree(int)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method setSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @param vSequenceSet\r
+   */\r
+  public void setSequenceSet(int index,\r
+                             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet\r
+                             vSequenceSet)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    //-- check bounds for index\r
+    if ( (index < 0) || (index > _sequenceSetList.size()))\r
     {\r
-        //-- check bounds for index\r
-        if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
-            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
-        }\r
-        _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
-    } //-- void setTree(int, java.lang.String) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method setTree\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param treeArray\r
-     */\r
-    public void setTree(java.lang.String[] treeArray)\r
+      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+    }\r
+    _sequenceSetList.setElementAt(vSequenceSet, index);\r
+  } //-- void setSequenceSet(int, jalview.schemabinding.version2.SequenceSet)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method setSequenceSet\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param sequenceSetArray\r
+   */\r
+  public void setSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[]\r
+                             sequenceSetArray)\r
+  {\r
+    //-- copy array\r
+    _sequenceSetList.removeAllElements();\r
+    for (int i = 0; i < sequenceSetArray.length; i++)\r
     {\r
-        //-- copy array\r
-        _treeList.removeAllElements();\r
-        for (int i = 0; i < treeArray.length; i++) {\r
-            _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
-        }\r
-    } //-- void setTree(java.lang.String) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
-     * @param reader\r
-     * @return Object\r
-     */\r
-    public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+      _sequenceSetList.addElement(sequenceSetArray[i]);\r
+    }\r
+  } //-- void setSequenceSet(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method setTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param index\r
+   * @param vTree\r
+   */\r
+  public void setTree(int index, java.lang.String vTree)\r
+      throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+  {\r
+    //-- check bounds for index\r
+    if ( (index < 0) || (index > _treeList.size()))\r
     {\r
-        return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
-\r
-    /**\r
-     * Method validate\r
-     * \r
-     */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+      throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+    }\r
+    _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
+  } //-- void setTree(int, java.lang.String)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method setTree\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param treeArray\r
+   */\r
+  public void setTree(java.lang.String[] treeArray)\r
+  {\r
+    //-- copy array\r
+    _treeList.removeAllElements();\r
+    for (int i = 0; i < treeArray.length; i++)\r
     {\r
-        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-        validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+      _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
+    }\r
+  } //-- void setTree(java.lang.String)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method unmarshal\r
+   *\r
+   *\r
+   *\r
+   * @param reader\r
+   * @return Object\r
+   */\r
+  public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
+      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
+      org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+  {\r
+    return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(\r
+        jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class, reader);\r
+  } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
+\r
+  /**\r
+   * Method validate\r
+   *\r
+   */\r
+  public void validate()\r
+      throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+  {\r
+    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
+        Validator();\r
+    validator.validate(this);\r
+  } //-- void validate()\r
 \r
 }\r