};
// Added for PurinePyrimidineColourScheme
- public static final Color[] purinepyrimidine = {
- new Color(255, 131, 250), // A, G, R purines purplish/orchid
+ public static final Color[] purinepyrimidine = { new Color(255, 131, 250), // A,
+ // G,
+ // R
+ // purines
+ // purplish/orchid
new Color(64, 224, 208), // C,U, T, Y pyrimidines turquoise
Color.white, // all other nucleotides
Color.white // Gap
Color.green, // Q
Color.red, // E
Color.magenta, // G
- midBlue,// Color.red, // H
+ midBlue, // Color.red, // H
Color.pink, // I
Color.pink, // L
midBlue, // K
0.0 // X
};
- public static final double[] helix = { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70,
- 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16, 1.45, 1.13, 0.57, 0.77,
- 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
+ public static final double[] helix = { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11,
+ 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16, 1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83,
+ 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
public static final double helixmin = 0.57;
public static final double turnmax = 1.56;
- public static final double[] buried = { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3,
- 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2, 0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5,
- 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
+ public static final double[] buried = { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3,
+ 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2, 0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4,
+ 0.3, 1.358, 0.00 };
public static final double buriedmin = 0.05;
// public static final double hydmax = 1.38;
// public static final double hydmin = -2.53;
- public static final float[][] BLOSUM62 = {
- { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
- -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
- { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
- -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
- { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
- -3, 3, 0, -1, -4 },
- { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
- -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
- { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
- -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
- { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
- -2, 0, 3, -1, -4 },
- { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
- -2, 1, 4, -1, -4 },
- { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
- -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
- { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
- 2, -3, 0, 0, -1, -4 },
- { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
- -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
- { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
- -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
- { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
- -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
- { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
- -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
- { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
- 3, -1, -3, -3, -1, -4 },
- { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
- -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
- { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
- -2, 0, 0, 0, -4 },
- { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
- -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
- { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
- 11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
- { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
- 2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
- { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
- -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
- { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
- -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
- { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
- -2, 1, 4, -1, -4 },
- { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
- -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
- { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
- -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
// not currently used
// public static final Map<String, Color> ssHash = new Hashtable<String,
}
else
{
- System.err
- .println("Inconsistency in the IUBMB ambiguity code nomenclature table: collision for "
+ System.err.println(
+ "Inconsistency in the IUBMB ambiguity code nomenclature table: collision for "
+ acode.getKey() + " in residue " + r);
}
}
}
// and programmatically add in the ambiguity codes that yield the same amino
// acid
- String[] unambcodons = codonHash2.keySet().toArray(
- new String[codonHash2.size()]);
+ String[] unambcodons = codonHash2.keySet()
+ .toArray(new String[codonHash2.size()]);
for (String codon : unambcodons)
{
String residue = codonHash2.get(codon);
}
}
// enumerate all combinations and test for veracity of translation
- int tpos[] = new int[codon.length()], cpos[] = new int[codon.length()];
+ int tpos[] = new int[codon.length()],
+ cpos[] = new int[codon.length()];
for (int i = 0; i < tpos.length; i++)
{
tpos[i] = -1;
charged.put("Q", ZERO);
charged.put("D", ONE);
charged.put("N", ZERO); // Asparagine is polar but not
- // charged.
+ // charged.
// Alternative would be charged and
// negative (in basic form)?
charged.put("S", ZERO);
}
static
{
- int[][] propMatrixF = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex], propMatrixPos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex], propMatrixEpos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex];
+ int[][] propMatrixF = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex],
+ propMatrixPos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex],
+ propMatrixEpos = new int[maxProteinIndex][maxProteinIndex];
for (int i = 0; i < maxProteinIndex; i++)
{
int maxF = 0, maxP = 0, maxEP = 0;
return aa3Hash;
}
- public static float[][] getBLOSUM62()
- {
- return ResidueProperties.BLOSUM62;
- }
-
public static String codonTranslate(String lccodon)
{
String cdn = codonHash2.get(lccodon.toUpperCase());
{
return '0';
}
- Integer index = ResidueProperties.aa3Hash.get(threeLetterCode
- .toUpperCase());
+ Integer index = ResidueProperties.aa3Hash
+ .get(threeLetterCode.toUpperCase());
return index == null ? '0' : aa[index].charAt(0);
}
}
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