JAL-2069 spike updated with latest (FeatureTypeSettings)
[jalview.git] / src / jalview / viewmodel / OverviewDimensionsShowHidden.java
index be69db9..9dde16e 100644 (file)
@@ -32,6 +32,12 @@ public class OverviewDimensionsShowHidden extends OverviewDimensions
 {
   private ViewportRanges ranges;
 
+  private int xdiff; // when dragging, difference in alignment units between
+                     // start residue and original mouse click position
+
+  private int ydiff; // when dragging, difference in alignment units between
+                     // start sequence and original mouse click position
+
   /**
    * Create an OverviewDimensions object
    * 
@@ -66,41 +72,69 @@ public class OverviewDimensionsShowHidden extends OverviewDimensions
   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
   {
+    // convert mousex and mousey to alignment units as well as
+    // translating to top left corner of viewport - this is an absolute position
     int xAsRes = getLeftXFromCentreX(mousex, hiddenCols);
     int yAsSeq = getTopYFromCentreY(mousey, hiddenSeqs);
 
+    // convert to visible positions
+    int visXAsRes = hiddenCols.findColumnPosition(xAsRes);
+    yAsSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(
+            hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq));
+    yAsSeq = Math.max(yAsSeq, 0); // -1 if before first visible sequence
+    int visYAsSeq = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq);
+    visYAsSeq = Math.max(visYAsSeq, 0); // -1 if before first visible sequence
+
+    // update viewport accordingly
+    updateViewportFromTopLeft(visXAsRes, visYAsSeq, hiddenSeqs, hiddenCols);
+  }
+
+  @Override
+  public void adjustViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
+          HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
+  {
+    // calculate translation in pixel terms:
+    // get mouse location in viewport coords, add translation in viewport
+    // coords,
+    // convert back to pixel coords
+    int vpx = Math.round((float) mousex * alwidth / width);
+    int visXAsRes = hiddenCols.findColumnPosition(vpx) + xdiff;
+
+    int vpy = Math.round((float) mousey * alheight / sequencesHeight);
+    int visYAsRes = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(vpy) + ydiff;
+
+    // update viewport accordingly
+    updateViewportFromTopLeft(visXAsRes, visYAsRes, hiddenSeqs, hiddenCols);
+  }
+
+  @Override
+  protected void updateViewportFromTopLeft(int leftx, int topy,
+          HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
+  {
+    int visXAsRes = leftx;
+    int visYAsSeq = topy;
     resetAlignmentDims();
 
-    if (xAsRes < 0)
+    if (visXAsRes < 0)
     {
-      xAsRes = 0;
+      visXAsRes = 0;
     }
 
-    if (yAsSeq < 0)
+    if (visYAsSeq < 0)
     {
-      yAsSeq = 0;
+      visYAsSeq = 0;
     }
 
-    //
-    // Convert x value to residue position
-    //
-
-    // need to determine where scrollCol should be, given x
-    // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
-    // correction
+    if (ranges.isWrappedMode())
+    {
+      visYAsSeq = 0; // sorry, no vertical scroll when wrapped
+    }
 
-    // convert x to residues - this is an absolute position
-    // int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
+    // Determine where scrollCol should be, given visXAsRes
 
     // get viewport width in residues
     int vpwidth = ranges.getViewportWidth();
 
-    // get where x should be when accounting for hidden cols
-    // if x is in a hidden col region, shift to left - but we still need
-    // absolute position
-    // so convert back after getting visible region position
-    int visXAsRes = hiddenCols.findColumnPosition(xAsRes);
-
     // check in case we went off the edge of the alignment
     int visAlignWidth = hiddenCols.findColumnPosition(alwidth - 1);
     if (visXAsRes + vpwidth - 1 > visAlignWidth)
@@ -119,33 +153,21 @@ public class OverviewDimensionsShowHidden extends OverviewDimensions
       }
     }
 
-    //
-    // Convert y value to sequence position
-    //
-
-    // convert y to residues
-    // int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
+    // Determine where scrollRow should be, given visYAsSeq
 
     // get viewport height in sequences
     int vpheight = ranges.getViewportHeight();
 
-    // get where y should be when accounting for hidden rows
-    // if y is in a hidden row region, shift up - but we still need absolute
-    // position,
-    // so convert back after getting visible region position
-    yAsSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(hiddenSeqs
-            .findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq));
-
     // check in case we went off the edge of the alignment
     int visAlignHeight = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(alheight);
-    int visYAsSeq = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq);
+
     if (visYAsSeq + vpheight - 1 > visAlignHeight)
     {
       // went past the end of the alignment, adjust backwards
       if (ranges.getEndSeq() < visAlignHeight)
       {
-        visYAsSeq = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(hiddenSeqs
-                .subtractVisibleRows(vpheight - 1, alheight - 1));
+        visYAsSeq = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(
+                hiddenSeqs.subtractVisibleRows(vpheight - 1, alheight - 1));
       }
       else
       {
@@ -154,9 +176,7 @@ public class OverviewDimensionsShowHidden extends OverviewDimensions
     }
 
     // update viewport
-    ranges.setStartRes(visXAsRes);
-    ranges.setStartSeq(visYAsSeq);
-
+    ranges.setStartResAndSeq(visXAsRes, visYAsSeq);
   }
 
   /**
@@ -182,22 +202,21 @@ public class OverviewDimensionsShowHidden extends OverviewDimensions
     int startSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(ranges.getStartSeq());
     int endSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(ranges.getEndSeq());
 
-    setBoxPosition(startRes, startSeq, endRes - startRes + 1, endSeq
-            - startSeq + 1);
+    setBoxPosition(startRes, startSeq, endRes - startRes + 1,
+            endSeq - startSeq + 1);
   }
 
   @Override
   public AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al)
   {
-    return new AllColsCollection(0,
-            ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1, al);
+    return new AllColsCollection(0, ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1,
+            al);
   }
 
   @Override
   public AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al)
   {
-    return new AllRowsCollection(0,
-            ranges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1,
+    return new AllRowsCollection(0, ranges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1,
             al);
   }
 
@@ -212,15 +231,29 @@ public class OverviewDimensionsShowHidden extends OverviewDimensions
   protected int getLeftXFromCentreX(int mousex, HiddenColumns hidden)
   {
     int vpx = Math.round((float) mousex * alwidth / width);
-    return hidden.findColumnPosition(hidden.subtractVisibleColumns(
-            ranges.getViewportWidth() / 2, vpx));
+    return hidden.subtractVisibleColumns(ranges.getViewportWidth() / 2,
+            vpx);
   }
 
   @Override
   protected int getTopYFromCentreY(int mousey, HiddenSequences hidden)
   {
     int vpy = Math.round((float) mousey * alheight / sequencesHeight);
-    return hidden.findIndexWithoutHiddenSeqs(hidden.subtractVisibleRows(
-            ranges.getViewportHeight() / 2, vpy));
+    return hidden.subtractVisibleRows(ranges.getViewportHeight() / 2, vpy);
   }
+
+  @Override
+  public void setDragPoint(int x, int y, HiddenSequences hiddenSeqs,
+          HiddenColumns hiddenCols)
+  {
+    // get alignment position of x and box (can get directly from vpranges) and
+    // calculate difference between the positions
+    int vpx = Math.round((float) x * alwidth / width);
+    int vpy = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
+
+    xdiff = ranges.getStartRes() - hiddenCols.findColumnPosition(vpx);
+    ydiff = ranges.getStartSeq()
+            - hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(vpy);
+  }
+
 }