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JAL-4124 Dataset holds list of MatrixType instances, MapOnAMatrixType allows multiple...
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Annotation.java
diff --git a/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java b/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
index 6c1573f..dc485c5 100644 (file)
--- a/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
+++ b/src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
@@ -1,8 +1,8 @@
 //
-// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
-// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
+// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
+// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2021.08.30 at 11:05:22 AM BST 
+// Generated on: 2023.08.28 at 01:52:46 PM BST 
 //
 
 
@@ -19,61 +19,53 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 
 /**
- * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+ * <p>Java class for anonymous complex type.
  * 
- * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+ * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  * 
- * &lt;pre&gt;
- * &amp;lt;complexType&amp;gt;
- *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
- *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
- *         &amp;lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt;
- *         &amp;lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/&amp;gt;
- *         &amp;lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0"&amp;gt;
- *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
- *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- *                 &amp;lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *                 &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
- *                 &amp;lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
- *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
- *         &amp;lt;/element&amp;gt;
- *         &amp;lt;element name="property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
- *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
- *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
- *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
- *                 &amp;lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *                 &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
- *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
- *         &amp;lt;/element&amp;gt;
- *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
- *       &amp;lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
- *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
- *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
- * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
- * &lt;/pre&gt;
+ * <pre>
+ * &lt;complexType>
+ *   &lt;complexContent>
+ *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *       &lt;sequence>
+ *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
+ *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
+ *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
+ *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
+ *           &lt;complexType>
+ *             &lt;complexContent>
+ *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+ *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
+ *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *               &lt;/restriction>
+ *             &lt;/complexContent>
+ *           &lt;/complexType>
+ *         &lt;/element>
+ *         &lt;element name="contactmatrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MapOnAMatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
+ *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
+ *       &lt;/sequence>
+ *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
+ *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
+ *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
+ *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
+ *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
+ *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *     &lt;/restriction>
+ *   &lt;/complexContent>
+ * &lt;/complexType>
+ * </pre>
  * 
  * 
  */
@@ -83,6 +75,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
     "label",
     "description",
     "thresholdLine",
+    "contactmatrix",
     "property"
 })
 @XmlRootElement(name = "Annotation")
@@ -93,7 +86,8 @@ public class Annotation {
     protected String label;
     protected String description;
     protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
-    protected List<Annotation.Property> property;
+    protected List<MapOnAMatrixType> contactmatrix;
+    protected List<Property> property;
     @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
     protected boolean graph;
     @XmlAttribute(name = "graphType")
@@ -132,20 +126,20 @@ public class Annotation {
     /**
      * Gets the value of the annotationElement property.
      * 
-     * &lt;p&gt;
+     * <p>
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotationElement property.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotationElement property.
      * 
-     * &lt;p&gt;
+     * <p>
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * &lt;pre&gt;
+     * <pre>
      *    getAnnotationElement().add(newItem);
-     * &lt;/pre&gt;
+     * </pre>
      * 
      * 
-     * &lt;p&gt;
+     * <p>
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
      * {@link AnnotationElement }
      * 
@@ -231,30 +225,59 @@ public class Annotation {
     }
 
     /**
+     * Gets the value of the contactmatrix property.
+     * 
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list,
+     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+     * returned list will be present inside the JAXB object.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the contactmatrix property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <pre>
+     *    getContactmatrix().add(newItem);
+     * </pre>
+     * 
+     * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+     * {@link MapOnAMatrixType }
+     * 
+     * 
+     */
+    public List<MapOnAMatrixType> getContactmatrix() {
+        if (contactmatrix == null) {
+            contactmatrix = new ArrayList<MapOnAMatrixType>();
+        }
+        return this.contactmatrix;
+    }
+
+    /**
      * Gets the value of the property property.
      * 
-     * &lt;p&gt;
+     * <p>
      * This accessor method returns a reference to the live list,
      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
      * returned list will be present inside the JAXB object.
-     * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the property property.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the property property.
      * 
-     * &lt;p&gt;
+     * <p>
      * For example, to add a new item, do as follows:
-     * &lt;pre&gt;
+     * <pre>
      *    getProperty().add(newItem);
-     * &lt;/pre&gt;
+     * </pre>
      * 
      * 
-     * &lt;p&gt;
+     * <p>
      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
-     * {@link Annotation.Property }
+     * {@link Property }
      * 
      * 
      */
-    public List<Annotation.Property> getProperty() {
+    public List<Property> getProperty() {
         if (property == null) {
-            property = new ArrayList<Annotation.Property>();
+            property = new ArrayList<Property>();
         }
         return this.property;
     }
@@ -673,99 +696,21 @@ public class Annotation {
 
 
     /**
-     * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
-     * 
-     * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
-     * 
-     * &lt;pre&gt;
-     * &amp;lt;complexType&amp;gt;
-     *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
-     *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
-     *       &amp;lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-     *       &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-     *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
-     *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
-     * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
-     * &lt;/pre&gt;
-     * 
-     * 
-     */
-    @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-    @XmlType(name = "")
-    public static class Property {
-
-        @XmlAttribute(name = "name")
-        protected String name;
-        @XmlAttribute(name = "value")
-        protected String value;
-
-        /**
-         * Gets the value of the name property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getName() {
-            return name;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the name property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setName(String value) {
-            this.name = value;
-        }
-
-        /**
-         * Gets the value of the value property.
-         * 
-         * @return
-         *     possible object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public String getValue() {
-            return value;
-        }
-
-        /**
-         * Sets the value of the value property.
-         * 
-         * @param value
-         *     allowed object is
-         *     {@link String }
-         *     
-         */
-        public void setValue(String value) {
-            this.value = value;
-        }
-
-    }
-
-
-    /**
-     * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
+     * <p>Java class for anonymous complex type.
      * 
-     * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
+     * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
      * 
-     * &lt;pre&gt;
-     * &amp;lt;complexType&amp;gt;
-     *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
-     *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
-     *       &amp;lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
-     *       &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
-     *       &amp;lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
-     *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
-     *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
-     * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
-     * &lt;/pre&gt;
+     * <pre>
+     * &lt;complexType>
+     *   &lt;complexContent>
+     *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
+     *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+     *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
+     *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+     *     &lt;/restriction>
+     *   &lt;/complexContent>
+     * &lt;/complexType>
+     * </pre>
      * 
      * 
      */