exploring making PAE storage in projects more efficient
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / MatrixType.java
index c405597..973456e 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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-// Generated on: 2023.05.13 at 06:58:41 PM BST 
+// Generated on: 2023.07.18 at 05:07:54 PM BST 
 //
 
 
@@ -19,12 +19,9 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
 
 
 /**
- * <p>
- * Java class for MatrixType complex type.
+ * <p>Java class for MatrixType complex type.
  * 
- * <p>
- * The following schema fragment specifies the expected content contained within
- * this class.
+ * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  * 
  * <pre>
  * &lt;complexType name="MatrixType">
@@ -42,7 +39,7 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  *       &lt;attribute name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  *       &lt;attribute name="treeMethod" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *       &lt;attribute name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
- *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
+ *       &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *     &lt;/restriction>
  *   &lt;/complexContent>
  * &lt;/complexType>
@@ -51,317 +48,311 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  * 
  */
 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
-@XmlType(
-  name = "MatrixType",
-  propOrder =
-  { "elements", "groups", "newick", "property", "mapping" })
-public class MatrixType
-{
-
-  @XmlElement(required = true)
-  protected String elements;
-
-  protected List<String> groups;
-
-  protected List<String> newick;
-
-  protected List<Property> property;
-
-  protected MapListType mapping;
-
-  @XmlAttribute(name = "type", required = true)
-  protected String type;
-
-  @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
-  protected BigInteger rows;
-
-  @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
-  protected BigInteger cols;
-
-  @XmlAttribute(name = "treeMethod")
-  protected String treeMethod;
-
-  @XmlAttribute(name = "cutHeight")
-  protected Double cutHeight;
-
-  @XmlAttribute(name = "id")
-  protected String id;
-
-  /**
-   * Gets the value of the elements property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getElements()
-  {
-    return elements;
-  }
+@XmlType(name = "MatrixType", propOrder = {
+    "elements",
+    "groups",
+    "newick",
+    "property",
+    "mapping"
+})
+public class MatrixType {
+
+    @XmlElement(required = true)
+    protected String elements;
+    protected List<String> groups;
+    protected List<String> newick;
+    protected List<Property> property;
+    protected MapListType mapping;
+    @XmlAttribute(name = "type", required = true)
+    protected String type;
+    @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
+    protected BigInteger rows;
+    @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
+    protected BigInteger cols;
+    @XmlAttribute(name = "treeMethod")
+    protected String treeMethod;
+    @XmlAttribute(name = "cutHeight")
+    protected Double cutHeight;
+    @XmlAttribute(name = "id", required = true)
+    protected String id;
+
+    /**
+     * Gets the value of the elements property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public String getElements() {
+        return elements;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the elements property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setElements(String value)
-  {
-    this.elements = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the elements property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setElements(String value) {
+        this.elements = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the groups property.
-   * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the groups property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
-   * 
-   * <pre>
-   * getGroups().add(newItem);
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
-   * 
-   * 
-   */
-  public List<String> getGroups()
-  {
-    if (groups == null)
-    {
-      groups = new ArrayList<String>();
+    /**
+     * Gets the value of the groups property.
+     * 
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list,
+     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+     * returned list will be present inside the JAXB object.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the groups property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <pre>
+     *    getGroups().add(newItem);
+     * </pre>
+     * 
+     * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+     * {@link String }
+     * 
+     * 
+     */
+    public List<String> getGroups() {
+        if (groups == null) {
+            groups = new ArrayList<String>();
+        }
+        return this.groups;
     }
-    return this.groups;
-  }
 
-  /**
-   * Gets the value of the newick property.
-   * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the newick property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
-   * 
-   * <pre>
-   * getNewick().add(newItem);
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
-   * 
-   * 
-   */
-  public List<String> getNewick()
-  {
-    if (newick == null)
-    {
-      newick = new ArrayList<String>();
+    /**
+     * Gets the value of the newick property.
+     * 
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list,
+     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+     * returned list will be present inside the JAXB object.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the newick property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <pre>
+     *    getNewick().add(newItem);
+     * </pre>
+     * 
+     * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+     * {@link String }
+     * 
+     * 
+     */
+    public List<String> getNewick() {
+        if (newick == null) {
+            newick = new ArrayList<String>();
+        }
+        return this.newick;
     }
-    return this.newick;
-  }
 
-  /**
-   * Gets the value of the property property.
-   * 
-   * <p>
-   * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
-   * Therefore any modification you make to the returned list will be present
-   * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
-   * for the property property.
-   * 
-   * <p>
-   * For example, to add a new item, do as follows:
-   * 
-   * <pre>
-   * getProperty().add(newItem);
-   * </pre>
-   * 
-   * 
-   * <p>
-   * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
-   * 
-   * 
-   */
-  public List<Property> getProperty()
-  {
-    if (property == null)
-    {
-      property = new ArrayList<Property>();
+    /**
+     * Gets the value of the property property.
+     * 
+     * <p>
+     * This accessor method returns a reference to the live list,
+     * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
+     * returned list will be present inside the JAXB object.
+     * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the property property.
+     * 
+     * <p>
+     * For example, to add a new item, do as follows:
+     * <pre>
+     *    getProperty().add(newItem);
+     * </pre>
+     * 
+     * 
+     * <p>
+     * Objects of the following type(s) are allowed in the list
+     * {@link Property }
+     * 
+     * 
+     */
+    public List<Property> getProperty() {
+        if (property == null) {
+            property = new ArrayList<Property>();
+        }
+        return this.property;
     }
-    return this.property;
-  }
 
-  /**
-   * Gets the value of the mapping property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link MapListType }
-   * 
-   */
-  public MapListType getMapping()
-  {
-    return mapping;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the mapping property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link MapListType }
+     *     
+     */
+    public MapListType getMapping() {
+        return mapping;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the mapping property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link MapListType }
-   * 
-   */
-  public void setMapping(MapListType value)
-  {
-    this.mapping = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the mapping property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link MapListType }
+     *     
+     */
+    public void setMapping(MapListType value) {
+        this.mapping = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the type property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getType()
-  {
-    return type;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the type property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public String getType() {
+        return type;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the type property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setType(String value)
-  {
-    this.type = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the type property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setType(String value) {
+        this.type = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the rows property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link BigInteger }
-   * 
-   */
-  public BigInteger getRows()
-  {
-    return rows;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the rows property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link BigInteger }
+     *     
+     */
+    public BigInteger getRows() {
+        return rows;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the rows property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link BigInteger }
-   * 
-   */
-  public void setRows(BigInteger value)
-  {
-    this.rows = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the rows property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link BigInteger }
+     *     
+     */
+    public void setRows(BigInteger value) {
+        this.rows = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the cols property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link BigInteger }
-   * 
-   */
-  public BigInteger getCols()
-  {
-    return cols;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the cols property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link BigInteger }
+     *     
+     */
+    public BigInteger getCols() {
+        return cols;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the cols property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link BigInteger }
-   * 
-   */
-  public void setCols(BigInteger value)
-  {
-    this.cols = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the cols property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link BigInteger }
+     *     
+     */
+    public void setCols(BigInteger value) {
+        this.cols = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the treeMethod property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getTreeMethod()
-  {
-    return treeMethod;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the treeMethod property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public String getTreeMethod() {
+        return treeMethod;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the treeMethod property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setTreeMethod(String value)
-  {
-    this.treeMethod = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the treeMethod property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setTreeMethod(String value) {
+        this.treeMethod = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the cutHeight property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link Double }
-   * 
-   */
-  public Double getCutHeight()
-  {
-    return cutHeight;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the cutHeight property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link Double }
+     *     
+     */
+    public Double getCutHeight() {
+        return cutHeight;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the cutHeight property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link Double }
-   * 
-   */
-  public void setCutHeight(Double value)
-  {
-    this.cutHeight = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the cutHeight property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link Double }
+     *     
+     */
+    public void setCutHeight(Double value) {
+        this.cutHeight = value;
+    }
 
-  /**
-   * Gets the value of the id property.
-   * 
-   * @return possible object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public String getId()
-  {
-    return id;
-  }
+    /**
+     * Gets the value of the id property.
+     * 
+     * @return
+     *     possible object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public String getId() {
+        return id;
+    }
 
-  /**
-   * Sets the value of the id property.
-   * 
-   * @param value
-   *          allowed object is {@link String }
-   * 
-   */
-  public void setId(String value)
-  {
-    this.id = value;
-  }
+    /**
+     * Sets the value of the id property.
+     * 
+     * @param value
+     *     allowed object is
+     *     {@link String }
+     *     
+     */
+    public void setId(String value) {
+        this.id = value;
+    }
 
 }