JAL-4134 store/restore Newick tree for PAE annotation row
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / ObjectFactory.java
index 46ae594..f034a2a 100644 (file)
@@ -1,10 +1,11 @@
 //
-// This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
-// See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
+// This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
+// See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2021.08.30 at 11:05:22 AM BST 
+// Generated on: 2023.03.17 at 05:31:44 PM GMT 
 //
 
+
 package jalview.xml.binding.jalview;
 
 import javax.xml.bind.JAXBElement;
@@ -12,560 +13,492 @@ import javax.xml.bind.annotation.XmlElementDecl;
 import javax.xml.bind.annotation.XmlRegistry;
 import javax.xml.namespace.QName;
 
+
 /**
- * This object contains factory methods for each Java content interface and Java
- * element interface generated in the jalview.xml.binding.jalview package.
- * &lt;p&gt;An ObjectFactory allows you to programatically construct new
- * instances of the Java representation for XML content. The Java representation
- * of XML content can consist of schema derived interfaces and classes
- * representing the binding of schema type definitions, element declarations and
- * model groups. Factory methods for each of these are provided in this class.
+ * This object contains factory methods for each 
+ * Java content interface and Java element interface 
+ * generated in the jalview.xml.binding.jalview package. 
+ * <p>An ObjectFactory allows you to programatically 
+ * construct new instances of the Java representation 
+ * for XML content. The Java representation of XML 
+ * content can consist of schema derived interfaces 
+ * and classes representing the binding of schema 
+ * type definitions, element declarations and model 
+ * groups.  Factory methods for each of these are 
+ * provided in this class.
  * 
  */
 @XmlRegistry
-public class ObjectFactory
-{
-
-  private final static QName _JalviewModel_QNAME = new QName(
-          "www.jalview.org", "JalviewModel");
-
-  private final static QName _JalviewUserColours_QNAME = new QName(
-          "www.jalview.org/colours", "JalviewUserColours");
-
-  private final static QName _WebServiceParameterSet_QNAME = new QName(
-          "www.jalview.org/xml/wsparamset", "WebServiceParameterSet");
-
-  /**
-   * Create a new ObjectFactory that can be used to create new instances of
-   * schema derived classes for package: jalview.xml.binding.jalview
-   * 
-   */
-  public ObjectFactory()
-  {
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link MapListType }
-   * 
-   */
-  public MapListType createMapListType()
-  {
-    return new MapListType();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Sequence }
-   * 
-   */
-  public Sequence createSequence()
-  {
-    return new Sequence();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link AlcodonFrame }
-   * 
-   */
-  public AlcodonFrame createAlcodonFrame()
-  {
-    return new AlcodonFrame();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Annotation }
-   * 
-   */
-  public Annotation createAnnotation()
-  {
-    return new Annotation();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link SequenceSet }
-   * 
-   */
-  public SequenceSet createSequenceSet()
-  {
-    return new SequenceSet();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet }
-   * 
-   */
-  public FeatureMatcherSet createFeatureMatcherSet()
-  {
-    return new FeatureMatcherSet();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewUserColours }
-   * 
-   */
-  public JalviewUserColours createJalviewUserColours()
-  {
-    return new JalviewUserColours();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Pdbentry }
-   * 
-   */
-  public Pdbentry createPdbentry()
-  {
-    return new Pdbentry();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Feature }
-   * 
-   */
-  public Feature createFeature()
-  {
-    return new Feature();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel createJalviewModel()
-  {
-    return new JalviewModel();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.FeatureSettings createJalviewModelFeatureSettings()
-  {
-    return new JalviewModel.FeatureSettings();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.PcaViewer createJalviewModelPcaViewer()
-  {
-    return new JalviewModel.PcaViewer();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.Viewport createJalviewModelViewport()
-  {
-    return new JalviewModel.Viewport();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.JSeq createJalviewModelJSeq()
-  {
-    return new JalviewModel.JSeq();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.JSeq.RnaViewer createJalviewModelJSeqRnaViewer()
-  {
-    return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.JSeq.Pdbids createJalviewModelJSeqPdbids()
-  {
-    return new JalviewModel.JSeq.Pdbids();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link AnnotationColourScheme }
-   * 
-   */
-  public AnnotationColourScheme createAnnotationColourScheme()
-  {
-    return new AnnotationColourScheme();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link PcaDataType }
-   * 
-   */
-  public PcaDataType createPcaDataType()
-  {
-    return new PcaDataType();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link DoubleVector }
-   * 
-   */
-  public DoubleVector createDoubleVector()
-  {
-    return new DoubleVector();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link DoubleMatrix }
-   * 
-   */
-  public DoubleMatrix createDoubleMatrix()
-  {
-    return new DoubleMatrix();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Mapping }
-   * 
-   */
-  public Mapping createMapping()
-  {
-    return new Mapping();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link MapListType.MapListFrom }
-   * 
-   */
-  public MapListType.MapListFrom createMapListTypeMapListFrom()
-  {
-    return new MapListType.MapListFrom();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link MapListType.MapListTo }
-   * 
-   */
-  public MapListType.MapListTo createMapListTypeMapListTo()
-  {
-    return new MapListType.MapListTo();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link SequenceType }
-   * 
-   */
-  public SequenceType createSequenceType()
-  {
-    return new SequenceType();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Sequence.DBRef }
-   * 
-   */
-  public Sequence.DBRef createSequenceDBRef()
-  {
-    return new Sequence.DBRef();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link AlcodonFrame.Alcodon }
-   * 
-   */
-  public AlcodonFrame.Alcodon createAlcodonFrameAlcodon()
-  {
-    return new AlcodonFrame.Alcodon();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
-   * 
-   */
-  public AlcodonFrame.AlcodMap createAlcodonFrameAlcodMap()
-  {
-    return new AlcodonFrame.AlcodMap();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link AnnotationElement }
-   * 
-   */
-  public AnnotationElement createAnnotationElement()
-  {
-    return new AnnotationElement();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Annotation.ThresholdLine }
-   * 
-   */
-  public Annotation.ThresholdLine createAnnotationThresholdLine()
-  {
-    return new Annotation.ThresholdLine();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Annotation.Property }
-   * 
-   */
-  public Annotation.Property createAnnotationProperty()
-  {
-    return new Annotation.Property();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
-   * 
-   */
-  public SequenceSet.SequenceSetProperties createSequenceSetSequenceSetProperties()
-  {
-    return new SequenceSet.SequenceSetProperties();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link VAMSAS }
-   * 
-   */
-  public VAMSAS createVAMSAS()
-  {
-    return new VAMSAS();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link FeatureMatcher }
-   * 
-   */
-  public FeatureMatcher createFeatureMatcher()
-  {
-    return new FeatureMatcher();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link WebServiceParameterSet }
-   * 
-   */
-  public WebServiceParameterSet createWebServiceParameterSet()
-  {
-    return new WebServiceParameterSet();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet.CompoundMatcher }
-   * 
-   */
-  public FeatureMatcherSet.CompoundMatcher createFeatureMatcherSetCompoundMatcher()
-  {
-    return new FeatureMatcherSet.CompoundMatcher();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Colour }
-   * 
-   */
-  public JalviewUserColours.Colour createJalviewUserColoursColour()
-  {
-    return new JalviewUserColours.Colour();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Filter }
-   * 
-   */
-  public JalviewUserColours.Filter createJalviewUserColoursFilter()
-  {
-    return new JalviewUserColours.Filter();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Pdbentry.Property }
-   * 
-   */
-  public Pdbentry.Property createPdbentryProperty()
-  {
-    return new Pdbentry.Property();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link Feature.OtherData }
-   * 
-   */
-  public Feature.OtherData createFeatureOtherData()
-  {
-    return new Feature.OtherData();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.JGroup }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.JGroup createJalviewModelJGroup()
-  {
-    return new JalviewModel.JGroup();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.UserColours }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.UserColours createJalviewModelUserColours()
-  {
-    return new JalviewModel.UserColours();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.Tree }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.Tree createJalviewModelTree()
-  {
-    return new JalviewModel.Tree();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.FeatureSettings.Setting createJalviewModelFeatureSettingsSetting()
-  {
-    return new JalviewModel.FeatureSettings.Setting();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.FeatureSettings.Group createJalviewModelFeatureSettingsGroup()
-  {
-    return new JalviewModel.FeatureSettings.Group();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint createJalviewModelPcaViewerSequencePoint()
-  {
-    return new JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.PcaViewer.Axis createJalviewModelPcaViewerAxis()
-  {
-    return new JalviewModel.PcaViewer.Axis();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin createJalviewModelPcaViewerSeqPointMin()
-  {
-    return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax createJalviewModelPcaViewerSeqPointMax()
-  {
-    return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.Viewport.HiddenColumns createJalviewModelViewportHiddenColumns()
-  {
-    return new JalviewModel.Viewport.HiddenColumns();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.Viewport.CalcIdParam createJalviewModelViewportCalcIdParam()
-  {
-    return new JalviewModel.Viewport.CalcIdParam();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of
-   * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure createJalviewModelJSeqRnaViewerSecondaryStructure()
-  {
-    return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
-   * 
-   */
-  public JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState createJalviewModelJSeqPdbidsStructureState()
-  {
-    return new JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState();
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link JalviewModel
-   * }{@code >}
-   * 
-   * @param value
-   *          Java instance representing xml element's value.
-   * @return the new instance of {@link JAXBElement
-   *         }{@code <}{@link JalviewModel }{@code >}
-   */
-  @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org", name = "JalviewModel")
-  public JAXBElement<JalviewModel> createJalviewModel(JalviewModel value)
-  {
-    return new JAXBElement<JalviewModel>(_JalviewModel_QNAME,
-            JalviewModel.class, null, value);
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JAXBElement
-   * }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}
-   * 
-   * @param value
-   *          Java instance representing xml element's value.
-   * @return the new instance of {@link JAXBElement
-   *         }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}
-   */
-  @XmlElementDecl(
-    namespace = "www.jalview.org/colours",
-    name = "JalviewUserColours")
-  public JAXBElement<JalviewUserColours> createJalviewUserColours(
-          JalviewUserColours value)
-  {
-    return new JAXBElement<JalviewUserColours>(_JalviewUserColours_QNAME,
-            JalviewUserColours.class, null, value);
-  }
-
-  /**
-   * Create an instance of {@link JAXBElement
-   * }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}
-   * 
-   * @param value
-   *          Java instance representing xml element's value.
-   * @return the new instance of {@link JAXBElement
-   *         }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}
-   */
-  @XmlElementDecl(
-    namespace = "www.jalview.org/xml/wsparamset",
-    name = "WebServiceParameterSet")
-  public JAXBElement<WebServiceParameterSet> createWebServiceParameterSet(
-          WebServiceParameterSet value)
-  {
-    return new JAXBElement<WebServiceParameterSet>(
-            _WebServiceParameterSet_QNAME, WebServiceParameterSet.class,
-            null, value);
-  }
+public class ObjectFactory {
+
+    private final static QName _WebServiceParameterSet_QNAME = new QName("www.jalview.org/xml/wsparamset", "WebServiceParameterSet");
+    private final static QName _JalviewModel_QNAME = new QName("www.jalview.org", "JalviewModel");
+    private final static QName _JalviewUserColours_QNAME = new QName("www.jalview.org/colours", "JalviewUserColours");
+
+    /**
+     * Create a new ObjectFactory that can be used to create new instances of schema derived classes for package: jalview.xml.binding.jalview
+     * 
+     */
+    public ObjectFactory() {
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link AlcodonFrame }
+     * 
+     */
+    public AlcodonFrame createAlcodonFrame() {
+        return new AlcodonFrame();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link MapListType }
+     * 
+     */
+    public MapListType createMapListType() {
+        return new MapListType();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Sequence }
+     * 
+     */
+    public Sequence createSequence() {
+        return new Sequence();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Annotation }
+     * 
+     */
+    public Annotation createAnnotation() {
+        return new Annotation();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link SequenceSet }
+     * 
+     */
+    public SequenceSet createSequenceSet() {
+        return new SequenceSet();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet }
+     * 
+     */
+    public FeatureMatcherSet createFeatureMatcherSet() {
+        return new FeatureMatcherSet();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewUserColours }
+     * 
+     */
+    public JalviewUserColours createJalviewUserColours() {
+        return new JalviewUserColours();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Pdbentry }
+     * 
+     */
+    public Pdbentry createPdbentry() {
+        return new Pdbentry();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Feature }
+     * 
+     */
+    public Feature createFeature() {
+        return new Feature();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel createJalviewModel() {
+        return new JalviewModel();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.FeatureSettings createJalviewModelFeatureSettings() {
+        return new JalviewModel.FeatureSettings();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.PcaViewer createJalviewModelPcaViewer() {
+        return new JalviewModel.PcaViewer();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.Viewport createJalviewModelViewport() {
+        return new JalviewModel.Viewport();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.JSeq createJalviewModelJSeq() {
+        return new JalviewModel.JSeq();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.JSeq.RnaViewer createJalviewModelJSeqRnaViewer() {
+        return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.JSeq.Pdbids createJalviewModelJSeqPdbids() {
+        return new JalviewModel.JSeq.Pdbids();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link DoubleMatrix }
+     * 
+     */
+    public DoubleMatrix createDoubleMatrix() {
+        return new DoubleMatrix();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link AnnotationColourScheme }
+     * 
+     */
+    public AnnotationColourScheme createAnnotationColourScheme() {
+        return new AnnotationColourScheme();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link PcaDataType }
+     * 
+     */
+    public PcaDataType createPcaDataType() {
+        return new PcaDataType();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link DoubleVector }
+     * 
+     */
+    public DoubleVector createDoubleVector() {
+        return new DoubleVector();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link AlcodonFrame.Alcodon }
+     * 
+     */
+    public AlcodonFrame.Alcodon createAlcodonFrameAlcodon() {
+        return new AlcodonFrame.Alcodon();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
+     * 
+     */
+    public AlcodonFrame.AlcodMap createAlcodonFrameAlcodMap() {
+        return new AlcodonFrame.AlcodMap();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link AnnotationElement }
+     * 
+     */
+    public AnnotationElement createAnnotationElement() {
+        return new AnnotationElement();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Mapping }
+     * 
+     */
+    public Mapping createMapping() {
+        return new Mapping();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link MapListType.MapListFrom }
+     * 
+     */
+    public MapListType.MapListFrom createMapListTypeMapListFrom() {
+        return new MapListType.MapListFrom();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link MapListType.MapListTo }
+     * 
+     */
+    public MapListType.MapListTo createMapListTypeMapListTo() {
+        return new MapListType.MapListTo();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link SequenceType }
+     * 
+     */
+    public SequenceType createSequenceType() {
+        return new SequenceType();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Sequence.DBRef }
+     * 
+     */
+    public Sequence.DBRef createSequenceDBRef() {
+        return new Sequence.DBRef();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Annotation.ThresholdLine }
+     * 
+     */
+    public Annotation.ThresholdLine createAnnotationThresholdLine() {
+        return new Annotation.ThresholdLine();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link MatrixType }
+     * 
+     */
+    public MatrixType createMatrixType() {
+        return new MatrixType();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link jalview.xml.binding.jalview.Property }
+     * 
+     */
+    public jalview.xml.binding.jalview.Property createProperty() {
+        return new jalview.xml.binding.jalview.Property();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
+     * 
+     */
+    public SequenceSet.SequenceSetProperties createSequenceSetSequenceSetProperties() {
+        return new SequenceSet.SequenceSetProperties();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link VAMSAS }
+     * 
+     */
+    public VAMSAS createVAMSAS() {
+        return new VAMSAS();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link FeatureMatcher }
+     * 
+     */
+    public FeatureMatcher createFeatureMatcher() {
+        return new FeatureMatcher();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link WebServiceParameterSet }
+     * 
+     */
+    public WebServiceParameterSet createWebServiceParameterSet() {
+        return new WebServiceParameterSet();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet.CompoundMatcher }
+     * 
+     */
+    public FeatureMatcherSet.CompoundMatcher createFeatureMatcherSetCompoundMatcher() {
+        return new FeatureMatcherSet.CompoundMatcher();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Colour }
+     * 
+     */
+    public JalviewUserColours.Colour createJalviewUserColoursColour() {
+        return new JalviewUserColours.Colour();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Filter }
+     * 
+     */
+    public JalviewUserColours.Filter createJalviewUserColoursFilter() {
+        return new JalviewUserColours.Filter();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Pdbentry.Property }
+     * 
+     */
+    public Pdbentry.Property createPdbentryProperty() {
+        return new Pdbentry.Property();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link Feature.OtherData }
+     * 
+     */
+    public Feature.OtherData createFeatureOtherData() {
+        return new Feature.OtherData();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.JGroup }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.JGroup createJalviewModelJGroup() {
+        return new JalviewModel.JGroup();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.UserColours }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.UserColours createJalviewModelUserColours() {
+        return new JalviewModel.UserColours();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.Tree }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.Tree createJalviewModelTree() {
+        return new JalviewModel.Tree();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.FeatureSettings.Setting createJalviewModelFeatureSettingsSetting() {
+        return new JalviewModel.FeatureSettings.Setting();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.FeatureSettings.Group createJalviewModelFeatureSettingsGroup() {
+        return new JalviewModel.FeatureSettings.Group();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint createJalviewModelPcaViewerSequencePoint() {
+        return new JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.PcaViewer.Axis createJalviewModelPcaViewerAxis() {
+        return new JalviewModel.PcaViewer.Axis();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin createJalviewModelPcaViewerSeqPointMin() {
+        return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax createJalviewModelPcaViewerSeqPointMax() {
+        return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.Viewport.HiddenColumns createJalviewModelViewportHiddenColumns() {
+        return new JalviewModel.Viewport.HiddenColumns();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.Viewport.CalcIdParam createJalviewModelViewportCalcIdParam() {
+        return new JalviewModel.Viewport.CalcIdParam();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.Viewport.Overview createJalviewModelViewportOverview() {
+        return new JalviewModel.Viewport.Overview();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure createJalviewModelJSeqRnaViewerSecondaryStructure() {
+        return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
+     * 
+     */
+    public JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState createJalviewModelJSeqPdbidsStructureState() {
+        return new JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState();
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}}
+     * 
+     */
+    @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org/xml/wsparamset", name = "WebServiceParameterSet")
+    public JAXBElement<WebServiceParameterSet> createWebServiceParameterSet(WebServiceParameterSet value) {
+        return new JAXBElement<WebServiceParameterSet>(_WebServiceParameterSet_QNAME, WebServiceParameterSet.class, null, value);
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link JalviewModel }{@code >}}
+     * 
+     */
+    @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org", name = "JalviewModel")
+    public JAXBElement<JalviewModel> createJalviewModel(JalviewModel value) {
+        return new JAXBElement<JalviewModel>(_JalviewModel_QNAME, JalviewModel.class, null, value);
+    }
+
+    /**
+     * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}}
+     * 
+     */
+    @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org/colours", name = "JalviewUserColours")
+    public JAXBElement<JalviewUserColours> createJalviewUserColours(JalviewUserColours value) {
+        return new JAXBElement<JalviewUserColours>(_JalviewUserColours_QNAME, JalviewUserColours.class, null, value);
+    }
 
 }