git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'Jalview-JS/jim/JAL-3253-JAL-3418' into Jalview-JS/JAL-3253-applet
[jalview.git] / test / jalview / gui / SeqPanelTest.java
diff --git a/test/jalview/gui/SeqPanelTest.java b/test/jalview/gui/SeqPanelTest.java
index 4ce2696..17e04bf 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/SeqPanelTest.java
+++ b/test/jalview/gui/SeqPanelTest.java
@@ -21,11 +21,15 @@
 package jalview.gui;
 
 import static org.testng.Assert.assertEquals;
+import static org.testng.Assert.assertNull;
 import static org.testng.Assert.assertTrue;
 
 import jalview.api.AlignViewportI;
 import jalview.bin.Cache;
 import jalview.bin.Jalview;
+import jalview.commands.EditCommand;
+import jalview.commands.EditCommand.Action;
+import jalview.commands.EditCommand.Edit;
 import jalview.datamodel.Alignment;
 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
@@ -34,6 +38,7 @@ import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.gui.SeqPanel.MousePos;
 import jalview.io.DataSourceType;
 import jalview.io.FileLoader;
+import jalview.util.MessageManager;
 
 import java.awt.Event;
 import java.awt.EventQueue;
@@ -110,6 +115,110 @@ public class SeqPanelTest
   }
 
   @Test(groups = "Functional")
+  public void testGetEditStatusMessage()
+  {
+    assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(null));
+
+    EditCommand edit = new EditCommand(); // empty
+    assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit));
+
+    SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { new Sequence("a", "b") };
+    
+    // 1 gap
+    edit.addEdit(edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 1, '-'));
+    String expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gap", "1");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+
+    // 3 more gaps makes +4
+    edit.addEdit(edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 3, '-'));
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "4");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+
+    // 2 deletes makes + 2
+    edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-'));
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "2");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+
+    // 2 more deletes makes 0 - no text
+    edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-'));
+    assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit));
+
+    // 1 more delete makes 1 delete
+    edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-'));
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gap", "1");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+
+    // 1 more delete makes 2 deletes
+    edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-'));
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gaps", "2");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+  }
+
+  /**
+   * Tests that simulate 'locked editing', where an inserted gap is balanced by
+   * a gap deletion in the selection group, and vice versa
+   */
+  @Test(groups = "Functional")
+  public void testGetEditStatusMessage_lockedEditing()
+  {
+    EditCommand edit = new EditCommand(); // empty
+    SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { new Sequence("a", "b") };
+    
+    // 1 gap inserted, balanced by 1 delete
+    Edit e1 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 1, '-');
+    edit.addEdit(e1);
+    Edit e2 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 5, 1, '-');
+    e2.setSystemGenerated(true);
+    edit.addEdit(e2);
+    String expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gap", "1");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+  
+    // 2 more gaps makes +3
+    Edit e3 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 2, '-');
+    edit.addEdit(e3);
+    Edit e4 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 5, 2, '-');
+    e4.setSystemGenerated(true);
+    edit.addEdit(e4);
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "3");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+  
+    // 2 deletes makes + 1
+    Edit e5 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-');
+    edit.addEdit(e5);
+    Edit e6 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 2, '-');
+    e6.setSystemGenerated(true);
+    edit.addEdit(e6);
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gap", "1");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+  
+    // 1 more delete makes 0 - no text
+    Edit e7 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-');
+    edit.addEdit(e7);
+    Edit e8 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 1, '-');
+    e8.setSystemGenerated(true);
+    edit.addEdit(e8);
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "2");
+    assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit));
+  
+    // 1 more delete makes 1 delete
+    Edit e9 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-');
+    edit.addEdit(e9);
+    Edit e10 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 1, '-');
+    e10.setSystemGenerated(true);
+    edit.addEdit(e10);
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gap", "1");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+  
+    // 2 more deletes makes 3 deletes
+    Edit e11 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-');
+    edit.addEdit(e11);
+    Edit e12 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 2, '-');
+    e12.setSystemGenerated(true);
+    edit.addEdit(e12);
+    expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gaps", "3");
+    assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
+  }
+
   public void testFindMousePosition_unwrapped()
   {
     String seqData = ">Seq1\nAACDE\n>Seq2\nAA--E\n";
@@ -143,22 +252,22 @@ public class SeqPanelTest
   @AfterMethod(alwaysRun = true)
   public void tearDown()
   {
-    Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
+    Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
   }
 
   @Test(groups = "Functional")
   public void testFindMousePosition_wrapped_annotations()
   {
-    Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", "true");
-    Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
+    Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS", "true");
+    Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT", "true");
     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
     av.setScaleAboveWrapped(false);
     av.setScaleLeftWrapped(false);
     av.setScaleRightWrapped(false);
-    alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
-    waitForSwing(); // for Swing thread
+
+    alignFrame.alignPanel.updateLayout();
 
     final int charHeight = av.getCharHeight();
     final int charWidth = av.getCharWidth();
@@ -324,16 +433,15 @@ public class SeqPanelTest
   @Test(groups = "Functional")
   public void testFindMousePosition_wrapped_scaleAbove()
   {
-    Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", "true");
-    Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
+    Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS", "true");
+    Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT", "true");
     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
     av.setScaleAboveWrapped(true);
     av.setScaleLeftWrapped(false);
     av.setScaleRightWrapped(false);
-    alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
-    waitForSwing();
+    alignFrame.alignPanel.updateLayout();
 
     final int charHeight = av.getCharHeight();
     final int charWidth = av.getCharWidth();
@@ -520,16 +628,15 @@ public class SeqPanelTest
   @Test(groups = "Functional")
   public void testFindMousePosition_wrapped_noAnnotations()
   {
-    Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", "false");
-    Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
+    Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS", "false");
+    Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT", "true");
     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
     av.setScaleAboveWrapped(false);
     av.setScaleLeftWrapped(false);
     av.setScaleRightWrapped(false);
-    alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
-    waitForSwing();
+    alignFrame.alignPanel.updateLayout();
 
     final int charHeight = av.getCharHeight();
     final int charWidth = av.getCharWidth();
@@ -609,7 +716,7 @@ public class SeqPanelTest
   @Test(groups = "Functional")
   public void testFindColumn_unwrapped()
   {
-    Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "false");
+    Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT", "false");
     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
@@ -675,16 +782,14 @@ public class SeqPanelTest
   @Test(groups = "Functional")
   public void testFindColumn_wrapped()
   {
-    Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
+    Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT", "true");
     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
     AlignViewport av = alignFrame.getViewport();
     av.setScaleAboveWrapped(false);
     av.setScaleLeftWrapped(false);
     av.setScaleRightWrapped(false);
-    alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
-    // need to wait for repaint to finish!
-    waitForSwing();
+    alignFrame.alignPanel.updateLayout();
     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
     int x = 0;
     final int charWidth = av.getCharWidth();
@@ -718,8 +823,7 @@ public class SeqPanelTest
      * x over scale left (before drawn columns) results in -1
      */
     av.setScaleLeftWrapped(true);
-    alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
-    waitForSwing();
+    alignFrame.alignPanel.updateLayout();
     SeqCanvas seqCanvas = testee.seqCanvas;
     int labelWidth = (int) PA.getValue(seqCanvas, "labelWidthWest");
     assertTrue(labelWidth > 0);
@@ -747,8 +851,7 @@ public class SeqPanelTest
      * x over scale right (beyond drawn columns) results in -1
      */
     av.setScaleRightWrapped(true);
-    alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
-    waitForSwing();
+    alignFrame.alignPanel.updateLayout();
     labelWidth = (int) PA.getValue(seqCanvas, "labelWidthEast");
     assertTrue(labelWidth > 0);
     int residuesWide2 = av.getRanges().getViewportWidth();