JAL-2189 apply license
[jalview.git] / test / jalview / io / PfamFormatInputTest.java
index 46e5af7..0eaf94b 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
 package jalview.io;
 
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
@@ -12,8 +32,8 @@ public class PfamFormatInputTest
   @Test
   public void testPfamFormatNoLimits() throws IOException
   {
-    AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile(
-            "ASEQ\t...--FFAFAFF--", AppletFormatAdapter.PASTE, "PFAM");
+    AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile("ASEQ"
+            + '\t' + "...--FFAFAFF--", AppletFormatAdapter.PASTE, "PFAM");
     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
             "Didn't extract limits from PFAM ID");
@@ -22,9 +42,9 @@ public class PfamFormatInputTest
   @Test
   public void testPfamFormatValidLimits() throws IOException
   {
-    AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter()
-            .readFile("ASEQ/15-25\t...--FFAFAFF--",
-                    AppletFormatAdapter.PASTE, "PFAM");
+    AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile(
+            "ASEQ/15-25" + '\t' + "...--FFAFAFF--",
+            AppletFormatAdapter.PASTE, "PFAM");
     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
             "Didn't extract limits from PFAM ID");