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JAL-3187 update unit test - protein variants not now precomputed
[jalview.git] / test / jalview / io / vcf / VCFLoaderTest.java
diff --git a/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java b/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java
index 7099282..20cabbd 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java
+++ b/test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java
@@ -1,6 +1,7 @@
 package jalview.io.vcf;
 
 import static org.testng.Assert.assertEquals;
+import static org.testng.Assert.assertTrue;
 
 import jalview.bin.Cache;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
@@ -66,7 +67,7 @@ public class VCFLoaderTest
       // insertion G/GA is transferred to nucleotide but not to peptide
       "17\t45051613\t.\tG\tGA,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=3.0e-03,2.0e-03" };
 
-  @BeforeClass
+  @BeforeClass(alwaysRun = true)
   public void setUp()
   {
     /*
@@ -75,6 +76,7 @@ public class VCFLoaderTest
     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
     Cache.setProperty("VCF_FIELDS", ".*");
     Cache.setProperty("VEP_FIELDS", ".*");
+    Cache.setProperty("VCF_ASSEMBLY", "GRCh38=GRCh38");
     Cache.initLogger();
   }
 
@@ -103,7 +105,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
-    assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 4.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,C");
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
     sf = geneFeatures.get(1);
@@ -111,7 +115,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 5.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,T");
 
     sf = geneFeatures.get(2);
@@ -119,7 +125,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 2.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 
     sf = geneFeatures.get(3);
@@ -127,7 +135,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 3.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 
     /*
@@ -141,14 +151,18 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 2.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
     sf = transcriptFeatures.get(1);
     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 3.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 
     /*
@@ -165,13 +179,18 @@ public class VCFLoaderTest
       }
     }
     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
-    assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
-    sf = proteinFeatures.get(0);
-    assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
-    assertEquals(sf.getBegin(), 1);
-    assertEquals(sf.getEnd(), 1);
-    assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ser1Thr");
+
+    /*
+     * JAL-3187 don't precompute protein features, do dynamically instead
+     */
+    assertTrue(proteinFeatures.isEmpty());
+    // assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
+    // sf = proteinFeatures.get(0);
+    // assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
+    // assertEquals(sf.getBegin(), 1);
+    // assertEquals(sf.getEnd(), 1);
+    // assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
+    // assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ser1Thr");
   }
 
   private File makeVcf() throws IOException
@@ -337,7 +356,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 5.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "T,A");
 
     /*
@@ -348,7 +369,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 4.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "T,G");
 
     /*
@@ -359,7 +382,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 22);
     assertEquals(sf.getEnd(), 22);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 2.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "C,G");
 
     /*
@@ -374,7 +399,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 21);
     assertEquals(sf.getEnd(), 21);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 3.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GT");
 
     /*
@@ -392,7 +419,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 16);
     assertEquals(sf.getEnd(), 16);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 3.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GT");
 
     /*
@@ -403,7 +432,9 @@ public class VCFLoaderTest
     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 2.0e-03,
+            DELTA);
     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "C,G");
 
     /*
@@ -420,13 +451,17 @@ public class VCFLoaderTest
       }
     }
     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
-    assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
-    sf = proteinFeatures.get(0);
-    assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
-    assertEquals(sf.getBegin(), 6);
-    assertEquals(sf.getEnd(), 6);
-    assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ala6Gly");
+    /*
+     * JAL-3187 don't precompute protein features, do dynamically instead
+     */
+    assertTrue(proteinFeatures.isEmpty());
+    // assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
+    // sf = proteinFeatures.get(0);
+    // assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
+    // assertEquals(sf.getBegin(), 6);
+    // assertEquals(sf.getEnd(), 6);
+    // assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
+    // assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ala6Gly");
   }
 
   /**
@@ -463,7 +498,8 @@ public class VCFLoaderTest
     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.1f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.1f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,A");
     // gene features include Consequence for all transcripts
     Map map = (Map) sf.getValue("CSQ");
@@ -472,7 +508,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = geneFeatures.get(1);
     assertEquals(sf.getBegin(), 5);
     assertEquals(sf.getEnd(), 5);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.2f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
     assertEquals(map.size(), 9);
@@ -480,7 +517,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = geneFeatures.get(2);
     assertEquals(sf.getBegin(), 9);
     assertEquals(sf.getEnd(), 11); // deletion over 3 positions
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.3f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.3f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "CGG,C");
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
     assertEquals(map.size(), 9);
@@ -488,7 +526,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = geneFeatures.get(3);
     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.5f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
     assertEquals(map.size(), 9);
@@ -496,7 +535,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = geneFeatures.get(4);
     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.4f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
     assertEquals(map.size(), 9);
@@ -504,7 +544,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = geneFeatures.get(5);
     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.7f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
     assertEquals(map.size(), 9);
@@ -512,7 +553,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = geneFeatures.get(6);
     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
     assertEquals(sf.getEnd(), 17); // insertion
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.6f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
     assertEquals(map.size(), 9);
@@ -530,7 +572,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(0);
     assertEquals(sf.getBegin(), 3);
     assertEquals(sf.getEnd(), 3);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.2f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
     // transcript features only have Consequence for that transcripts
     map = (Map) sf.getValue("CSQ");
@@ -540,7 +583,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(1);
     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.7f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
     assertEquals(map.size(), 9);
     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
@@ -548,7 +592,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(2);
     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.6f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
     assertEquals(map.size(), 9);
     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript3");
@@ -570,20 +615,24 @@ public class VCFLoaderTest
       }
     }
     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
-    SequenceFeatures.sortFeatures(proteinFeatures, true);
-    assertEquals(proteinFeatures.size(), 2);
-    sf = proteinFeatures.get(0);
-    assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
-    assertEquals(sf.getBegin(), 1);
-    assertEquals(sf.getEnd(), 1);
-    assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SYNONYMOUS_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getDescription(), "AGT");
-    sf = proteinFeatures.get(1);
-    assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
-    assertEquals(sf.getBegin(), 4);
-    assertEquals(sf.getEnd(), 4);
-    assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
-    assertEquals(sf.getDescription(), "p.Glu4Gly");
+    /*
+     * JAL-3187 don't precompute protein features, do dynamically instead
+     */
+    assertTrue(proteinFeatures.isEmpty());
+    // SequenceFeatures.sortFeatures(proteinFeatures, true);
+    // assertEquals(proteinFeatures.size(), 2);
+    // sf = proteinFeatures.get(0);
+    // assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
+    // assertEquals(sf.getBegin(), 1);
+    // assertEquals(sf.getEnd(), 1);
+    // assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SYNONYMOUS_VARIANT);
+    // assertEquals(sf.getDescription(), "agC/agT");
+    // sf = proteinFeatures.get(1);
+    // assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
+    // assertEquals(sf.getBegin(), 4);
+    // assertEquals(sf.getEnd(), 4);
+    // assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.NONSYNONYMOUS_VARIANT);
+    // assertEquals(sf.getDescription(), "p.Glu4Gly");
 
     /*
      * verify variant feature(s) added to transcript4
@@ -595,7 +644,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(0);
     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.5f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
     assertEquals(map.size(), 9);
     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
@@ -603,7 +653,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(1);
     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.4f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
     assertEquals(map.size(), 9);
     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
@@ -611,7 +662,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(2);
     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.7f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
     assertEquals(map.size(), 9);
     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");
@@ -619,7 +671,8 @@ public class VCFLoaderTest
     sf = transcriptFeatures.get(3);
     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
-    assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
+    assertEquals(sf.getScore(), 0f);
+    assertEquals(Float.parseFloat((String) sf.getValue("AF")), 0.6f, DELTA);
     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
     assertEquals(map.size(), 9);
     assertEquals(sf.getValueAsString("CSQ", "Feature"), "transcript4");