git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'feature/JAL-3181linkOrdering' into develop
[jalview.git] / test / jalview / util / UrlLinkTest.java
diff --git a/test/jalview/util/UrlLinkTest.java b/test/jalview/util/UrlLinkTest.java
index f219fb8..c7d37b0 100644 (file)
--- a/test/jalview/util/UrlLinkTest.java
+++ b/test/jalview/util/UrlLinkTest.java
@@ -30,17 +30,27 @@ import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
 import jalview.datamodel.DBRefSource;
 import jalview.datamodel.Sequence;
+import jalview.gui.JvOptionPane;
 
 import java.util.ArrayList;
+import java.util.Comparator;
 import java.util.LinkedHashMap;
 import java.util.List;
 import java.util.Map;
 
+import org.testng.annotations.BeforeClass;
 import org.testng.annotations.Test;
 
 public class UrlLinkTest
 {
 
+  @BeforeClass(alwaysRun = true)
+  public void setUpJvOptionPane()
+  {
+    JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
+    JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
+  }
+
   final static String DB = "Test";
 
   final static String URL_PREFIX = "http://www.jalview.org/";
@@ -66,8 +76,8 @@ public class UrlLinkTest
             + DELIM + URL_SUFFIX);
     assertEquals(DB, ul.getTarget());
     assertEquals(DB, ul.getLabel());
-    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrl_prefix());
-    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrl_suffix());
+    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrlPrefix());
+    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrlSuffix());
     assertTrue(ul.isDynamic());
     assertFalse(ul.usesDBAccession());
     assertNull(ul.getRegexReplace());
@@ -79,8 +89,8 @@ public class UrlLinkTest
             + URL_SUFFIX);
     assertEquals(DB, ul.getTarget());
     assertEquals(DB, ul.getLabel());
-    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrl_prefix());
-    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrl_suffix());
+    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrlPrefix());
+    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrlSuffix());
     assertTrue(ul.isDynamic());
     assertTrue(ul.usesDBAccession());
     assertNull(ul.getRegexReplace());
@@ -91,7 +101,7 @@ public class UrlLinkTest
     ul = new UrlLink(DB + SEP + URL_PREFIX + URL_SUFFIX.substring(1));
     assertEquals(DB, ul.getTarget());
     assertEquals(DB, ul.getLabel());
-    assertEquals(URL_PREFIX + URL_SUFFIX.substring(1), ul.getUrl_prefix());
+    assertEquals(URL_PREFIX + URL_SUFFIX.substring(1), ul.getUrlPrefix());
     assertFalse(ul.isDynamic());
     assertFalse(ul.usesDBAccession());
     assertNull(ul.getRegexReplace());
@@ -110,8 +120,8 @@ public class UrlLinkTest
             + REGEX_NESTED + DELIM + URL_SUFFIX);
     assertEquals(DB, ul.getTarget());
     assertEquals(DB, ul.getLabel());
-    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrl_prefix());
-    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrl_suffix());
+    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrlPrefix());
+    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrlSuffix());
     assertTrue(ul.isDynamic());
     assertFalse(ul.usesDBAccession());
     assertEquals(REGEX_NESTED.substring(2, REGEX_NESTED.length() - 2),
@@ -124,8 +134,8 @@ public class UrlLinkTest
             + REGEX_NESTED + DELIM + URL_SUFFIX);
     assertEquals(DB, ul.getTarget());
     assertEquals(DB, ul.getLabel());
-    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrl_prefix());
-    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrl_suffix());
+    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrlPrefix());
+    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrlSuffix());
     assertTrue(ul.isDynamic());
     assertTrue(ul.usesDBAccession());
     assertEquals(REGEX_NESTED.substring(2, REGEX_NESTED.length() - 2),
@@ -138,8 +148,8 @@ public class UrlLinkTest
             + REGEX_RUBBISH + DELIM + URL_SUFFIX);
     assertEquals(DB, ul.getTarget());
     assertEquals(DB, ul.getLabel());
-    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrl_prefix());
-    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrl_suffix());
+    assertEquals(URL_PREFIX, ul.getUrlPrefix());
+    assertEquals(URL_SUFFIX, ul.getUrlSuffix());
     assertTrue(ul.isDynamic());
     assertTrue(ul.usesDBAccession());
     assertEquals(REGEX_RUBBISH.substring(2, REGEX_RUBBISH.length() - 2),
@@ -262,16 +272,16 @@ public class UrlLinkTest
     UrlLink ul = new UrlLink(DB + SEP + URL_PREFIX + DELIM + SEQUENCE_ID
             + DELIM + URL_SUFFIX);
 
-    Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
+    Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
     ul.createLinksFromSeq(null, linkset);
 
     String key = DB + SEP + URL_PREFIX;
     assertEquals(1, linkset.size());
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), DB);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), DB);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), null);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3), URL_PREFIX);
+    assertEquals(DB, linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals(DB, linkset.get(key).get(1));
+    assertEquals(null, linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals(URL_PREFIX, linkset.get(key).get(3));
   }
 
   /**
@@ -282,16 +292,16 @@ public class UrlLinkTest
   {
     UrlLink ul = new UrlLink(DB + SEP + URL_PREFIX + URL_SUFFIX);
 
-    Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
+    Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
     ul.createLinksFromSeq(null, linkset);
 
     String key = DB + SEP + URL_PREFIX + URL_SUFFIX;
     assertEquals(1, linkset.size());
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), DB);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), DB);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), null);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3), URL_PREFIX + URL_SUFFIX);
+    assertEquals(DB, linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals(DB, linkset.get(key).get(1));
+    assertEquals(null, linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals(URL_PREFIX + URL_SUFFIX, linkset.get(key).get(3));
   }
 
   /**
@@ -302,8 +312,8 @@ public class UrlLinkTest
   {
 
     // create list of links and list of DBRefs
-    List<String> links = new ArrayList<String>();
-    List<DBRefEntry> refs = new ArrayList<DBRefEntry>();
+    List<String> links = new ArrayList<>();
+    List<DBRefEntry> refs = new ArrayList<>();
 
     // links as might be added into Preferences | Connections dialog
     links.add("EMBL-EBI Search | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$"
@@ -332,71 +342,123 @@ public class UrlLinkTest
     UrlLink ul = new UrlLink(DB + SEP + URL_PREFIX + DELIM + SEQUENCE_ID
             + DELIM + URL_SUFFIX);
 
-    Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
+    Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
     ul.createLinksFromSeq(seq0, linkset);
 
     String key = seq0.getName() + SEP + URL_PREFIX + seq0.getName()
             + URL_SUFFIX;
     assertEquals(1, linkset.size());
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), DB);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), DB);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), seq0.getName());
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3), URL_PREFIX + seq0.getName()
-            + URL_SUFFIX);
+    assertEquals(DB, linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals(DB, linkset.get(key).get(1));
+    assertEquals(seq0.getName(), linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals(URL_PREFIX + seq0.getName() + URL_SUFFIX, linkset.get(key)
+            .get(3));
 
     // Test where link takes a db annotation id and only has one dbref
     ul = new UrlLink(links.get(1));
-    linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
+    linkset = new LinkedHashMap<>();
     ul.createLinksFromSeq(seq0, linkset);
 
     key = "P83527|http://www.uniprot.org/uniprot/P83527";
-    assertEquals(1, linkset.size());
+    assertEquals(linkset.size(), 1);
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), DBRefSource.UNIPROT);
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), DBRefSource.UNIPROT + SEP
-            + "P83527");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), "P83527");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3),
-            "http://www.uniprot.org/uniprot/P83527");
+    assertEquals(DBRefSource.UNIPROT, linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals(DBRefSource.UNIPROT + SEP + "P83527", linkset.get(key)
+            .get(1));
+    assertEquals("P83527", linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals("http://www.uniprot.org/uniprot/P83527", linkset.get(key)
+            .get(3));
 
     // Test where link takes a db annotation id and has multiple dbrefs
     ul = new UrlLink(links.get(2));
-    linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
+    linkset = new LinkedHashMap<>();
     ul.createLinksFromSeq(seq0, linkset);
     assertEquals(3, linkset.size());
 
     // check each link made it in correctly
     key = "IPR001041|http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR001041";
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), "INTERPRO");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), "INTERPRO" + SEP + "IPR001041");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), "IPR001041");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3),
-            "http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR001041");
+    assertEquals("INTERPRO", linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals("INTERPRO" + SEP + "IPR001041", linkset.get(key).get(1));
+    assertEquals("IPR001041", linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals("http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR001041", linkset
+            .get(key).get(3));
 
     key = "IPR006058|http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR006058";
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), "INTERPRO");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), "INTERPRO" + SEP + "IPR006058");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), "IPR006058");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3),
-            "http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR006058");
+    assertEquals("INTERPRO", linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals("INTERPRO" + SEP + "IPR006058", linkset.get(key).get(1));
+    assertEquals("IPR006058", linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals("http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR006058", linkset
+            .get(key).get(3));
 
     key = "IPR012675|http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR012675";
     assertTrue(linkset.containsKey(key));
-    assertEquals(linkset.get(key).get(0), "INTERPRO");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(1), "INTERPRO" + SEP + "IPR012675");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(2), "IPR012675");
-    assertEquals(linkset.get(key).get(3),
-            "http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR012675");
+    assertEquals("INTERPRO", linkset.get(key).get(0));
+    assertEquals("INTERPRO" + SEP + "IPR012675", linkset.get(key).get(1));
+    assertEquals("IPR012675", linkset.get(key).get(2));
+    assertEquals("http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR012675", linkset
+            .get(key).get(3));
 
     // Test where there are no matching dbrefs for the link
     ul = new UrlLink(DB + SEP + URL_PREFIX + DELIM + DB_ACCESSION + DELIM
             + URL_SUFFIX);
-    linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
+    linkset = new LinkedHashMap<>();
     ul.createLinksFromSeq(seq0, linkset);
     assertTrue(linkset.isEmpty());
   }
 
+  /**
+   * Test links where label and target are both included
+   */
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testLinksWithTargets()
+  {
+    UrlLink ul = new UrlLink(
+            "Protein Data Bank | http://www.identifiers.org/pdb/$"
+                    + DB_ACCESSION + "$" + " | pdb");
+
+    assertEquals("Protein Data Bank", ul.getLabel());
+    assertEquals("pdb", ul.getTarget());
+    assertEquals("http://www.identifiers.org/pdb/$" + DB_ACCESSION + "$",
+            ul.getUrlWithToken());
+
+    assertEquals("Protein Data Bank|http://www.identifiers.org/pdb/$"
+            + DB_ACCESSION + "$" + "|pdb", ul.toStringWithTarget());
+
+    ul = new UrlLink("Protein Data Bank",
+            "http://www.identifiers.org/pdb/$" + DB_ACCESSION + "$", "pdb");
+
+    assertEquals("Protein Data Bank", ul.getLabel());
+    assertEquals("pdb", ul.getTarget());
+    assertEquals("http://www.identifiers.org/pdb/$" + DB_ACCESSION + "$",
+            ul.getUrlWithToken());
+
+    assertEquals("Protein Data Bank|http://www.identifiers.org/pdb/$"
+            + DB_ACCESSION + "$" + "|pdb", ul.toStringWithTarget());
+
+  }
+
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testLinkComparator()
+  {
+    Comparator<String> c = UrlLink.LINK_COMPARATOR;
+    assertEquals(0, c.compare(null, null));
+    assertEquals(0, c.compare(null, "x"));
+    assertEquals(0, c.compare("y", null));
+
+    /*
+     * SEQUENCE_ID templates should come before DB_ACCESSION templates
+     */
+    String dbRefUrl = "Cath|http://www.cathdb.info/version/v4_2_0/superfamily/$DB_ACCESSION$";
+    String seqIdUrl = "EBI|https://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$";
+    assertTrue(c.compare(seqIdUrl, dbRefUrl) < 0);
+    assertTrue(c.compare(dbRefUrl, seqIdUrl) > 0);
+
+    String interpro = "Interpro|https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/$DB_ACCESSION$";
+    String prosite = "ProSite|https://prosite.expasy.org/PS00197";
+    assertTrue(c.compare(interpro, prosite) < 0);
+    assertTrue(c.compare(prosite, interpro) > 0);
+  }
 }