JAL-1518 drop Jalopy from utils directory
[jalview.git] / utils / jalopy / docs / header.html
diff --git a/utils/jalopy/docs/header.html b/utils/jalopy/docs/header.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 649cd81..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,115 +0,0 @@
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
--->
-    <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
-  <html><head>
-      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
-   <title>4.3.10.&nbsp;Header</title><link rel="stylesheet" href="site.css" type="text/css"><meta name="generator" content="DocBook XSL Stylesheets V1.65.1"><link rel="home" href="manual.html" title="Jalopy User Manual"><link rel="up" href="printer.html" title="4.3.&nbsp;Printer"><link rel="previous" href="javadoc.html" title="4.3.9.&nbsp;Javadoc"><link rel="next" href="footer.html" title="4.3.11.&nbsp;Footer"><link rel="preface" href="dedication.html" title="Dedication"><link rel="preface" href="acknowledge.html" title="Acknowledgements"><link rel="preface" href="introduction.html" title="Introduction"><link rel="part" href="part-core.html" title="Part&nbsp;I.&nbsp;Jalopy core"><link rel="chapter" href="installation.html" title="Chapter&nbsp;1.&nbsp;Installation"><link rel="chapter" href="build.html" title="Chapter&nbsp;2.&nbsp;Building"><link rel="chapter" href="usage.html" title="Chapter&nbsp;3.&nbsp;Usage"><link rel="chapter" href="settings.html" title="Chapter&nbsp;4.&nbsp;Settings"><link rel="part" href="part-plugins.html" title="Part&nbsp;II.&nbsp;Plug-ins"><link rel="chapter" href="plugin-ant.html" title="Chapter&nbsp;5.&nbsp;Ant Plug-in task"><link rel="chapter" href="plugin-console.html" title="Chapter&nbsp;6.&nbsp;Console Application"><link rel="chapter" href="plugin-eclipse.html" title="Chapter&nbsp;7.&nbsp;Eclipse Plug-in"><link rel="chapter" href="plugin-jbuilder.html" title="Chapter&nbsp;8.&nbsp;JBuilder OpenTool"><link rel="chapter" href="plugin-jdev.html" title="Chapter&nbsp;9.&nbsp;JDeveloper Extension"><link rel="chapter" href="plugin-jedit.html" title="Chapter&nbsp;10.&nbsp;jEdit Plug-in"><link rel="chapter" href="plugin-netbeans.html" title="Chapter&nbsp;11.&nbsp;NetBeans/Sun ONE Studio module"><link rel="appendix" href="dependencies.html" title="Appendix&nbsp;A.&nbsp;Library Dependencies"><link rel="appendix" href="license-bsd.html" title="Appendix&nbsp;B.&nbsp;The Jalopy BSD License"><link rel="appendix" href="license-antlr.html" title="Appendix&nbsp;C.&nbsp;ANTLR SOFTWARE RIGHTS"><link rel="appendix" href="license-apache.html" title="Appendix&nbsp;D.&nbsp;The Apache Software License, Version 1.1"><link rel="appendix" href="license-gnu.html" title="Appendix&nbsp;E.&nbsp;GNU GENERAL PUBLIC LICENSE Version 2, June 1991"><link rel="appendix" href="license-gnu-doc.html" title="Appendix&nbsp;F.&nbsp;GNU Free Documentation License Version 1.1, March 2000"><link rel="appendix" href="license-common-public.html" title="Appendix&nbsp;G.&nbsp;Common Public License Version 1.0"><link rel="appendix" href="license-sun-public.html" title="Appendix&nbsp;H.&nbsp;SUN PUBLIC LICENSE Version 1.0"><link rel="index" href="ix01.html" title="Index"><link rel="subsection" href="header.html#header-options" title="4.3.10.1.&nbsp;&#xA;Options&#xA;"><link rel="subsection" href="header.html#d0e4821" title="4.3.10.2.&nbsp;&#xA;Text&#xA;">
-      <meta name="description" content="Jalopy Java Source Code Formatter Beautifier Pretty Printer"> 
-      <meta http-equiv="pics-label" content='(pics-1.1 "http://www.icra.org/ratingsv02.html" l gen true for "http://jalopy.sf.net" r (cz 1 lz 1 nz 1 oz 1 vz 1) "http://www.rsac.org/ratingsv01.html" l gen true for "http://jalopy.sf.net" r (n 0 s 0 v 0 l 0))'> 
-    </head><body id="toppage" bgcolor="white" text="black" link="#0000FF" vlink="#840084" alink="#0000FF"><table width="700" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" align="left"><tbody><tr><td><table cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%" style="border:1px solid #336699"><tbody><tr><td height="16"></td></tr><tr><td bgcolor="#3399cc" height="1"></td></tr><tr style="border:none"><td style="border:none"><table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td class="logo">JALOPY</td><td class="sublogo" valign="bottom">Java Source Code Formatter Beautifier Pretty Printer</td></tr></tbody></table></td></tr><tr><td bgcolor="#3399cc" height="1"></td></tr><tr><td height="10"></td></tr><tr><td bgcolor="#ff8000" height="4"></td></tr><tr><td height="20" bgcolor="#336699" style="color:#ffffff;padding-left:10px"><a href="./index.html" class="navlink">Overview</a> &#149;
-                    <a href="./download.html" class="navlink">Download</a> &#149;
-                    <a href="./docs.html" class="navlink">Documentation</a> &#149;
-                    <a href="./plugins.html" class="navlink">Plug-ins</a> &#149;
-                    <a href="./links.html" class="navlink">Links</a> &#149;
-                    <a href="./contact.html" class="navlink">Contact</a></td></tr><tr><td height="1" bgcolor="#ffffff"></td></tr></tbody></table></td></tr><tr valign="top"><td valign="top" bgcolor="#ffffff"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%"><tbody><tr><td height="20" bgcolor="#faebd7" style="padding-left:15px"><a href="./features.html" class="navlink2">Features</a> |
-                    <a href="./history.html" class="navlink2">History</a> |
-                    <a href="./manual.html" class="navlink2">Manual</a> |
-                    <a href="./faq.html" class="navlink2">FAQ</a> |
-                    <a href="./api/index.html" class="navlink2">Javadoc</a></td></tr><tr><td height="20" bgcolor="#ffffff"></td></tr><tr><td bgcolor="#eeeecc" height="17" align="right" style="font-size:10px;padding-right:3px">
-                    This page generated: <strong>June 8 2004</strong></td></tr></tbody></table><table border="0" width="100%" cellspacing="0" cellpadding="5"><tr><td><div class="navheader"><table width="100%" summary="Navigation header"><tr><th colspan="3" align="center">4.3.10.&nbsp;Header</th></tr><tr><td width="20%" align="left"><a accesskey="p" href="javadoc.html">Prev</a>&nbsp;</td><th width="60%" align="center">4.3.&nbsp;Printer</th><td width="20%" align="right">&nbsp;<a accesskey="n" href="footer.html">Next</a></td></tr></table><hr></div><div class="sect2" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h3 class="title"><a name="header"></a>4.3.10.&nbsp;Header</h3></div></div><div></div></div><p>
-Controls the printing of headers. It is always a good idea (and often a
-recommendation) to include a copyright notice at the top of every source file
-for a given project.
-</p><a class="indexterm" name="d0e4734"></a><a class="indexterm" name="d0e4737"></a><div class="example"><a name="ex-header-template"></a><p class="title"><b>Example&nbsp;4.148.&nbsp;Typical header template</b></p><table border="0" bgcolor="#E0E0E0" class="shade"><tr><td><pre class="screen">
-/*
- *                 Sun Public License Notice
- *
- * The contents of this file are subject to the Sun Public License
- * Version 1.0 (the "License"). You may not use this file except in
- * compliance with the License. A copy of the License is available at
- * http://www.sun.com/
- *
- * The Original Code is NetBeans. The Initial Developer of the Original
- * Code is Sun Microsystems, Inc. Portions Copyright 1997-2000 Sun
- * Microsystems, Inc. All Rights Reserved.
- */
-</pre></td></tr></table></div><div class="caution" style="margin-left: 0.5in; margin-right: 0.5in;"><h3 class="title">Headers and Javadoc comments</h3><p>
-Be aware that Jalopy currently does not treat the header comments any special.
-If you're going to use a Javadoc comment (see <a href="javadoc.html" title="4.3.9.&nbsp;Javadoc">Section&nbsp;4.3.9, &#8220;Javadoc&#8221;</a>) for
-your header and have the Javadoc parsing enabled, you will see your header
-reformatted. Therefore, you should only use multi-line comments
-(like in the example above).
-</p></div><p></p><div class="sect3" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h4 class="title"><a name="header-options"></a>4.3.10.1.&nbsp;
-Options
-</h4></div></div><div></div></div><p>
-Lets you control the different header options.
-</p><div class="sect4" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h5 class="title"><a name="header-general"></a>4.3.10.1.1.&nbsp;General</h5></div></div><div></div></div><div class="itemizedlist"><ul type="disc"><li><p>
-Use Header
-</p><p>
-Enables or disables the insertion of a header template at the top of every
-processed source file.
-</p></li><li><p><a name="header-smart-mode"></a>
-Smart Mode
-</p><a class="indexterm" name="d0e4772"></a><p>
-Lets you specify the number of single-line comments before the first node
-(either a package/import statement or a class/interface declaration) that
-should be recognized as part of a header and therefore removed. A size
-equal to zero, means <span class="emphasis"><em>Smart Mode</em></span> will be disabled.
-</p></li></ul></div></div><div class="sect4" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h5 class="title"><a name="header-delete"></a>4.3.10.1.2.&nbsp;Delete Headers</h5></div></div><div></div></div><p>
-To avoid header duplication, you have to specify at least one identify key
-that can be used to uniquely recognize your header template. That way an
-existing header can be removed before a new one is inserted.
-</p><p>
-A good key for the template mentioned above would be
-<i class="firstterm">Sun Public License Notice</i>.
-Most typically this will be your company's name.
-</p><p>
-You can specify several keys to make it easy to switch between headers. Specify
-both a key for the old header that is to be removed and for your new header that
-should be inserted. This way, you are sure that even new additions that happens
-to contain the old header (maybe checked out from some SCM) are
-treated correctly.
-</p><div class="itemizedlist"><ul type="disc"><li><p>
-Add...
-</p><p>
-Adds a new identify key to the list of keys.
-</p></li><li><p>
-Remove
-</p><p>
-Removes the currently selected key from the list.
-</p></li></ul></div></div><div class="sect4" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h5 class="title"><a name="header-blank-lines"></a>4.3.10.1.3.&nbsp;Blank lines</h5></div></div><div></div></div><p>
-To separate the header from the rest of the source code, you may want to
-specify the blank lines before and after the header.
-</p><div class="itemizedlist"><ul type="disc"><li><p>
-Before
-</p><p>
-Number of blank lines to insert before the header template.
-</p></li><li><p>
-After
-</p><p>
-Number of blank lines to insert after the header template.
-</p></li></ul></div></div></div><div class="sect3" lang="en"><div class="titlepage"><div><div><h4 class="title"><a name="d0e4821"></a>4.3.10.2.&nbsp;
-Text
-</h4></div></div><div></div></div><p>
-Insert your header template here.
-</p><p>
-You can use variable expressions throughout the header text. Read
-<a href="environment.html" title="4.3.8.&nbsp;Environment">Section&nbsp;4.3.8, &#8220;Environment&#8221;</a> for more information about this feature.
-</p></div></div><div class="navfooter"><hr><table width="100%" summary="Navigation footer"><tr><td width="40%" align="left"><a accesskey="p" href="javadoc.html">Prev</a>&nbsp;</td><td width="20%" align="center"><a accesskey="u" href="printer.html">Up</a></td><td width="40%" align="right">&nbsp;<a accesskey="n" href="footer.html">Next</a></td></tr><tr><td width="40%" align="left" valign="top">4.3.9.&nbsp;Javadoc&nbsp;</td><td width="20%" align="center"><a accesskey="h" href="manual.html">Home</a></td><td width="40%" align="right" valign="top">&nbsp;4.3.11.&nbsp;Footer</td></tr></table></div></td></tr></table></td></tr><tr><td bgcolor="#eeeecc" height="17" style="font-size:9px;padding-left:5px"><a href="#toppage">to top</a></td></tr><tr><td height="30"><br></td></tr><tr><td height="3"></td></tr><tr><td bgcolor="#336699" height="1"></td></tr><tr><td height="1"></td></tr><tr><td bgcolor="#336699" height="16"></td></tr><tr><td bgcolor="#ff9966" height="4"></td></tr><tr><td class="footer" align="center" height="15" valign="middle">
-            Copyright &copy; 2001-2004, <a class="footer" href="./contact.html">Marco Hunsicker</a>. All rights reserved. Hosted by <a href="http://sourceforge.net">SourceForge.net</a></td></tr></tbody></table><img src="http://sourceforge.net/sflogo.php?group_id=45216&amp;type=1" width="1" height="1" border="0" hspace="0" vspace="0" alt=""></body></html>