sortbytree view setting and action added - setting is not yet stored in the jalview xml

sortbytree/nosortbytree and defprop arguments. (defprop disabled for moment)

new sortbytree default config property

sortbytree parameter added and undo re-instated for sort by tree and sort by id

fixes launchApp bug where user defined colourscheme defined in applet parameter does not get passed to application

better tooltip display and placement, cope with linkOnly features (hack) and safer method for send/receive selections

debugging selection message send/receive

only display unique url links (both in label and in destination)

bugfix for occasional nullpointer exceptions when selecting menu items that operate on the current selection

change method signature to allow caller to test if panel actually scrolled or not

bugfix the bugfix

allow label to be set independently of parsed input string

bug fixes (infinite loop when fetcher given same sequence several times, race conditions when fetching features immediatly after fetching sequences) and enhanced parsing of protein_name dbref types and URL link handling for features with no label.

updated jalview reference

updated binding

fix occasional nullpointer ref when seq ID retrieval doesn't resolve to a sequence object

showUnconserved and updated reference

showunconserved preference

showUnconserved group attribute

showUnconserved IO

showUnconserved view and group setting

show unconserved gui and annotation file attribute

added showUnconserved property to group and view attributes

hack to completely disable calculation of consensus and conservation if autocalculate is not enabled

bugfix

fix broken parsing of non-positional features in GFF files

structure ids are not IDs, but simply references

refactor

added links to the das settings help, and explanation of how to actually open the DAS Settings dialog

ensure that the DAS sequence source checkbox is checked when a local sequence source is edited.

check for features on the retrieved sequences

refactor

added higher level method to enable the display of sequence features

justify cannot be undone - commented out menu items for moment

experimental: sort by feature UI in feature settings and variable height rendering of features by score

new sort by length method, justify edit menu entries and experimental support for variable height sequence feature rendering

catch null pointer exception when no colourscheme is active

simple transformation of feature types like dbref and dbxref into database references

todo

wsdbfetch parameter change again (uniprotkb is dbname for uniprot)

avoid null pointer exception when no features visible

avoid null pointer exception when groupName is not set

left and right justify method

sort by length

added (and enabled) switch to store gff source string as sequencefeature.group rather than add it to description

temporary fix and note about null feature group mucking up selection of features to be sorted on

warning for failed parsing of newick strings

new callback handler allowing threads that request a progress bar to be cancelled (this is untested!)

structureState element to structure view Id is a many to one relationship - so viewId cannot be an XML element ID.

DAS feature scores are parsed into floats on sequence features

output average score to stdout

display feature score in tooltip

order by feature documentation

experimental buttons for sort on score/density and popup menu to sort by score/density for a specific feature type

new sort functions for ordering sequence by annotated features (probably still buggy) - sorts on distribution and score

added location of menu option and keystroke

support for multiple accession retrieval from a database source

added local das sequence source CLI and documentation

fetch database references for all EBI db + selected das sequence sources or a specific list of named sources

sequence fetchers generated for local das sequence sources

das source browser uses local source method from jalview.bin.Cache and methods refactored to allow headless access to list of selected das sources

allow sequence source to be specified as sequence:mydasserver/das/source

local das source properties string constants and routine for generating sequence and feature sources from local source property

properly catch exceptions from querying server with sequence command

minimise exceptions for bad uniprot ids

select source by implementation class

fix null pointer exception for sources which don't have any additional properties

clarity of tree menu calculation widget name

match case switch should work for both sequence ID matches and sequence matches, and be case insensitive for both searched text and query text!

beginning documentation for new hidecol/hiderep and representation capabilities

todo for documenting selection sharing

autoscroll option

new capabilities and note on 'try vamsas'

new features/resolved for 2.4.1.

refactored to propery separate addToDocument,addFromDocument, updateToDocument, updateToJalview and conflict processes

new viewport IDs and jalview XML storage/sync in vamsas appdata and refactored more code to use of jalview.io.vamsas.DatastoreItem

selection sending and receiving, autoscrolling to highlighted position, new viewport IDs and jalview XML storage/sync in vamsas appdata

selection sending and receiving, autoscrolling to highlighted position

selection sending

new ID constructor and selection sending

new constructors for setting IDs

new window discovery and alignment view navigation methods

jar inputstream provider enabling multiple jar entries to be unmarshalled without closing the input stream

automatic scrolling switch

updated library supporting exchange of selection messages

automatic scrolling option added to view

jdk1.2 compatibility

minor translation bug

javadoc

jalview XML schema update for 2.4.1 (or 2.5?) introducing IDs for views and treepanels and proper reconstruction of dataset/Alignment relationships

new listener/sender for selection events

gracefully translate ambigous nucleotides as 'X'

bugfix to safely deal with server exception resulting in null document

added todo regarding import of GFF2 key=value attributes

avoid exception if search returns valid object but does not match any sequences

new copy constructor and intersect method

involvesSequence to check if searchResults intersect with a specific sequence

javadoc and new method to get alignment sequence index using a SearchResults object

bugfix db ref retrieve routine so it removes dead query strings properly

implemented embl validation properly