protected JMenu sort = new JMenu();
- JMenu calculate = new JMenu();
+ protected JMenu calculateTree = new JMenu();
JMenu jMenu2 = new JMenu();
});
sortByAnnotScore.setVisible(false);
- calculate.setText("Calculate Tree");
+ calculateTree.setText("Calculate Tree");
jMenu2.setText("Export Image");
padGapsMenuitem.setText("Pad Gaps");
colourMenu.add(modifyPID);
colourMenu.add(annotationColour);
calculateMenu.add(sort);
- calculateMenu.add(calculate);
+ calculateMenu.add(calculateTree);
calculateMenu.addSeparator();
calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);
calculateMenu.add(PCAMenuItem);
sort.add(sortGroupMenuItem);
sort.add(sortPairwiseMenuItem);
sort.add(sortByTreeMenu);
- calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);
- calculate.add(neighbourTreeMenuItem);
- calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);
- calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);
+ calculateTree.add(averageDistanceTreeMenuItem);
+ calculateTree.add(neighbourTreeMenuItem);
+ calculateTree.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);
+ calculateTree.add(njTreeBlosumMenuItem);
jMenu2.add(htmlMenuItem);
jMenu2.add(epsFile);
jMenu2.add(createPNG);