binaries/linux_x86/fasta34/test.sh

   1 #!/bin/csh -f
   2 echo ""
   3 echo "starting fasta34_t - protein" `date` "on" `hostname`
   4 echo `uname -a`
   5 echo ""
   6 fasta34_t -q -m 6 -Z 100000 mgstm1.aa:1-100 q > test_m1.ok2_t.html
   7 fasta34_t -S -q -z 11 -O test_m1.ok2_t_p25 -s P250 mgstm1.aa:100-218 q
   8 echo "done"
   9 echo "starting fastxy34_t" `date`
  10 fastx34_t -m 9c -S -q mgtt2_x.seq q 1 > test_t2.xk1_t
  11 fasty34_t -S -q mgtt2_x.seq q > test_t2.yk2_t
  12 fastx34_t -m 9c -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.xk2_tz2
  13 fasty34_t -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.yk2_tz2
  14 echo "done"
  15 echo "starting fastxy34_t rev" `date`
  16 fastx34_t -m 9c -q -m 5 mgstm1.rev q > test_m1.xk2r_t
  17 fasty34_t -q -m 5 -M 200-300 -z 2 mgstm1.rev q > test_m1.yk2r_tz2
  18 fasty34_t -q -m 5 -z 11 mgstm1.rev q > test_m1.yk2rz11_t
  19 echo "done"
  20 echo "starting ssearch34_t" `date`
  21 ssearch34_t -m 9c -S -z 3 -q mgstm1.aa  q > test_m1.ss_tz3
  22 ssearch34_t -q -M 200-300 -z 2 -Z 100000 -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_t_p25
  23 echo "done"
  24 echo "starting prss34" `date`
  25 prss34_t -q -k 1000 -A mgstm1.aa xurt8c.aa  > test_m1.rss
  26 prfx34_t -q -k 1000 -A mgstm1.esq xurt8c.aa > test_m1.rfx
  27 echo "done"
  28 echo "starting fasta34_t - DNA" `date`
  29 fasta34_t -S -q -z 2 mgstm1.seq %RMB 4 > test_m1.ok4_tz2
  30 fasta34_t -S -q mgstm1.rev %RMB 4 > test_m1.ok4r_t
  31 echo "done"
  32 #echo "starting tfasta34_t" `date`
  33 #tfasta34_t -q mgstm1.aa %RMB > test_m1.tk2_t
  34 #echo "done"
  35 echo "starting tfastxy34_t" `date`
  36 tfastx34_t -m 9c -q -i -3 -m 6 mgstm1.aa %p > test_m1.tx2_t.html
  37 tfasty34_t -q -i -3 -N 5000 mgstm1.aa %p > test_m1.ty2_t
  38 echo "done"
  39 echo "starting fastf34_t" `date`
  40 fastf34_t -q m1r.aa q > test_mf.ff_t
  41 fastf34 -q m1r.aa q > test_mf.ff_s
  42 echo "done"
  43 echo "starting tfastf34_t" `date`
  44 tfastf34_t -q m1r.aa %r > test_mf.tf_tr
  45 echo "done"
  46 echo "starting fasts34_t" `date`
  47 fasts34_t -q -V '*?@' ngts.aa q > test_m1.fs1_t
  48 fasts34_t -q ngt.aa q > test_m1.fs_t
  49 fasts34_t -q -n mgstm1.nts m > test_m1.nfs_t
  50 echo "done"
  51 echo "starting tfasts34_t" `date`
  52 tfasts34_t -q n0.aa %r > test_m1.ts_r
  53 echo "done"
  54 echo "starting fasta34 - protein" `date`
  55 fasta34 -q -z 2 mgstm1.aa q 1 > test_m1.ok1z2
  56 fasta34 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ok2_p25
  57 echo "done"
  58 echo "starting fastx3" `date`
  59 fastx34 -m 9c -q mgstm1.esq q > test_m1.ok2x
  60 echo "done"
  61 echo "starting fasty3" `date`
  62 fasty34 -q mgstm1.esq q > test_m1.ok2y
  63 echo "done"
  64 echo "starting fasta34 - DNA " `date`
  65 fasta34 -m 9c -q mgstm1.seq %RMB 4 > test_m1.ok4
  66 echo "done"
  67 echo "starting ssearch3" `date`
  68 ssearch34 -S -q -z 2 mgstm1.aa q > test_m1.ss_z2
  69 ssearch34 -S -q -s BL50  mgstm1.aa q > test_m1.ss_bl50
  70 ssearch34 -S -q -s blosum50.mat mgstm1.aa q > test_m1.ss_bl50f
  71 ssearch34 -q -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_p25
  72 echo "done"
  73 #echo "starting tfasta3" `date`
  74 #tfasta34 -q mgstm1.aa %RMB > test_m1.tk2
  75 #echo "done"
  76 echo "starting tfastxy3" `date`
  77 tfastx34 -q mgstm1.aa %RMB > test_m1.tx2
  78 tfasty34 -m 9c -q mgstm1.aa %RMB > test_m1.ty2
  79 echo "done"
  80 echo "starting fasts34" `date`
  81 fasts34 -q -V '@?*' ngts.aa q > test_m1.fs1
  82 fasts34 -q ngt.aa q > test_m1.fs
  83 echo "done" `date`