binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhfunc.h

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   2  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   3  *
   4  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   5  *
   6  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9  * License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * This file is part of Clustal-Omega.
  12  *
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  15 /*
  16  *  RCS $Id: hhfunc.h 143 2010-10-14 13:11:14Z andreas $
  17  */
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  20 int readHMMWrapper(hmm_light *rHMM_p,
  21                      char *pcHMM_input);
  22 void FreeHMMstruct(hmm_light *prHMM);
  23 int AlnToHMM2(hmm_light *rHMM_p,
  24               char **ppcSeq, int iN);
  25 int HHMake_Wrapper(char *tmp_aln, char *hmm_out);