binaries/src/clustalw/src/general/Utility.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef UTILITY_H
   7 #define UTILITY_H
   8
   9 #include <cstdlib>
  10 #include <stdio.h>
  11 #include <string.h>
  12 #include <errno.h>
  13 #include <stdarg.h>
  14 #include <ctype.h>
  15 #include "clustalw.h"
  16 class QLabel;
  17 using namespace std;
  18
  19 namespace clustalw
  20 {
  21 class Utility
  22 {
  23     public:
  24         Utility();
  25         virtual ~Utility(){};
  26
  27         char* rTrim(char *str);
  28         void rTrim(string *str);
  29         char* blankToUnderscore(char *str);
  30         string blankToUnderscore(string str);
  31         void getStr(string instr, string& outstr);
  32         char getChoice(string instr);
  33         double getReal(const char *instr, double minx, double maxx, double def);
  34         int getInt(const char *instr,int minx,int maxx, int def);
  35         unsigned long getUniqueSequenceIdentifier();
  36         bool lineType(char *line, const char *code);
  37
  38         bool blankLine(char *line);
  39
  40         void getPath(string str, string *path);
  41
  42         virtual char promptForYesNo(char *title, const char *prompt);
  43         virtual char promptForYesNo(const char *title, const char *prompt);
  44         virtual void error( char *msg,...);
  45         virtual void error( const char *msg,...);
  46         virtual void warning( char *msg,...);
  47         virtual void warning( const char *msg,...);
  48         virtual void info( char *msg,...);
  49         virtual void info( const char *msg,...);
  50         virtual void myname( char *myname );
  51         template <class T> T MIN(T x, T y){if (x <= y){return x;}return y;}
  52         template <class T> T MAX(T x, T y){if (x >= y){return x;}return y;}
  53         // Note the following function will never be used from this class. It is for the
  54         // QT version. I need it here so that I can add the function to QTUtility.
  55         virtual void setInfoLabelPtr(QLabel* ptrToLabelObj);
  56         bool isNumeric(char ch);
  57         double average(std::vector<double>& v);
  58         double stdDev(std::vector<double>& v);
  59         double median(std::vector<double> v);
  60         /* Attributes */
  61         void beQuiet(bool b) {quiet=b;};
  62
  63     private:
  64         /* Functions */
  65
  66
  67         /* Attributes */
  68         bool quiet;
  69
  70 };
  71 }
  72 #endif
  73