binaries/src/mafft/core/Makefile

   1 PREFIX = /usr/local
   2 LIBDIR = $(PREFIX)/libexec/mafft
   3 BINDIR = $(PREFIX)/bin
   4 MANDIR = $(PREFIX)/share/man/man1
   5
   6 #MNO_CYGWIN = -mno-cygwin
   7
   8 #ENABLE_MULTITHREAD = -Denablemultithread
   9 #Uncomment this to enable multithreading (linux only)
  10
  11 CC = gcc
  12 CFLAGS = -O3
  13 #CFLAGS =  -O0  -pedantic -Wall -std=c99 -g -pg -DMALLOC_CHECK_=3
  14
  15 MYCFLAGS = $(MNO_CYGWIN) $(ENABLE_MULTITHREAD) $(CFLAGS)
  16
  17 ifeq ($(ENABLE_MULTITHREAD),-Denablemultithread)
  18 LIBS = -lm  -lpthread
  19 else
  20 LIBS = -lm
  21 endif
  22
  23 INSTALL = install
  24
  25 PROGS = dvtditr dndfast7 dndblast sextet5 mafft-distance pairlocalalign \
  26                 pair2hat3s multi2hat3s rnatest pairash \
  27         splittbfast disttbfast tbfast mafft-profile f2cl mccaskillwrap contrafoldwrap countlen \
  28                 seq2regtable regtable2seq score getlag dndpre dndpre2 setcore replaceu restoreu
  29 SCRIPTS = mafft mafft-homologs.rb
  30 OBJREPLACEU = mtxutl.o io.o replaceu.o defs.o mltaln9.o
  31 OBJRESTOREU = mtxutl.o io.o restoreu.o defs.o mltaln9.o
  32 OBJREGTABLE2SEQ = mtxutl.o io.o regtable2seq.o defs.o mltaln9.o
  33 OBJSEQ2REGTABLE = mtxutl.o io.o seq2regtable.o defs.o
  34 OBJCOUNTLEN = mtxutl.o io.o countlen.o defs.o
  35 OBJF2CL = mtxutl.o io.o f2cl.o constants.o defs.o
  36 OBJMCCASKILLWRAP = mtxutl.o io.o mccaskillwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o
  37 OBJCONTRAFOLDWRAP = mtxutl.o io.o contrafoldwrap.o constants.o defs.o mltaln9.o
  38 OBJMULTI2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \
  39                                  multi2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  40 OBJPAIR2HAT3S = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o \
  41                                 pair2hat3s.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  42 OBJRNATEST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o Lalignmm.o \
  43                          rna.o rnatest.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  44 OBJPAIRASH = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  45                          Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genGalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \
  46                          pairash.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  47 OBJPAIRLOCALALIGN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  48                             Falign.o MSalignmm.o Galign11.o MSalign11.o suboptalign11.o genGalign11.o genalign11.o Lalign11.o SAalignmm.o \
  49                                         pairlocalalign.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  50 OBJDUMMY = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  51                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  52                         disttbfast_dummy.o dummy.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  53 OBJSPLITFROMALN = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  54                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  55                         Lalign11.o splitfromaln.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  56 OBJSPLITTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  57                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  58                         Lalign11.o splittbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  59 OBJSPLITTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  60                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  61                         Lalign11.o splittbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  62 OBJSPLITTBFASTP = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  63                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  64                         Lalign11.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  65 OBJDISTTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  66                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  67                         disttbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o
  68 OBJTBFAST = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o MSalignmm.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  69                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \
  70                         tbfast.o defs.o fft.o fftFunctions.o addfunctions.o
  71 OBJTBFAST2 = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o MSalignmm.o \
  72                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o \
  73                         tbfast2.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  74 OBJSETCORE = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  75                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  76                         setcore.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  77 OBJTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o  partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  78                    Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o fftFunctions.o fft.o  \
  79                    tditeration.o tditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o
  80 OBJDVTDITR = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o nj.o  partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  81                         Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o MSalignmm.o fftFunctions.o fft.o  \
  82                         tditeration.o dvtditr.o defs.o SAalignmm.o treeOperation.o
  83 OBJGETLAG = mtxutl.o io.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
  84                     Falign.o Falign_localhom.o Galign11.o SAalignmm.o MSalignmm.o \
  85                         getlag.o defs.o fft.o fftFunctions.o
  86 OBJGAPFILL = mtxutl.o io.o constants.o gapfill.o defs.o
  87 OBJDNDFAST5 = dndfast5.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  88 OBJDNDBLAST = dndblast.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  89 OBJDNDFAST7 = dndfast7.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  90 OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  91 OBJDNDFAST4 = dndfast4.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  92 OBJDNDFAST6 = dndfast6.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o defs.o
  93 OBJSEXTET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o sextet5.o defs.o
  94 OBJDISTANCE = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o mafft-distance.o defs.o
  95 OBJTRIPLET6 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet6.o defs.o
  96 OBJTRIPLET5 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o triplet5.o defs.o
  97 OBJOCTET4 = io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o octet4.o defs.o
  98 OBJDNDPRE = dndpre.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o
  99 OBJDNDPRESCORE = dndpre2.o io.o constants.o mtxutl.o mltaln9.o defs.o
 100 OBJGALN = io.o mtxutl.o mltaln9.o tddis.o constants.o partQalignmm.o partSalignmm.o MSalignmm.o Lalignmm.o rna.o Salignmm.o Ralignmm.o Qalignmm.o Halignmm.o \
 101           SAalignmm.o Galign11.o Falign.o Falign_localhom.o fftFunctions.o fft.o mafft-profile.o defs.o
 102 OBJSCORE = io.o mtxutl.o mltaln9.o score.o constants.o defs.o
 103
 104 HEADER = mltaln.h mtxutl.h
 105 FFTHEADER = fft.h
 106
 107 MANPAGES = mafft.1 mafft-homologs.1
 108
 109
 110
 111 all : $(PROGS) $(SCRIPTS)
 112         cp $(SCRIPTS) ../scripts
 113         chmod 755 ../scripts/*
 114         cp $(PROGS) ../binaries
 115         chmod 755 ../binaries/*
 116         cp $(MANPAGES) ../binaries
 117         @echo done.
 118
 119 univscript: univscript.tmpl Makefile
 120         sed "s:_PROGS:$(PROGS):" univscript.tmpl  > univscript
 121
 122 mafft: mafft.tmpl
 123         sed "s:_LIBDIR:$(LIBDIR):" mafft.tmpl  > mafft
 124
 125 mafft-homologs.rb: mafft-homologs.tmpl
 126 #       cp mafft-homologs.tmpl mafft-homologs.rb
 127         sed "s:_BINDIR:$(BINDIR):" mafft-homologs.tmpl  > mafft-homologs.rb
 128
 129 mltaln.h : functions.h
 130         touch mltaln.h
 131
 132 tbfast : $(OBJTBFAST)
 133         $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 134
 135 tbfast2 : $(OBJTBFAST2)
 136         $(CC) -o $@ $(OBJTBFAST2) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 137
 138 disttbfast : $(OBJDISTTBFAST)
 139         $(CC) -o $@ $(OBJDISTTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 140
 141 splittbfast : $(OBJSPLITTBFAST)
 142         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 143
 144 splitfromaln : $(OBJSPLITFROMALN)
 145         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITFROMALN) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 146
 147 splittbfast2 : $(OBJSPLITTBFAST2)
 148         $(CC) -o $@ $(OBJSPLITTBFAST2) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 149
 150 dummy : $(OBJDUMMY)
 151         $(CC) -o $@ $(OBJDUMMY) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 152
 153 setcore : $(OBJSETCORE)
 154         $(CC) -o $@ $(OBJSETCORE) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 155
 156 countlen : $(OBJCOUNTLEN)
 157         $(CC) -o $@ $(OBJCOUNTLEN) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 158
 159 seq2regtable : $(OBJSEQ2REGTABLE)
 160         $(CC) -o $@ $(OBJSEQ2REGTABLE) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 161
 162 regtable2seq : $(OBJREGTABLE2SEQ)
 163         $(CC) -o $@ $(OBJREGTABLE2SEQ) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 164
 165 replaceu : $(OBJREPLACEU)
 166         $(CC) -o $@ $(OBJREPLACEU) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 167
 168 restoreu : $(OBJRESTOREU)
 169         $(CC) -o $@ $(OBJRESTOREU) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 170
 171 f2cl : $(OBJF2CL)
 172         $(CC) -o $@ $(OBJF2CL) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 173
 174 mccaskillwrap : $(OBJMCCASKILLWRAP)
 175         $(CC) -o $@ $(OBJMCCASKILLWRAP) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 176
 177 contrafoldwrap : $(OBJCONTRAFOLDWRAP)
 178         $(CC) -o $@ $(OBJCONTRAFOLDWRAP) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 179
 180 pairlocalalign : $(OBJPAIRLOCALALIGN)
 181         $(CC) -o $@ $(OBJPAIRLOCALALIGN) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 182
 183 pairash : $(OBJPAIRASH)
 184         $(CC) -o $@ $(OBJPAIRASH) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 185
 186 rnatest : $(OBJRNATEST)
 187         $(CC) -o $@ $(OBJRNATEST) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 188
 189 pair2hat3s : $(OBJPAIR2HAT3S)
 190         $(CC) -o $@ $(OBJPAIR2HAT3S) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 191
 192 multi2hat3s : $(OBJMULTI2HAT3S)
 193         $(CC) -o $@ $(OBJMULTI2HAT3S) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 194
 195 getlag : $(OBJGETLAG)
 196         $(CC) -o $@ $(OBJGETLAG) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 197
 198 tditr : $(OBJTDITR)
 199         $(CC) -o $@ $(OBJTDITR) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 200
 201 dvtditr : $(OBJDVTDITR)
 202         $(CC) -o $@ $(OBJDVTDITR) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 203
 204 mafft-profile : $(OBJGALN)
 205         $(CC) -o $@ $(OBJGALN) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 206
 207 gapfill : $(OBJGAPFILL)
 208         $(CC) -o $@ $(OBJGAPFILL) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 209
 210 dndfast4 : $(OBJDNDFAST4)
 211         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST4) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 212
 213 dndfast5 : $(OBJDNDFAST5)
 214         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST5) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 215
 216 dndfast6 : $(OBJDNDFAST6)
 217         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST6) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 218
 219 dndfast7 : $(OBJDNDFAST7)
 220         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST7) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 221
 222 dndblast : $(OBJDNDBLAST)
 223         $(CC) -o $@ $(OBJDNDBLAST) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 224
 225 dndfast3 : $(OBJDNDFAST3)
 226         $(CC) -o $@ $(OBJDNDFAST3) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 227
 228 triplet : $(OBJTRIPLET)
 229         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 230
 231 triplet3 : $(OBJTRIPLET3)
 232         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET3) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 233
 234 sextet3 : $(OBJSEXTET3)
 235         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET3) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 236
 237 sextet4 : $(OBJSEXTET4)
 238         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET4) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 239
 240 sextet5 : $(OBJSEXTET5)
 241         $(CC) -o $@ $(OBJSEXTET5) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 242
 243 mafft-distance : $(OBJDISTANCE)
 244         $(CC) -o $@ $(OBJDISTANCE) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 245
 246 triplet5 : $(OBJTRIPLET5)
 247         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET5) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 248
 249 triplet6 : $(OBJTRIPLET6)
 250         $(CC) -o $@ $(OBJTRIPLET6) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 251
 252 octet4 : $(OBJOCTET4)
 253         $(CC) -o $@ $(OBJOCTET4) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 254
 255 dndpre : $(OBJDNDPRE)
 256         $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRE) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 257
 258 dndpre2 : $(OBJDNDPRESCORE)
 259         $(CC) -o $@ $(OBJDNDPRESCORE) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 260
 261 score : $(OBJSCORE)
 262         $(CC) -o $@ $(OBJSCORE) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 263
 264 genMtx : $(OBJGENMTX)
 265         $(CC) -o $@ $(OBJGENMTX) $(MYCFLAGS) $(LIBS)
 266
 267 gapfill.o : gapfill.c $(HEADER)
 268         $(CC) $(MYCFLAGS) -c gapfill.c
 269
 270 mltaln9.o : mltaln9.c $(HEADER)
 271         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mltaln9.c
 272
 273 tddis.o : tddis.c $(HEADER)
 274         $(CC) $(MYCFLAGS) -c tddis.c
 275
 276 constants.o : constants.c miyata.h miyata5.h blosum.c DNA.h JTT.c $(HEADER)
 277         $(CC) $(MYCFLAGS) -c constants.c
 278
 279 defs.o : defs.c
 280         $(CC) $(MYCFLAGS) -c defs.c
 281
 282 #A+++alignmm.o : SA+++alignmm.c $(HEADER)
 283 #       $(CC) $(MYCFLAGS) -c SA+++alignmm.c -o A+++alignmm.o
 284
 285 Salignmm.o : Salignmm.c $(HEADER)
 286         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Salignmm.c
 287
 288 Halignmm.o : Halignmm.c $(HEADER)
 289         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Halignmm.c
 290
 291 Ralignmm.o : Ralignmm.c $(HEADER)
 292         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Ralignmm.c
 293
 294 Qalignmm.o : Qalignmm.c $(HEADER)
 295         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Qalignmm.c
 296
 297 MSalignmm.o : MSalignmm.c $(HEADER)
 298         $(CC) $(MYCFLAGS) -c MSalignmm.c
 299
 300 partSalignmm.o : partSalignmm.c $(HEADER)
 301         $(CC) $(MYCFLAGS) -c partSalignmm.c
 302
 303 partQalignmm.o : partQalignmm.c $(HEADER)
 304         $(CC) $(MYCFLAGS) -c partQalignmm.c
 305
 306 Lalign11.o : Lalign11.c $(HEADER)
 307         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Lalign11.c
 308
 309 genalign11.o : genalign11.c $(HEADER)
 310         $(CC) $(MYCFLAGS) -c genalign11.c
 311
 312 genGalign11.o : genGalign11.c $(HEADER)
 313         $(CC) $(MYCFLAGS) -c genGalign11.c
 314
 315 suboptalign11.o : suboptalign11.c $(HEADER)
 316         $(CC) $(MYCFLAGS) -c suboptalign11.c
 317
 318 Galign11.o : Galign11.c $(HEADER)
 319         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Galign11.c
 320
 321 MSalign11.o : MSalign11.c $(HEADER)
 322         $(CC) $(MYCFLAGS) -c MSalign11.c
 323
 324 SAalignmm.o : SAalignmm.c $(HEADER)
 325         $(CC) $(MYCFLAGS) -c SAalignmm.c -o SAalignmm.o
 326
 327 Lalignmm.o : Lalignmm.c $(HEADER)
 328         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Lalignmm.c
 329
 330 rna.o : rna.c $(HEADER)
 331         $(CC) $(MYCFLAGS) -c rna.c
 332
 333 disttbfast.o : disttbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 334         $(CC) $(MYCFLAGS) -c disttbfast.c
 335
 336 splitfromaln.o : splitfromaln.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 337         $(CC) $(MYCFLAGS) -c splitfromaln.c
 338
 339 splittbfast.o : splittbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 340         $(CC) $(MYCFLAGS) -c splittbfast.c
 341
 342 splittbfast2.o : splittbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 343         $(CC) $(MYCFLAGS) -c splittbfast2.c
 344
 345 disttbfast_dummy.o : disttbfast_dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 346         $(CC) $(MYCFLAGS) -c disttbfast_dummy.c
 347
 348 dummy.o : dummy.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 349         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dummy.c
 350
 351 tbfast.o : tbfast.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 352         $(CC) $(MYCFLAGS) -c tbfast.c
 353
 354 tbfast2.o : tbfast2.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 355         $(CC) $(MYCFLAGS) -c tbfast2.c
 356
 357 setcore.o : setcore.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 358         $(CC) $(MYCFLAGS) -c setcore.c
 359
 360 getlag.o : getlag.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 361         $(CC) $(MYCFLAGS) -c getlag.c
 362
 363 tditr.o : tditr.c $(HEADER)
 364          $(CC) $(MYCFLAGS) -c tditr.c
 365
 366 dvtditr.o : dvtditr.c $(HEADER)
 367          $(CC) $(MYCFLAGS) -c dvtditr.c
 368
 369 tditeration.o : tditeration.c $(HEADER)
 370          $(CC) $(MYCFLAGS) -c tditeration.c
 371
 372 mafft-profile.o : mafft-profile.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 373         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mafft-profile.c
 374
 375 dndfast4.o : dndfast4.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 376         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast4.c
 377
 378 dndfast5.o : dndfast5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 379         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast5.c
 380
 381 dndfast6.o : dndfast6.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 382         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast6.c
 383
 384 dndfast7.o : dndfast7.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 385         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast7.c
 386
 387 dndblast.o : dndblast.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 388         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndblast.c
 389
 390 dndfast3.o : dndfast3.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 391         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndfast3.c
 392
 393 dndpre.o : dndpre.c $(HEADER)
 394         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndpre.c
 395
 396 countlen.o : countlen.c $(HEADER)
 397         $(CC) $(MYCFLAGS) -c countlen.c
 398
 399 seq2regtable.o : seq2regtable.c $(HEADER)
 400         $(CC) $(MYCFLAGS) -c seq2regtable.c
 401
 402 regtable2seq.o : regtable2seq.c $(HEADER)
 403         $(CC) $(MYCFLAGS) -c regtable2seq.c
 404
 405 f2cl.o : f2cl.c $(HEADER)
 406         $(CC) $(MYCFLAGS) -c f2cl.c
 407
 408 replaceu.o : replaceu.c $(HEADER)
 409         $(CC) $(MYCFLAGS) -c replaceu.c
 410
 411 restoreu.o : restoreu.c $(HEADER)
 412         $(CC) $(MYCFLAGS) -c restoreu.c
 413
 414 mccaskillwrap.o : mccaskillwrap.c $(HEADER)
 415         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mccaskillwrap.c
 416
 417 contrafoldwrap.o : contrafoldwrap.c $(HEADER)
 418         $(CC) $(MYCFLAGS) -c contrafoldwrap.c
 419
 420 pairlocalalign.o : pairlocalalign.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 421         $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairlocalalign.c
 422
 423 pairash.o : pairash.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 424         $(CC) $(MYCFLAGS) -c pairash.c
 425
 426 rnatest.o : rnatest.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 427         $(CC) $(MYCFLAGS) -c rnatest.c
 428
 429 multi2hat3s.o : multi2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 430         $(CC) $(MYCFLAGS) -c multi2hat3s.c
 431
 432 pair2hat3s.o : pair2hat3s.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 433         $(CC) $(MYCFLAGS) -c pair2hat3s.c
 434
 435 dndpre2.o : dndpre2.c $(HEADER)
 436         $(CC) $(MYCFLAGS) -c dndpre2.c
 437
 438 io.o : io.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 439         $(CC) $(MYCFLAGS) -c io.c
 440
 441 nj.o : nj.c $(HEADER)
 442         $(CC) $(MYCFLAGS) -c nj.c
 443
 444 treeOperation.o : treeOperation.c $(HEADER)
 445         $(CC) $(MYCFLAGS) -c treeOperation.c
 446
 447 sextet5.o : sextet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 448         $(CC) $(MYCFLAGS) -c sextet5.c
 449
 450 mafft-distance.o : mafft-distance.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 451         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mafft-distance.c
 452
 453 triplet5.o : triplet5.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 454         $(CC) $(MYCFLAGS) -c triplet5.c
 455
 456 triplet6.o : triplet6.c $(HEADER) $(MTXHEADER)
 457         $(CC) $(MYCFLAGS) -c triplet6.c
 458
 459 fft.o : fft.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 460         $(CC) $(MYCFLAGS) -c fft.c
 461
 462 fftFunctions.o : fftFunctions.c $(HEADER) $(FFTHEADER)
 463         $(CC) $(MYCFLAGS) -c fftFunctions.c
 464
 465 Falign.o : Falign.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER)
 466         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Falign.c
 467
 468 Falign_localhom.o : Falign_localhom.c $(HEADER) $(FFTHEADER) $(MTXHEADER)
 469         $(CC) $(MYCFLAGS) -c Falign_localhom.c
 470
 471 mtxutl.o : mtxutl.c
 472         $(CC) $(MYCFLAGS) -c mtxutl.c
 473
 474 addfunctions.o : addfunctions.c $(HEADER)
 475         $(CC) $(MYCFLAGS) -c addfunctions.c
 476
 477 score.o : score.c $(HEADER)
 478         $(CC) $(MYCFLAGS) -c score.c
 479
 480 clean :
 481         rm -f *.o *.a *.exe *~ $(PROGS)  $(SCRIPTS)
 482 #       rm -f ../binaries/* ../scripts/*
 483
 484 install : all
 485         mkdir -p $(LIBDIR)
 486         chmod 755 $(LIBDIR)
 487         mkdir -p $(BINDIR)
 488         chmod 755 $(BINDIR)
 489         chmod 755 $(SCRIPTS)
 490         $(INSTALL) $(SCRIPTS)  $(BINDIR)
 491         chmod 755 $(PROGS)
 492         $(INSTALL) $(PROGS) $(LIBDIR)
 493         $(INSTALL) -m 644 $(MANPAGES) $(LIBDIR)
 494
 495         ( cd $(BINDIR); \
 496 rm -f linsi ginsi einsi fftns fftnsi nwns nwnsi xinsi qinsi; \
 497 rm -f mafft-linsi mafft-ginsi mafft-einsi mafft-fftns mafft-fftnsi mafft-nwns mafft-nwnsi mafft-xinsi mafft-qinsi; \
 498 ln -s mafft linsi; ln -s mafft ginsi; ln -s mafft fftns; \
 499 ln -s mafft fftnsi; ln -s mafft nwns; ln -s mafft nwnsi; \
 500 ln -s mafft einsi; \
 501 ln -s mafft mafft-linsi; ln -s mafft mafft-ginsi; ln -s mafft mafft-fftns; \
 502 ln -s mafft mafft-fftnsi; ln -s mafft mafft-nwns; ln -s mafft mafft-nwnsi; \
 503 ln -s mafft mafft-einsi; ln -s mafft mafft-xinsi; ln -s mafft mafft-qinsi;\
 504 rm -f mafft-profile mafft-profile.exe; ln -s $(LIBDIR)/mafft-profile .; \
 505 rm -f mafft-distance mafft-distance.exe; ln -s $(LIBDIR)/mafft-distance . )
 506
 507         mkdir -p $(MANDIR)
 508         chmod 755 $(MANDIR)
 509         $(INSTALL) -m 644 $(MANPAGES) $(MANDIR)
 510 # remove incorrectly installed manpages by previous versions
 511 #       rm -f /usr/local/man/man1/mafft.1 /usr/local/man/man1/mafft-homologs.1