binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/Util.hpp

   1 #ifndef UTIL_H
   2 #define UTIL_H
   3
   4 #include <algorithm>
   5 #include <cassert>
   6 #include <cstdio>
   7 #include <cstdlib>
   8 #include <cstdarg>
   9 #include <cstring>
  10 #include <cmath>
  11 #include <cctype>
  12 #include <climits>
  13 #include <cfloat>
  14 #include <ctime>
  15 #include <fstream>
  16 #include <functional>
  17 #include <iomanip>
  18 #include <iostream>
  19 #include <iterator>
  20 #include <list>
  21 #include <map>
  22 #include <numeric>
  23 #include <string>
  24 #include <sstream>
  25 #include <stack>
  26 #include <vector>
  27 #include <fcntl.h>
  28 #include <unistd.h>
  29 //#include <pthread.h> // mingw de error, by katoh
  30 #include <signal.h>
  31
  32 namespace ProbCons {
  33
  34 const double IMPOSSIBLE = -FLT_MAX + 1000;
  35 const double IMPOSSIBLEDBL = -DBL_MAX + 10000;
  36
  37 namespace MXSCARNA {
  38 template <typename T>
  39 inline bool
  40 IsPossible(const T& v) {
  41     return (v > (IMPOSSIBLE + 1.0e-5));
  42 }
  43
  44 template <typename T>
  45 inline T
  46 logSum(const T& a, const T& b)
  47 {
  48     if (a >= b) {
  49         return a + log(1.0 + exp(b - a));
  50     } else {
  51         return b + log(1.0 + exp(a - b));
  52     }
  53 }
  54
  55 template <typename T>
  56 inline T
  57 logSub(const T&a, const T& b)
  58 {
  59   if(a > b) {
  60     return log(exp(a) - exp(b));
  61   }
  62   else {
  63     return log(exp(a) - exp(b));
  64   }
  65 }
  66
  67 template <typename T>
  68 inline T
  69 logSum(const T& a, const T& b, const T& c)
  70 {
  71     if (a >= b) {
  72         if( a >= c ) {
  73             return a + log(1.0 + (exp(b - a) + exp(c - a)));
  74         }
  75         else {
  76             if( b >= c) {
  77                 return b + log(exp(a - b) + 1.0 + exp(c - b));
  78             }
  79         }
  80     }
  81     return c + log(exp(a - c) + exp(b - c) + 1.0);
  82 }
  83
  84 }
  85
  86 template <typename T>
  87 inline T
  88 logSumExp(const T& x, const T& y)
  89 {
  90     if(x == y) return x + 0.69314718055;
  91     double vmin = std::min(x, y);
  92     double vmax = std::max(x, y);
  93
  94     if (vmax > vmin + 50) {
  95         return vmax;
  96     }
  97     else {
  98         return vmax + std::log (std::exp (vmin - vmax) + 1.0);
  99     }
 100 }
 101 }
 102 #endif /* UTIL_H */