binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/util_job_handling.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include <math.h>
   4 #include <stdarg.h>
   5 #include <string.h>
   6
   7 #include "io_lib_header.h"
   8 #include "util_lib_header.h"
   9 #include "define_header.h"
  10 #include "dp_lib_header.h"
  11
  12
  13
  14 Job_TC* print_lib_job ( Job_TC *job,char *string, ...)
  15 {
  16   va_list ap;
  17   char **list;
  18   char **value;
  19   char **name;
  20   int a, np, n;
  21   char bname[LONG_STRING];
  22   char bval[LONG_STRING];
  23
  24   list=string2list2(string, " =");
  25   n=atoi (list[0]);
  26
  27
  28   name =vcalloc ( (n-1)/2, sizeof (char*));
  29   value=vcalloc ( (n-1)/2, sizeof (char*));
  30
  31
  32   va_start (ap, string);
  33   for (a=1, np=0; a<n; a++)
  34     {
  35       if (list[a][0]=='%')
  36         {
  37           if ( list[a][1]=='d')sprintf (bval, "%d", va_arg (ap,int));
  38           else if ( list[a][1]=='s')sprintf (bval, "%s", va_arg (ap,char *));
  39
  40           else if ( list[a][1]=='f')sprintf (bval, "%lf",(float) va_arg (ap,double));
  41           else if ( list[a][1]=='p')sprintf (bval, "%ld", (long)va_arg (ap,void *));
  42           /*
  43             Before 64 Bits
  44           else if ( list[a][1]=='f')sprintf (bval, "%f",(float) va_arg (ap,double));
  45           else if ( list[a][1]=='p')sprintf (bval, "%d", (long)va_arg (ap,void *));
  46           */
  47           value[np]=duplicate_string (bval);
  48           np++;
  49         }
  50       else
  51         {
  52           sprintf (bname, "%s", list[a]);
  53           name[np]=duplicate_string (bname);
  54         }
  55     }
  56   free_arrayN((void**)list, 2);
  57
  58   va_end (ap);
  59
  60   return print_lib_job2 ( job,np,name,value);
  61 }
  62
  63 static int njobs;
  64 Job_TC *print_lib_job2 ( Job_TC* job, int n, char **name, char **value)
  65 {
  66   int a;
  67
  68   if ( job==NULL)
  69     {
  70       job=vcalloc ( 1, sizeof (Job_TC));
  71       job->pl=vcalloc (100, sizeof (char*));job->pl[job->np++]=(void*)job->pl;
  72       job->jobid=njobs++;
  73     }
  74
  75   for ( a=0; a< n; a++)
  76     {
  77       int string=0;
  78       if ( strstr(name[a], "control") && !job->control){job->control=vcalloc ( 1, sizeof (Job_control_TC));job->pl[job->np++]=(void*)job->control;}
  79       else if ( strstr(name[a], "io") && !job->io){job->io=vcalloc ( 1, sizeof (Job_io_TC));job->pl[job->np++]=(void*)job->io;}
  80       else if ( strstr(name[a], "param") && !job->param){job->param=vcalloc ( 1, sizeof (Job_param_TC));job->pl[job->np++]=(void*)job->param;}
  81
  82       if (           strm (name[a], "control"))                {job->control=(struct Job_control_TC*)atoi(value[a]);string=0;}
  83       else if (      strm (name[a], "control->submitF"))       {(job->control) ->submitF=(struct Job_TC *(*)(struct Job_TC *))atol(value[a]);string=0;}
  84       else if (      strm (name[a], "control->retrieveF"))     {(job->control) ->retrieveF=(struct Job_TC *(*)(struct Job_TC *))atol(value[a]);string=0;}
  85       else if (      strm (name[a], "control->mode"))   {(job->control)->mode=value[a];string=1;}
  86
  87       else if ( strm (name[a], "param"))            {job->param=(struct Job_param_TC*)atol(value[a]);string=0;}
  88       else if ( strm (name[a], "param->method"))    {job->pl[job->np++]=((job->param)->method)=value[a];string=1;}
  89       else if ( strm (name[a], "param->TCM"))       {(job->param)->TCM= (TC_method *) atol(value[a]) ;string=0;}
  90       else if ( strm (name[a], "param->aln_c"))     {job->pl[job->np++]=(job->param)->aln_c=value[a] ;string=1;}
  91       else if ( strm (name[a], "param->seq_c"))     {job->pl[job->np++]=(job->param)->seq_c=value[a] ;string=1;}
  92
  93
  94       else if (           strm (name[a], "io"))                {job->io=(struct Job_io_TC*)atol(value[a]);string=0;}
  95       else if ( strm (name[a], "io->out")) {job->pl[job->np++]=(job->io)->out=value[a] ;string=1;}
  96       else if ( strm (name[a], "io->in" )) {job->pl[job->np++]=(job->io)->in =value[a] ;string=1;}
  97       else if ( strm (name[a], "io->CL"))  {(job->io)->CL=(Constraint_list*)atol (value[a]); string=0;}
  98       else
  99         {
 100           fprintf ( stderr, "ERROR: print_lib_job2: %s is unknown [FATAL:%s]", name[a], PROGRAM);
 101           myexit (EXIT_FAILURE);
 102         }
 103       if ( string==0) vfree ( value[a]);
 104     }
 105   vfree ( value);
 106   free_arrayN ((void **)name, 2);
 107   return job;
 108 }
 109
 110
 111
 112 /*Stack Manipulation*/
 113 Job_TC *queue_cat  (Job_TC *P, Job_TC *C)
 114 {
 115   if ( !P && !C) return NULL;
 116   else if (!P || P->jobid==-1)
 117     {
 118       vfree (P);
 119       C->p=NULL;
 120       return C;
 121     }
 122   else
 123     {
 124       P->c=C;
 125       if (C)C->p=P;
 126       return queue2last(P);
 127     }
 128   return NULL;
 129 }
 130 Job_TC *free_queue  (Job_TC *job)
 131 {
 132   return NULL;
 133   if (!job) return job;
 134   else
 135     {
 136       job=queue2last(job);
 137       while ( job)
 138         {
 139           job=free_job (job);
 140         }
 141       return job;
 142     }
 143 }
 144 Job_TC *free_job  (Job_TC *job)
 145   {
 146     int a;
 147     Job_TC *p;
 148
 149     if ( !job ) return job;
 150     else
 151       {
 152         for ( a=job->np-1; a>=0; a--)
 153           vfree ( job->pl[a]);
 154         p=job->p;
 155         job->p=job->c=NULL;
 156         vfree (job);
 157         return p;
 158       }
 159     return NULL;
 160   }
 161 Job_TC * queue2heap (Job_TC*job)
 162 {
 163
 164   while (job && job->p)
 165     job=job->p;
 166   return job;
 167 }
 168 Job_TC * queue2last (Job_TC*job)
 169 {
 170
 171   while (job && job->c)
 172     {
 173       job=job->c;
 174     }
 175   return job;
 176 }
 177
 178 int queue2n (Job_TC*job)
 179 {
 180   int n=0;
 181
 182
 183   job=queue2last (job);
 184   while (job && job->p)
 185     {
 186       n++;
 187       job=job->p;
 188
 189     }
 190   return n;
 191 }
 192
 193 Job_TC * descend_queue (Job_TC*job)
 194 {
 195
 196   if (!job ||!job->c)return job;
 197   else
 198     {
 199       (job->c)->p=job;
 200       job=job->c;
 201     }
 202   return job;
 203 }
 204
 205 Job_TC* delete_job (Job_TC *job)
 206 {
 207   Job_TC *p, *c;
 208
 209   p=job->p;
 210   c=job->c;
 211   free_job (job);
 212
 213   return queue_cat (p, c);
 214 }
 215
 216 Job_TC*** split_job_list (Job_TC *job, int ns)
 217 {
 218   int a,u,n,nj,split;
 219   Job_TC*** jl;
 220   Job_TC *ljob;
 221   //retun a pointer to ns splits for joblist
 222
 223
 224   if (ns==0)return NULL;
 225   job=queue2heap(job);
 226   jl=vcalloc(ns+1, sizeof (Job_TC**));
 227   jl[0]=vcalloc (2, sizeof (Job_TC*));
 228
 229   nj=queue2n(job);
 230
 231   if   (nj==0)return NULL;
 232   else split=(nj/ns)+1;
 233
 234
 235   n=a=u=0;
 236   jl[a][0]=job;
 237   while (job)
 238     {
 239       ljob=job;
 240       if (n==split && a<ns)
 241         {
 242           jl[a][1]=job;
 243           if (a<ns-1)
 244             {
 245               jl[a+1]=vcalloc (2, sizeof (Job_TC*));
 246               jl[a+1][0]=job;
 247               u++;
 248             }
 249           a++;
 250           n=0;
 251         }
 252       n++;
 253       job=job->c;
 254     }
 255   return jl;
 256 }
 257
 258
 259
 260
 261 /*Job Control*/
 262 Job_TC* submit_job ( Job_TC *job)
 263 {
 264
 265   if (!(job->control)->mode ||!(job->control)->mode[0] || 1==1)
 266     {
 267       return (job->control)->submitF (job);
 268     }
 269   else
 270     {
 271       fprintf ( stderr, "\n%s is an unkown mode for posting jobs [FATAL:%s]",(job->control)->mode, PROGRAM);
 272       myexit (EXIT_FAILURE);
 273       return NULL;
 274     }
 275
 276 }
 277
 278 Job_TC* retrieve_job ( Job_TC *job)
 279 {
 280   if (!(job->control)->mode ||!(job->control)->mode[0] || 1==1)
 281     {
 282       return (job->control)->retrieveF (job);
 283     }
 284   else
 285     {
 286       fprintf ( stderr, "\n%s is an unkown mode for posting jobs [FATAL:%s]",(job->control)->mode, PROGRAM);
 287       myexit (EXIT_FAILURE);
 288       return NULL;
 289     }
 290 }
 291 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/
 292 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 293 /*and */
 294 /*Cedric Notredame */
 295 /*Tue Oct 27 10:12:26 WEST 2009. */
 296 /*All rights reserved.*/
 297 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 298 /**/
 299 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 300 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 301 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 302 /*    (at your option) any later version.*/
 303 /**/
 304 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 305 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 306 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 307 /*    GNU General Public License for more details.*/
 308 /**/
 309 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 310 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 311 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 312 /*...............................................                                                                                      |*/
 313 /*  If you need some more information*/
 314 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 315 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 316 /**/
 317 /**/
 318 /*      */
 319 /*********************************COPYRIGHT NOTICE**********************************/