conf/temp/blastdbcmd.txt

   1 Analog of fastacmd for blast+\r
   2 \r
   3 -bash-3.2$ /local/opt/bin/blastdbcmd -help\r
   4 USAGE\r
   5   blastdbcmd [-h] [-help] [-db dbname] [-dbtype molecule_type]\r
   6     [-entry sequence_identifier] [-entry_batch input_file] [-pig PIG] [-info]\r
   7     [-range numbers] [-strand strand] [-mask_sequence_with numbers]\r
   8     [-out output_file] [-outfmt format] [-target_only] [-get_dups]\r
   9     [-line_length number] [-ctrl_a] [-version]\r
  10 \r
  11 DESCRIPTION\r
  12    BLAST database client, version 2.2.23+\r
  13 \r
  14 OPTIONAL ARGUMENTS\r
  15  -h\r
  16    Print USAGE and DESCRIPTION;  ignore other arguments\r
  17  -help\r
  18    Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS description;  ignore other arguments\r
  19  -version\r
  20    Print version number;  ignore other arguments\r
  21 \r
  22  *** BLAST database options\r
  23  -db <String>\r
  24    BLAST database name\r
  25    Default = `nr'\r
  26  -dbtype <String, `guess', `nucl', `prot'>\r
  27    Molecule type stored in BLAST database\r
  28    Default = `guess'\r
  29 \r
  30  *** Retrieval options\r
  31  -entry <String>\r
  32    Comma-delimited search string(s) of sequence identifiers:\r
  33         e.g.: 555, AC147927, 'gnl|dbname|tag', or 'all' to select all\r
  34         sequences in the database\r
  35     * Incompatible with:  entry_batch, pig, info\r
  36  -entry_batch <File_In>\r
  37    Input file for batch processing (Format: one entry per line)\r
  38     * Incompatible with:  entry, pig, info\r
  39  -pig <Integer, >=0>\r
  40    PIG to retrieve\r
  41     * Incompatible with:  entry, entry_batch, target_only, info\r
  42  -info\r
  43    Print BLAST database information\r
  44     * Incompatible with:  entry, entry_batch, outfmt, strand, target_only,\r
  45    ctrl_a, get_dups, pig, range\r
  46 \r
  47  *** Sequence retrieval configuration options\r
  48  -range <String>\r
  49    Range of sequence to extract (Format: start-stop)\r
  50     * Incompatible with:  info\r
  51  -strand <String, `minus', `plus'>\r
  52    Strand of nucleotide sequence to extract\r
  53    Default = `plus'\r
  54     * Incompatible with:  info\r
  55  -mask_sequence_with <String>\r
  56    Produce lower-case masked FASTA using the algorithm IDs specified (Format:\r
  57    N,M,...)\r
  58 \r
  59  *** Output configuration options\r
  60  -out <File_Out>\r
  61    Output file name\r
  62    Default = `-'\r
  63  -outfmt <String>\r
  64    Output format, where the available format specifiers are:\r
  65                 %f means sequence in FASTA format\r
  66                 %s means sequence data (without defline)\r
  67                 %a means accession\r
  68                 %g means gi\r
  69                 %o means ordinal id (OID)\r
  70                 %t means sequence title\r
  71                 %l means sequence length\r
  72                 %T means taxid\r
  73                 %L means common taxonomic name\r
  74                 %S means scientific name\r
  75                 %P means PIG\r
  76                 %mX means sequence masking data, where X is an optional comma-\r
  77                 separted list of integers to specify the algorithm ID(s) to\r
  78                 diaplay (or all masks if absent or invalid specification).\r
  79                 Masking data will be displayed as a series of 'N-M' values\r
  80                 separated by ';' or the word 'none' if none are available.\r
  81         For every format except '%f', each line of output will correspond to\r
  82         a sequence.\r
  83    Default = `%f'\r
  84     * Incompatible with:  info\r
  85  -target_only\r
  86    Definition line should contain target GI only\r
  87     * Incompatible with:  pig, info, get_dups\r
  88  -get_dups\r
  89    Retrieve duplicate accessions\r
  90     * Incompatible with:  info, target_only\r
  91 \r
  92  *** Output configuration options for FASTA format\r
  93  -line_length <Integer, >=1>\r
  94    Line length for output\r
  95    Default = `80'\r
  96  -ctrl_a\r
  97    Use Ctrl-A as the non-redundant defline separator\r
  98     * Incompatible with:  info\r