conf/temp/jackhmmer.txt

   1 -bash-3.2$ /sw/opt/hmmer3/bin/jackhmmer -h\r
   2 # jackhmmer :: iteratively search a protein sequence against a protein database\r
   3 # HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/\r
   4 # Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute.\r
   5 # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).\r
   6 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\r
   7 Usage: jackhmmer [-options] <query seqfile> <target seqdb>\r
   8 \r
   9 where basic options are:\r
  10   -h     : show brief help on version and usage\r
  11   -N <n> : set maximum number of iterations to <n>  [5]  (n>0)\r
  12 \r
  13 options directing output:\r
  14   -o <f>          : direct output to file <f>, not stdout\r
  15   -A <f>          : save multiple alignment of hits to file <s>\r
  16   --tblout <f>    : save parseable table of per-sequence hits to file <s>\r
  17   --domtblout <f> : save parseable table of per-domain hits to file <s>\r
  18   --chkhmm <f>    : save HMM checkpoints to files <s>-<iteration>.hmm\r
  19   --chkali <f>    : save alignment checkpoints to files <s>-<iteration>.sto\r
  20   --acc           : prefer accessions over names in output\r
  21   --noali         : don't output alignments, so output is smaller\r
  22   --notextw       : unlimit ASCII text output line width\r
  23   --textw <n>     : set max width of ASCII text output lines  [120]  (n>=120)\r
  24 \r
  25 options controlling scoring system in first iteration:\r
  26   --popen <x>   : gap open probability  [0.02]  (0<=x<0.5)\r
  27   --pextend <x> : gap extend probability  [0.4]  (0<=x<1)\r
  28   --mxfile <f>  : substitution score matrix [default: BLOSUM62]\r
  29 \r
  30 options controlling reporting thresholds:\r
  31   -E <x>     : report sequences <= this E-value threshold in output  [10.0]  (x>0)\r
  32   -T <x>     : report sequences >= this score threshold in output\r
  33   --domE <x> : report domains <= this E-value threshold in output  [10.0]  (x>0)\r
  34   --domT <x> : report domains >= this score cutoff in output\r
  35 \r
  36 options controlling significance thresholds for inclusion in next round:\r
  37   --incE <x>    : consider sequences <= this E-value threshold as significant\r
  38   --incT <x>    : consider sequences >= this score threshold as significant\r
  39   --incdomE <x> : consider domains <= this E-value threshold as significant\r
  40   --incdomT <x> : consider domains >= this score threshold as significant\r
  41 \r
  42 options controlling acceleration heuristics:\r
  43   --max    : Turn all heuristic filters off (less speed, more power)\r
  44   --F1 <x> : Stage 1 (MSV) threshold: promote hits w/ P <= F1  [0.02]\r
  45   --F2 <x> : Stage 2 (Vit) threshold: promote hits w/ P <= F2  [1e-3]\r
  46   --F3 <x> : Stage 3 (Fwd) threshold: promote hits w/ P <= F3  [1e-5]\r
  47   --nobias : turn off composition bias filter\r
  48 \r
  49 options controlling model construction after first iteration:\r
  50   --fast           : assign cols w/ >= symfrac residues as consensus\r
  51   --hand           : manual construction (requires reference annotation)\r
  52   --symfrac <x>    : sets sym fraction controlling --fast construction\r
  53   --fragthresh <x> : if L < x<L>, tag sequence as a fragment\r
  54 \r
  55 options controlling relative weights in models after first iteration:\r
  56   --wpb     : Henikoff position-based weights  [default]\r
  57   --wgsc    : Gerstein/Sonnhammer/Chothia tree weights\r
  58   --wblosum : Henikoff simple filter weights\r
  59   --wnone   : don't do any relative weighting; set all to 1\r
  60   --wid <x> : for --wblosum: set identity cutoff  [0.62]  (0<=x<=1)\r
  61 \r
  62 options controlling effective seq number in models after first iteration:\r
  63   --eent       : adjust eff seq # to achieve relative entropy target  [default]\r
  64   --eclust     : eff seq # is # of single linkage clusters\r
  65   --enone      : no effective seq # weighting: just use nseq\r
  66   --eset <x>   : set eff seq # for all models to <x>\r
  67   --ere <x>    : for --eent: set minimum rel entropy/position to <x>\r
  68   --esigma <x> : for --eent: set sigma param to <x>  [45.0]\r
  69   --eid <x>    : for --eclust: set fractional identity cutoff to <x>  [0.62]\r
  70 \r
  71 Options controlling E value calibration:\r
  72   --EmL <n> : length of sequences for MSV Gumbel mu fit  [200]  (n>0)\r
  73   --EmN <n> : number of sequences for MSV Gumbel mu fit  [200]  (n>0)\r
  74   --EvL <n> : length of sequences for Viterbi Gumbel mu fit  [200]  (n>0)\r
  75   --EvN <n> : number of sequences for Viterbi Gumbel mu fit  [200]  (n>0)\r
  76   --EfL <n> : length of sequences for Forward exp tail tau fit  [100]  (n>0)\r
  77   --EfN <n> : number of sequences for Forward exp tail tau fit  [200]  (n>0)\r
  78   --Eft <x> : tail mass for Forward exponential tail tau fit  [0.04]  (0<x<1)\r
  79 \r
  80 Other expert options:\r
  81   --nonull2     : turn off biased composition score corrections\r
  82   -Z <x>        : set # of comparisons done, for E-value calculation\r
  83   --domZ <x>    : set # of significant seqs, for domain E-value calculation\r
  84   --seed <n>    : set RNG seed to <n> (if 0: one-time arbitrary seed)  [42]\r
  85   --qformat <s> : assert query <seqfile> is in format <s>: no autodetection\r
  86   --tformat <s> : assert target <seqdb> is in format <s>>: no autodetection\r
  87   --cpu <n>     : number of parallel CPU workers to use for multithreads\r