datamodel/compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.java

   1 package compbio.data.sequence;\r
   2 \r
   3 /**\r
   4  * Enumeration defining two constraints for SMERFS columns score calculation.\r
   5  * MAX_SCORE gives the highest core of all the windows the column belongs to.\r
   6  * MID_SCORE gives the window score to the column in the middle.\r
   7  * \r
   8  * @author Agnieszka Golicz & Peter Troshin\r
   9  */\r
  10 public enum SMERFSConstraints {\r
  11 \r
  12         MAX_SCORE, MID_SCORE;\r
  13 \r
  14         /**\r
  15          * Default column scoring schema\r
  16          */\r
  17         public static final SMERFSConstraints DEFAULT_COLUMN_SCORE = SMERFSConstraints.MID_SCORE;\r
  18 \r
  19         /**\r
  20          * Default window size value for SMERFS algorithm\r
  21          */\r
  22         public static final int DEFAULT_WINDOW_SIZE = 7;\r
  23 \r
  24         /**\r
  25          * Default gap threshold value for SMERFS algorithm\r
  26          */\r
  27         public static final double DEFAULT_GAP_THRESHOLD = 0.1;\r
  28 \r
  29         public static SMERFSConstraints getSMERFSColumnScore(String score) {\r
  30 \r
  31                 score = score.trim().toLowerCase();\r
  32                 if (score.equalsIgnoreCase(SMERFSConstraints.MAX_SCORE.toString())) {\r
  33                         return SMERFSConstraints.MAX_SCORE;\r
  34                 }\r
  35                 if (score.equalsIgnoreCase(SMERFSConstraints.MID_SCORE.toString())) {\r
  36                         return SMERFSConstraints.MID_SCORE;\r
  37                 }\r
  38                 return null;\r
  39         }\r
  40 }\r