datamodel/compbio/metadata/Parameter.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0 \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.metadata;\r
  20 \r
  21 import java.net.MalformedURLException;\r
  22 import java.util.ArrayList;\r
  23 import java.util.Collections;\r
  24 import java.util.HashSet;\r
  25 import java.util.List;\r
  26 import java.util.Set;\r
  27 import java.util.TreeSet;\r
  28 \r
  29 import javax.xml.bind.ValidationException;\r
  30 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;\r
  31 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;\r
  32 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;\r
  33 \r
  34 import compbio.util.SysPrefs;\r
  35 import compbio.util.Util;\r
  36 \r
  37 /**\r
  38  * A single value containing an option supported by the web service e.g.\r
  39  * seqType=protein. Where seqType is a optionName and protein is one of\r
  40  * possibleValues\r
  41  * \r
  42  * @see Option\r
  43  * @see Argument\r
  44  * \r
  45  * @author pvtroshin\r
  46  * \r
  47  * @version 1.0 November 2009\r
  48  */\r
  49 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)\r
  50 public class Parameter<T> extends Option<T> {\r
  51 \r
  52         @XmlElement\r
  53         Set<String> possibleValues = new HashSet<String>();\r
  54 \r
  55         ValueConstrain validValue;\r
  56 \r
  57         private Parameter() {\r
  58                 // JAXB noargs const\r
  59         }\r
  60 \r
  61         public Parameter(String name, String description) throws MalformedURLException {\r
  62                 super(name, description);\r
  63         }\r
  64 \r
  65         public ValueConstrain getValidValue() {\r
  66                 return validValue;\r
  67         }\r
  68 \r
  69         public void setValidValue(ValueConstrain validValue) {\r
  70                 if (validValue == null) {\r
  71                         throw new NullPointerException("ValueConstrain is expected!");\r
  72                 }\r
  73                 this.validValue = validValue;\r
  74         }\r
  75 \r
  76         @Override\r
  77         public String toString() {\r
  78                 String value = super.toString();\r
  79                 if (validValue != null) {\r
  80                         value += validValue.toString();\r
  81                 }\r
  82                 if (!this.possibleValues.isEmpty()) {\r
  83                         Set<String> sortedPosval = new TreeSet<String>(this.possibleValues);\r
  84                         value += "POSSIBLE VALUES:" + SysPrefs.newlinechar;\r
  85                         for (String val : sortedPosval) {\r
  86                                 value += val + SysPrefs.newlinechar;\r
  87                         }\r
  88                 }\r
  89                 return value;\r
  90         }\r
  91 \r
  92         @Override\r
  93         public String toCommand(String nameValueSeparator) {\r
  94                 if (nameValueSeparator == null) {\r
  95                         throw new NullPointerException("Name value separator is expected!");\r
  96                 }\r
  97                 return getOptionName() + nameValueSeparator + getValue();\r
  98         }\r
  99 \r
 100         @Override\r
 101         public boolean equals(Object obj) {\r
 102                 if (!super.equals(obj)) {\r
 103                         return false;\r
 104                 }\r
 105                 Parameter<?> objp = null;\r
 106                 if (obj instanceof Parameter<?>) {\r
 107                         objp = (Parameter<?>) obj;\r
 108                 } else {\r
 109                         return false;\r
 110                 }\r
 111 \r
 112                 if (objp.possibleValues.size() != this.possibleValues.size()) {\r
 113                         return false;\r
 114                 }\r
 115                 int matchCount = 0;\r
 116                 for (String pv : objp.possibleValues) {\r
 117                         if (Util.isEmpty(pv)) {\r
 118                                 continue;\r
 119                         }\r
 120                         for (String thispv : this.possibleValues) {\r
 121                                 if (pv.equals(thispv)) {\r
 122                                         matchCount++;\r
 123                                         break;\r
 124                                 }\r
 125                         }\r
 126                 }\r
 127                 if (matchCount != objp.possibleValues.size()) {\r
 128                         return false;\r
 129                 }\r
 130 \r
 131                 return true;\r
 132         }\r
 133 \r
 134         /**\r
 135          * List is more convenient to work with\r
 136          * \r
 137          * @return List of String\r
 138          */\r
 139         @Override\r
 140         public List<String> getPossibleValues() {\r
 141                 return new ArrayList<String>(possibleValues);\r
 142         }\r
 143 \r
 144         public void setPossibleValues(Set<String> possibleValues) {\r
 145                 this.possibleValues = new HashSet<String>(possibleValues);\r
 146         }\r
 147 \r
 148         public Set<String> addPossibleValues(String... value) {\r
 149                 for (String v : value) {\r
 150                         this.possibleValues.add(v);\r
 151                 }\r
 152                 return this.possibleValues;\r
 153         }\r
 154 \r
 155         @Override\r
 156         public int hashCode() {\r
 157                 int code = super.hashCode();\r
 158                 if (possibleValues != null) {\r
 159                         code += possibleValues.hashCode();\r
 160                 }\r
 161                 return code;\r
 162         }\r
 163 \r
 164         @Override\r
 165         public void setOptionNames(Set<String> optionName) {\r
 166                 if (optionName.size() != 1) {\r
 167                         throw new IllegalArgumentException(\r
 168                                         "Parameter must have a single option name! But given "\r
 169                                                         + optionName.size() + " names:  " + optionName);\r
 170                 }\r
 171                 super.setOptionNames(optionName);\r
 172         }\r
 173 \r
 174         @Override\r
 175         public Set<String> addOptionNames(String... value) {\r
 176                 throw new UnsupportedOperationException(\r
 177                                 "Parameter must have only one optionName! If you setting the only name that use setOptionName instead");\r
 178         }\r
 179 \r
 180         public String getOptionName() {\r
 181                 assert optionNames.size() == 1;\r
 182                 return optionNames.iterator().next();\r
 183         }\r
 184 \r
 185         public void setOptionName(String optionName) {\r
 186                 assert !Util.isEmpty(optionName);\r
 187                 setOptionNames(Collections.singleton(optionName));\r
 188         }\r
 189 \r
 190         String getValue() {\r
 191                 if (this.possibleValues.size() == 1) {\r
 192                         return this.possibleValues.iterator().next();\r
 193                 }\r
 194                 return getDefaultValue();\r
 195         }\r
 196 \r
 197         @Override\r
 198         void validate() throws ValidationException {\r
 199                 super.validate();\r
 200                 if (validValue == null) {\r
 201                         if (this.possibleValues.isEmpty()) {\r
 202                                 throw new ValidationException(\r
 203                                                 "No possible values defined for parameter: " + this);\r
 204                         }\r
 205                         if (this.possibleValues.size() > 1\r
 206                                         && Util.isEmpty(getDefaultValue())) {\r
 207                                 throw new ValidationException(\r
 208                                                 "Multiple possible values are defined but no default value for parameter: "\r
 209                                                                 + this);\r
 210                         }\r
 211                 } else {\r
 212                         if (Util.isEmpty(getDefaultValue())) {\r
 213                                 throw new ValidationException(\r
 214                                                 "Default value is not defined for numeric parameter! "\r
 215                                                                 + this);\r
 216                         }\r
 217                         validValue.checkValue(getDefaultValue());\r
 218                 }\r
 219         }\r
 220 \r
 221         boolean isValidValue(String value) {\r
 222                 assert !Util.isEmpty(value);\r
 223                 return Option.valueExist(value, getPossibleValues());\r
 224         }\r
 225 \r
 226         @Override\r
 227         public void setDefaultValue(String defaultVal)\r
 228                         throws WrongParameterException {\r
 229                 // If valid value constrain is not defined, then possible values must\r
 230                 // be, and they must contain the value which is\r
 231                 // about to be set!\r
 232                 if (validValue == null) {\r
 233                         if (getPossibleValues().isEmpty()) {\r
 234                                 throw new IllegalStateException(\r
 235                                                 "Attempting to set default value for parameter: "\r
 236                                                                 + this\r
 237                                                                 + " Without possible values! Please define possible value first!");\r
 238                         }\r
 239                         if (!isValidValue(defaultVal)) {\r
 240                                 throw new WrongParameterException(\r
 241                                                 "Attempting to set illegal value '" + defaultVal\r
 242                                                                 + "' for the parameter: " + this);\r
 243                         }\r
 244                 } else {\r
 245                         try {\r
 246                                 validValue.checkValue(defaultVal);\r
 247                         } catch (IndexOutOfBoundsException e) {\r
 248                                 throw new WrongParameterException(\r
 249                                                 "Attempting to set default value outside boundaries defined by the constraint: "\r
 250                                                                 + validValue + "\n For parameter: " + this);\r
 251                         }\r
 252                 }\r
 253                 this.defaultValue = defaultVal;\r
 254         }\r
 255 }\r