engine/compbio/engine/cluster/drmaa/AsyncJobRunner.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.engine.cluster.drmaa;\r
  20 \r
  21 import org.apache.log4j.Logger;\r
  22 import org.ggf.drmaa.DrmaaException;\r
  23 \r
  24 import compbio.engine.AsyncExecutor;\r
  25 import compbio.engine.Cleaner;\r
  26 import compbio.engine.Configurator;\r
  27 import compbio.engine.client.ConfiguredExecutable;\r
  28 import compbio.engine.client.Util;\r
  29 import compbio.metadata.JobSubmissionException;\r
  30 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * Single cluster job runner class\r
  34  * \r
  35  * @author pvtroshin\r
  36  * @date August 2009\r
  37  * \r
  38  *       TODO after call to submitJob() no setters really work as the job\r
  39  *       template gets deleted, this needs to be taken into account in this\r
  40  *       class design!\r
  41  */\r
  42 public class AsyncJobRunner implements AsyncExecutor {\r
  43 \r
  44         private static Logger log = Logger.getLogger(AsyncJobRunner.class);\r
  45 \r
  46         @Override\r
  47         public String submitJob(ConfiguredExecutable<?> executable)\r
  48                         throws JobSubmissionException {\r
  49                 JobRunner jr = new JobRunner(executable);\r
  50                 jr.submitJob(); // ignore cluster job id as it could be retrieved from\r
  51                 // fs\r
  52                 return executable.getTaskId();\r
  53         }\r
  54 \r
  55         @Override\r
  56         public boolean cancelJob(String jobId) {\r
  57                 ClusterSession clustSession = ClusterSession.getInstance();\r
  58                 return compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterUtil.cancelJob(jobId,\r
  59                                 clustSession);\r
  60         }\r
  61 \r
  62         /**\r
  63          * This will never return clust.engine.JobStatus.CANCELLED as for sun grid\r
  64          * engine cancelled job is the same as failed. Cancelled jobs needs to be\r
  65          * tracked manually!\r
  66          */\r
  67         @Override\r
  68         public compbio.metadata.JobStatus getJobStatus(String jobId) {\r
  69                 return JobRunner.getJobStatus(jobId);\r
  70         }\r
  71 \r
  72         @Override\r
  73         public boolean cleanup(String jobId) {\r
  74                 String workDir = Configurator.getWorkDirectory(jobId);\r
  75                 return Cleaner.deleteAllFiles(workDir);\r
  76         }\r
  77 \r
  78         @Override\r
  79         public ConfiguredExecutable<?> getResults(String jobId)\r
  80                         throws ResultNotAvailableException {\r
  81 \r
  82                 assert Util.isValidJobId(jobId);\r
  83 \r
  84                 ClusterSession csession = ClusterSession.getInstance();\r
  85                 ConfiguredExecutable<?> exec;\r
  86                 try {\r
  87                         exec = csession.getResults(jobId);\r
  88                 } catch (DrmaaException e) {\r
  89                         log.error(e.getLocalizedMessage(), e.getCause());\r
  90                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  91                 }\r
  92                 return exec;\r
  93         }\r
  94 \r
  95         @Override\r
  96         public String getWorkDirectory(String jobId) {\r
  97                 return Configurator.getWorkDirectory(jobId);\r
  98         }\r
  99 \r
 100 } // class end\r