runner/compbio/pipeline/_jpred/BlastHmmerComparator.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.pipeline._jpred;\r
  19 \r
  20 import java.io.IOException;\r
  21 import java.util.HashSet;\r
  22 import java.util.Set;\r
  23 \r
  24 import javax.xml.stream.XMLStreamException;\r
  25 \r
  26 public class BlastHmmerComparator {\r
  27 \r
  28     /**\r
  29      * args[0] is assumed to be the name of a Blast output file\r
  30      * \r
  31      * @throws XMLStreamException\r
  32      * @throws IOException\r
  33      */\r
  34     public static void main(String[] args) throws XMLStreamException,\r
  35             IOException {\r
  36         BlastParser res1 = new BlastParser(args[0]);\r
  37         JackHmmerHitParser res2 = new JackHmmerHitParser(args[1]);\r
  38         Set<Hit> list = res1.iters.get(3);\r
  39         Set<Hit> otherList = res2.hits;\r
  40         System.out.print("Iter " + 3 + " arg0: " + list.size());\r
  41         System.out.println(" arg1: " + otherList.size());\r
  42         BlastParser.printNames(getDiff(list, otherList));\r
  43         BlastParser.printNames(getDiff(otherList, list));\r
  44         // System.out.println("Diffs: " + getDiff(list, otherList));\r
  45         // System.out.println("Diffs: " + getDiff(otherList, list));\r
  46 \r
  47     }\r
  48 \r
  49     static Set<Hit> getDiff(Set<Hit> list, Set<Hit> otherList) {\r
  50         Set diff = new HashSet<Hit>();\r
  51         for (Hit pseq : list) {\r
  52             if (otherList.contains(pseq)) {\r
  53                 continue;\r
  54             }\r
  55             diff.add(pseq);\r
  56         }\r
  57         return diff;\r
  58     }\r
  59 \r
  60 }\r