runner/compbio/runner/_SkeletalCommandBuilder.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner;\r
  19 \r
  20 import java.util.ArrayList;\r
  21 import java.util.Arrays;\r
  22 import java.util.List;\r
  23 \r
  24 import compbio.engine.client.CommandBuilder;\r
  25 import compbio.engine.client.Executable;\r
  26 import compbio.engine.client.RunConfiguration;\r
  27 import compbio.metadata.Limit;\r
  28 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  29 \r
  30 public abstract class _SkeletalCommandBuilder implements\r
  31                 Executable<_SkeletalCommandBuilder> {\r
  32 \r
  33         String tmpDirectory;\r
  34         String name;\r
  35         String email;\r
  36         List<String> params = new ArrayList<String>();\r
  37 \r
  38         public _SkeletalCommandBuilder setEmail(String email) {\r
  39                 this.email = email;\r
  40                 return this;\r
  41         }\r
  42 \r
  43         public _SkeletalCommandBuilder setName(String name) {\r
  44                 this.name = name;\r
  45                 return this;\r
  46         }\r
  47 \r
  48         public String getName() {\r
  49                 return name;\r
  50         }\r
  51 \r
  52         public String getEmail() {\r
  53                 return email;\r
  54         }\r
  55 \r
  56         public _SkeletalCommandBuilder addParameters(String[] parameters) {\r
  57                 this.params.addAll(Arrays.asList(parameters));\r
  58                 return this;\r
  59         }\r
  60 \r
  61         public _SkeletalCommandBuilder addParameters(List<String> parameters) {\r
  62                 this.params.addAll(parameters);\r
  63                 return this;\r
  64         }\r
  65 \r
  66         @Override\r
  67         public CommandBuilder<_SkeletalCommandBuilder> getParameters(\r
  68                         ExecProvider provider) {\r
  69                 return null;\r
  70         }\r
  71 \r
  72         public _SkeletalCommandBuilder addParameter(String parameter) {\r
  73                 params.add(parameter);\r
  74                 return this;\r
  75         }\r
  76 \r
  77         @Override\r
  78         public <V> V getResults(String directory) {\r
  79                 // TODO Auto-generated method stub\r
  80                 return null;\r
  81         }\r
  82 \r
  83         @Override\r
  84         public Executable<?> loadRunConfiguration(RunConfiguration rconfig) {\r
  85                 // TODO Auto-generated method stub\r
  86                 return null;\r
  87         }\r
  88 \r
  89         @Override\r
  90         public String getOutput() {\r
  91                 // TODO Auto-generated method stub\r
  92                 return null;\r
  93         }\r
  94 \r
  95         @Override\r
  96         public String getError() {\r
  97                 // TODO Auto-generated method stub\r
  98                 return null;\r
  99         }\r
 100 \r
 101         @Override\r
 102         public Limit<_SkeletalCommandBuilder> getLimit(String presetName) {\r
 103                 // TODO Auto-generated method stub\r
 104                 return null;\r
 105         }\r
 106 \r
 107         @Override\r
 108         public LimitsManager<_SkeletalCommandBuilder> getLimits() {\r
 109                 // TODO Auto-generated method stub\r
 110                 return null;\r
 111         }\r
 112         \r
 113         @Override\r
 114         public String getClusterJobSettings() {\r
 115                 // TODO Auto-generated method stub\r
 116                 return null; \r
 117         }\r
 118 \r
 119 }\r