runner/compbio/runner/_impl/BlastParameters.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 /**\r
  21  * Utility class for common Blast parameters\r
  22  * \r
  23  * @author pvtroshin TODO\r
  24  */\r
  25 public class BlastParameters {\r
  26 \r
  27         private BlastParameters() {\r
  28         } // prevent instantiation\r
  29 \r
  30         static String outputName = "output.blast";\r
  31         static String outputProfileName = "output.profile";\r
  32         static final String parInput = "-i";\r
  33         static final String parDatabase = "-d ";\r
  34         static final String parOutput = "-o";\r
  35         static final String parEvalue = "-e";\r
  36         final static String parDel = " ";\r
  37         static final String parAlView = "-m 9";\r
  38 \r
  39 }\r