runner/compbio/runner/_impl/OB.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 import java.util.Arrays;\r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import compbio.runner._SkeletalCommandBuilder;\r
  24 \r
  25 /**\r
  26  * TODO this needs fixing! Executable does not work\r
  27  * \r
  28  * @author pvtroshin\r
  29  * \r
  30  */\r
  31 public class OB extends _SkeletalCommandBuilder {\r
  32 \r
  33         // $obdir/OB.pl -i $fa -p $obdir/databases/GES_hydrophobicity.dat -m\r
  34         // $obdir/databases/GES_zmat2.dat -n -o $outdir/OB.dat"\r
  35         // where $obdir= /homes/www-refine/SSPF_TO1/TarO_newclus/\r
  36         private static final String commandName = "OB";\r
  37         private static final String command = "/homes/www-refine/SSPF_TO1/TarO_newclus/OB_runner.sh";\r
  38 \r
  39         String workDirectory;\r
  40 \r
  41         public OB() {\r
  42                 // TODO Auto-generated constructor stub\r
  43         }\r
  44 \r
  45         public OB(String workDirectory) {\r
  46                 this.workDirectory = workDirectory;\r
  47         }\r
  48 \r
  49         public static String getTestCommand() {\r
  50                 return command;\r
  51         }\r
  52 \r
  53         // input -i $fa\r
  54         // output -o\r
  55         public List<String> getTestArgs() {\r
  56                 return Arrays.asList(new String[] { "" });\r
  57         }\r
  58 \r
  59         public static void main(String[] args) {\r
  60                 new OB();\r
  61         }\r
  62 \r
  63         @Override\r
  64         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  65                 // TODO Auto-generated method stub\r
  66                 return null;\r
  67         }\r
  68 \r
  69         @Override\r
  70         public String getInput() {\r
  71                 // TODO Auto-generated method stub\r
  72                 return null;\r
  73         }\r
  74 }\r