runner/compbio/runner/_impl/RPSBlast.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 import static compbio.runner._impl.BlastParameters.parAlView;\r
  21 import static compbio.runner._impl.BlastParameters.parDatabase;\r
  22 \r
  23 import java.util.Arrays;\r
  24 import java.util.List;\r
  25 \r
  26 import compbio.runner._SkeletalCommandBuilder;\r
  27 \r
  28 public class RPSBlast extends _SkeletalCommandBuilder {\r
  29 \r
  30         enum DB {\r
  31                 Pfam, Cdd, Cog, Smart, Kog, Tirg\r
  32         }\r
  33 \r
  34         private static final String command = Environment.getBlastBinDir()\r
  35                         + getCommandName();\r
  36 \r
  37         private final String workDirectory;\r
  38 \r
  39         public RPSBlast(String workDirectory) {\r
  40                 this.workDirectory = workDirectory;\r
  41         }\r
  42 \r
  43         // my $blast =\r
  44         // "$blast_dir/rpsblast -i $input -d $dblocat/$dbnam -m 9 -a 1 -o $output_dir/$outfile.rpsblastout";\r
  45         // Could be static, but interface declaration requires to be overriden\r
  46         public String getCommand(ExecProvider provider) {\r
  47                 return command;\r
  48         }\r
  49 \r
  50         public static String getTestCommand() {\r
  51                 return command;\r
  52         }\r
  53 \r
  54         public static String getCommandName() {\r
  55                 return "rpsblast";\r
  56         }\r
  57 \r
  58         static List<String> getTestArgs() {\r
  59                 return Arrays.asList(new String[] {\r
  60                                 parDatabase + Environment.getRPSBlastDatabasesDir() + DB.Smart,\r
  61                                 parAlView });\r
  62         }\r
  63 \r
  64         String getDefaultEvalue() {\r
  65                 return "1e-6";\r
  66         }\r
  67 \r
  68         @Override\r
  69         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  70                 // TODO Auto-generated method stub\r
  71                 return null;\r
  72         }\r
  73 \r
  74         @Override\r
  75         public String getInput() {\r
  76                 // TODO Auto-generated method stub\r
  77                 return null;\r
  78         }\r
  79 \r
  80 }\r