runner/compbio/runner/_impl/Ronn.java

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  11  * \r
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  14  * \r
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  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 import java.util.List;\r
  21 \r
  22 import compbio.runner._SkeletalCommandBuilder;\r
  23 \r
  24 /*\r
  25  @see \r
  26  RONN does not accept stdin the file name must be defined as parameter\r
  27  It accepts only clear sequence, no FASTA header! \r
  28  It can only analyse ONE sequence per run! (or may be not, but the results gets overriden!)\r
  29 \r
  30  */\r
  31 public class Ronn extends _SkeletalCommandBuilder {\r
  32 \r
  33         private static final String command = "/homes/pvtroshin/soft/RONNv3_fasta/Ronn_runner.sh";\r
  34 \r
  35         public String getCommand(ExecProvider provider) {\r
  36                 return command;\r
  37         }\r
  38 \r
  39         public static String getTestCommand() {\r
  40                 return command;\r
  41         }\r
  42 \r
  43         public String getCommandName() {\r
  44                 return "Ronn";\r
  45         }\r
  46 \r
  47         private final String workDirectory;\r
  48 \r
  49         public Ronn(String workDirectory) {\r
  50                 this.workDirectory = workDirectory;\r
  51         }\r
  52 \r
  53         @Override\r
  54         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  55                 // TODO Auto-generated method stub\r
  56                 return null;\r
  57         }\r
  58 \r
  59         @Override\r
  60         public String getInput() {\r
  61                 // TODO Auto-generated method stub\r
  62                 return null;\r
  63         }\r
  64 \r
  65 }\r