runner/compbio/runner/_impl/Runners.java

   1 /* Copyright (c) 2011 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 public final class Runners {\r
  21 \r
  22     private Runners() {\r
  23     }\r
  24 \r
  25     public static Mcl getMclRunnable(String workDirectory) {\r
  26         return new Mcl(workDirectory);\r
  27     }\r
  28 \r
  29     public static OB getOBRunnable(String workDirectory) {\r
  30         return new OB(workDirectory);\r
  31     }\r
  32 \r
  33     public static NetNglyc getNetNglycRunnable(String workDirectory) {\r
  34         return new NetNglyc();\r
  35     }\r
  36 \r
  37     public static Ronn getRonnRunnable(String workDirectory) {\r
  38         return new Ronn(workDirectory);\r
  39     }\r
  40 \r
  41     public static Tmhmm2 getTmhmm2Runnable(String workDirectory) {\r
  42         return new Tmhmm2(workDirectory);\r
  43     }\r
  44 \r
  45     public static RPSBlast getRPSBlastRunnable(String workDirectory) {\r
  46         return new RPSBlast(workDirectory);\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public static BlastAll getBlastAllRunnable(String workDirectory) {\r
  50         return new BlastAll(workDirectory);\r
  51     }\r
  52 \r
  53     public static PSIBlast getPSIBlastRunnable(String workDirectory) {\r
  54         return new PSIBlast(workDirectory);\r
  55     }\r
  56 \r
  57 }\r