testsrc/compbio/metadata/AllTestSuit.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.metadata;\r
  20 \r
  21 import java.io.File;\r
  22 \r
  23 import compbio.runner.Util;\r
  24 import compbio.runner.msa.ClustalW;\r
  25 import compbio.runner.msa.Muscle;\r
  26 import compbio.runner.msa.Tcoffee;\r
  27 import compbio.util.SysPrefs;\r
  28 \r
  29 public class AllTestSuit {\r
  30 \r
  31         public static final PresetManager<ClustalW> CLUSTAL_PRESETS = Util.getPresets(ClustalW.class);\r
  32         public static final RunnerConfig<ClustalW> CLUSTAL_PARAMETERS = Util.getSupportedOptions(ClustalW.class);\r
  33         public static final LimitsManager<ClustalW> CLUSTAL_LIMITS = compbio.engine.client.Util.getLimits(new ClustalW().getType());\r
  34 \r
  35         public static final PresetManager<Tcoffee> TCOFFEE_PRESETS = Util.getPresets(Tcoffee.class);\r
  36         public static final RunnerConfig<Tcoffee> TCOFFEE_PARAMETERS = Util.getSupportedOptions(Tcoffee.class);\r
  37         public static final LimitsManager<Tcoffee> TCOFFEE_LIMITS = compbio.engine.client.Util.getLimits(new Tcoffee().getType());\r
  38 \r
  39         public static final PresetManager<Muscle> MUSCLE_PRESETS = Util.getPresets(Muscle.class);\r
  40         public static final RunnerConfig<Muscle> MUSCLE_PARAMETERS = Util.getSupportedOptions(Muscle.class);\r
  41         public static final LimitsManager<Muscle> MUSCLE_LIMITS = compbio.engine.client.Util.getLimits(new Muscle().getType());\r
  42 \r
  43         public final static String test_group_cluster = "cluster";\r
  44         public final static String test_group_runner = "runner";\r
  45         public final static String test_group_non_windows = "non_windows";\r
  46         public final static String test_group_windows_only = "windows_only";\r
  47         public final static String test_group_engine = "engine";\r
  48         public final static String test_group_long = "performance";\r
  49         public final static String test_group_webservices = "webservices";\r
  50 \r
  51         /*\r
  52          * For this to work execution must start from the project directory!\r
  53          */\r
  54         public static final String CURRENT_DIRECTORY = SysPrefs.getCurrentDirectory() + File.separator;\r
  55 \r
  56         public static final String TEST_DATA_PATH = "testsrc" + File.separator + "testdata" + File.separator;\r
  57 \r
  58         public static final String TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE = AllTestSuit.CURRENT_DIRECTORY + TEST_DATA_PATH;\r
  59 \r
  60         // For cluster execution paths MUST BE ABSOLUTE as cluster hosts will not be\r
  61         // able to access the task otherwise\r
  62         public static final String OUTPUT_DIR_ABSOLUTE = AllTestSuit.CURRENT_DIRECTORY + File.separator + "local_jobsout" + File.separator;\r
  63 \r
  64         public static final String RUNNER_TEST_LOGGER = "RunnerLogger";\r
  65 \r
  66         public static final String test_input = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "TO1381.fasta";\r
  67 \r
  68         public static final String test_alignment_input = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "TO1381.fasta.aln";\r
  69 \r
  70         public static final String test_input_real = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "50x500Protein.fasta";\r
  71 \r
  72         public static final String test_input_dna = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "3dnaseqs.fasta";\r
  73 \r
  74         public static final String test_input_large = AllTestSuit.TEST_DATA_PATH_ABSOLUTE + "1000x3000Dna.fasta";\r
  75 \r
  76 }\r