webservices/compbio/ws/client/client_help.txt

   1 \r
   2 JABAWS client v2.0 June 2011 http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws \r
   3  \r
   4 Usage: <Class or Jar file name> -h=host_and_context <-s=serviceName> ACTION [OPTIONS] \r
   5 \r
   6 -h=<host_context>  - a full URL to the JABAWS web server including context \r
   7                      path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws\r
   8 -s=<ServiceName>   - one of [MafftWS, MuscleWS, ClustalWS, TcoffeeWS, ProbconsWS, \r
   9                      AAConWS, JronnWS, DisemblWS, GlobPlotWS, IUPredWS]\r
  10                      <serviceName> is required for all ACTIONS but -list_services\r
  11 \r
  12 ACTIONS: \r
  13 -list_services    - list available services\r
  14 -test             - test service \r
  15 -i=<inputFile>    - full path to fasta formatted sequence file, from which to align \r
  16                     sequences\r
  17 -parameters       - lists parameters supported by web service\r
  18 -presets          - lists presets supported by web service\r
  19 -limits           - lists web services limits\r
  20 \r
  21 Please note that if input file is specified other actions are ignored\r
  22 \r
  23 OPTIONS (only for use with -i action):\r
  24 -r=<presetName>   - name of the preset to use\r
  25 -o=<outputFile>   - full path to the file where to write an alignment\r
  26 -f=<PrmInputFile> - the name of the file with the list of parameters to use.\r
  27 \r
  28 Please note that -r and -f options cannot be used together. Alignment is done with \r
  29 either preset or a parameters from the file, but not both!\r
  30 \r
  31 EXAMPLES: \r
  32 \r
  33 1) List all available services on the host \r
  34 \r
  35 Jws2Client -h=http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -list_services\r
  36 \r
  37 2) Test Clustal web service \r
  38 \r
  39 Jws2Client -h=http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -s=ClustalWS -test \r
  40 \r
  41 3) Align sequence from file input.txt with Probcons. Record resulting alignment \r
  42 into the output.txt \r
  43 \r
  44 Jws2Client -h=http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -s=ProbconsWS -i=input.txt -o=output.txt\r
  45 \r
  46 4) Calculate disorder with Disembl take input from input.txt, output results to \r
  47 the console \r
  48 \r
  49 Jws2Client -h=http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -s=DisemblWS -i=input.txt \r
  50 \r
  51 5) List all parameters available for AAconWS service \r
  52 \r
  53 Jws2Client -h=http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -s=AAconWS -parameters\r
  54 \r
  55 6) Calculate conservation with AAConWS using LANDGRAF method, for Clustal alignment \r
  56 from input.txt and report  the scores to the console \r
  57 \r
  58 Jws2Client -h=http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -s=AAconWS -i=input.txt -f=prm.txt \r
  59 \r
  60 Where the content of prm.txt file is -m=LANDGRAF\r
  61 The list of the supported parameters can be obtained as shown in the example 5. \r
  62 \r
  63 Citation: Peter V. Troshin, James B. Procter and Geoffrey J. Barton - "Java \r
  64 Bioinformatics Analysis Web Services for Multiple Sequence Alignment - \r
  65 JABAWS:MSA" Bioinformatics 2011; doi: 10.1093/bioinformatics/btr304.\r