website/full_javadoc/compbio/data/sequence/FastaSequence.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:49 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 FastaSequence\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="FastaSequence";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/FastaSequence.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Program.html" title="enum in compbio.data.sequence"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/data/sequence/FastaSequence.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="FastaSequence.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.data.sequence</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class FastaSequence</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 java.lang.Object\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.data.sequence.FastaSequence</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <HR>\r
  99 <DL>\r
 100 <DT><PRE><FONT SIZE="-1">@Immutable\r
 101 </FONT>public class <B>FastaSequence</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
 102 </PRE>\r
 103 \r
 104 <P>\r
 105 A FASTA formatted sequence. Please note that this class does not make any
 106  assumptions as to what sequence it store e.g. it could be nucleotide, protein
 107  or even gapped alignment sequence! The only guarantee it makes is that the
 108  sequence does not contain white space characters e.g. spaces, new lines etc\r
 109 <P>\r
 110 \r
 111 <P>\r
 112 <DL>\r
 113 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 114   <DD>pvtroshin
 115
 116          Date September 2009</DD>\r
 117 </DL>\r
 118 <HR>\r
 119 \r
 120 <P>\r
 121 \r
 122 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 123 \r
 124 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 125 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 126 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 127 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 128 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 129 </TR>\r
 130 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 131 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#FastaSequence(java.lang.String, java.lang.String)">FastaSequence</A></B>(java.lang.String&nbsp;id,\r
 132               java.lang.String&nbsp;sequence)</CODE>\r
 133 \r
 134 <BR>\r
 135 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Upon construction the any whitespace characters are removed from the
 136  sequence</TD>\r
 137 </TR>\r
 138 </TABLE>\r
 139 &nbsp;\r
 140 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 141 \r
 142 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 143 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 144 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 145 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 146 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 147 </TR>\r
 148 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 149 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 150 <CODE>static&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 151 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#countMatchesInSequence(java.lang.String, java.lang.String)">countMatchesInSequence</A></B>(java.lang.String&nbsp;theString,\r
 152                        java.lang.String&nbsp;theRegExp)</CODE>\r
 153 \r
 154 <BR>\r
 155 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 156 </TR>\r
 157 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 158 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 159 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 160 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
 161 \r
 162 <BR>\r
 163 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 164 </TR>\r
 165 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 166 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 167 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 168 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormatedSequence(int)">getFormatedSequence</A></B>(int&nbsp;width)</CODE>\r
 169 \r
 170 <BR>\r
 171 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Format sequence per width letter in one string.</TD>\r
 172 </TR>\r
 173 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 174 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 175 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 176 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormattedFasta()">getFormattedFasta</A></B>()</CODE>\r
 177 \r
 178 <BR>\r
 179 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 180 </TR>\r
 181 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 182 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 183 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 184 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getId()">getId</A></B>()</CODE>\r
 185 \r
 186 <BR>\r
 187 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Gets the value of id</TD>\r
 188 </TR>\r
 189 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 190 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 191 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 192 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getLength()">getLength</A></B>()</CODE>\r
 193 \r
 194 <BR>\r
 195 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 196 </TR>\r
 197 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 198 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 199 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 200 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getOnelineFasta()">getOnelineFasta</A></B>()</CODE>\r
 201 \r
 202 <BR>\r
 203 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 204 </TR>\r
 205 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 206 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 207 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 208 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getSequence()">getSequence</A></B>()</CODE>\r
 209 \r
 210 <BR>\r
 211 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Gets the value of sequence</TD>\r
 212 </TR>\r
 213 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 214 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 215 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 216 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 217 \r
 218 <BR>\r
 219 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Same as oneLineFasta</TD>\r
 220 </TR>\r
 221 </TABLE>\r
 222 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 223 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 224 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 225 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 226 </TR>\r
 227 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 228 <TD><CODE>getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 229 </TR>\r
 230 </TABLE>\r
 231 &nbsp;\r
 232 <P>\r
 233 \r
 234 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 235 \r
 236 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 237 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 238 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 239 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 240 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 241 </TR>\r
 242 </TABLE>\r
 243 \r
 244 <A NAME="FastaSequence(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 245 FastaSequence</H3>\r
 246 <PRE>\r
 247 public <B>FastaSequence</B>(java.lang.String&nbsp;id,\r
 248                      java.lang.String&nbsp;sequence)</PRE>\r
 249 <DL>\r
 250 <DD>Upon construction the any whitespace characters are removed from the
 251  sequence\r
 252 <P>\r
 253 <DL>\r
 254 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>id</CODE> - <DD><CODE>sequence</CODE> - </DL>\r
 255 </DL>\r
 256 \r
 257 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 258 \r
 259 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 260 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 261 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 262 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 263 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 264 </TR>\r
 265 </TABLE>\r
 266 \r
 267 <A NAME="getId()"><!-- --></A><H3>\r
 268 getId</H3>\r
 269 <PRE>\r
 270 public java.lang.String <B>getId</B>()</PRE>\r
 271 <DL>\r
 272 <DD>Gets the value of id\r
 273 <P>\r
 274 <DD><DL>\r
 275 \r
 276 <DT><B>Returns:</B><DD>the value of id</DL>\r
 277 </DD>\r
 278 </DL>\r
 279 <HR>\r
 280 \r
 281 <A NAME="getSequence()"><!-- --></A><H3>\r
 282 getSequence</H3>\r
 283 <PRE>\r
 284 public java.lang.String <B>getSequence</B>()</PRE>\r
 285 <DL>\r
 286 <DD>Gets the value of sequence\r
 287 <P>\r
 288 <DD><DL>\r
 289 \r
 290 <DT><B>Returns:</B><DD>the value of sequence</DL>\r
 291 </DD>\r
 292 </DL>\r
 293 <HR>\r
 294 \r
 295 <A NAME="countMatchesInSequence(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 296 countMatchesInSequence</H3>\r
 297 <PRE>\r
 298 public static int <B>countMatchesInSequence</B>(java.lang.String&nbsp;theString,\r
 299                                          java.lang.String&nbsp;theRegExp)</PRE>\r
 300 <DL>\r
 301 <DD><DL>\r
 302 </DL>\r
 303 </DD>\r
 304 </DL>\r
 305 <HR>\r
 306 \r
 307 <A NAME="getFormattedFasta()"><!-- --></A><H3>\r
 308 getFormattedFasta</H3>\r
 309 <PRE>\r
 310 public java.lang.String <B>getFormattedFasta</B>()</PRE>\r
 311 <DL>\r
 312 <DD><DL>\r
 313 </DL>\r
 314 </DD>\r
 315 </DL>\r
 316 <HR>\r
 317 \r
 318 <A NAME="getOnelineFasta()"><!-- --></A><H3>\r
 319 getOnelineFasta</H3>\r
 320 <PRE>\r
 321 public java.lang.String <B>getOnelineFasta</B>()</PRE>\r
 322 <DL>\r
 323 <DD><DL>\r
 324 \r
 325 <DT><B>Returns:</B><DD>one line name, next line sequence, no matter what the sequence
 326          length is</DL>\r
 327 </DD>\r
 328 </DL>\r
 329 <HR>\r
 330 \r
 331 <A NAME="getFormatedSequence(int)"><!-- --></A><H3>\r
 332 getFormatedSequence</H3>\r
 333 <PRE>\r
 334 public java.lang.String <B>getFormatedSequence</B>(int&nbsp;width)</PRE>\r
 335 <DL>\r
 336 <DD>Format sequence per width letter in one string. Without spaces.\r
 337 <P>\r
 338 <DD><DL>\r
 339 \r
 340 <DT><B>Returns:</B><DD>multiple line formated sequence, one line width letters length</DL>\r
 341 </DD>\r
 342 </DL>\r
 343 <HR>\r
 344 \r
 345 <A NAME="getLength()"><!-- --></A><H3>\r
 346 getLength</H3>\r
 347 <PRE>\r
 348 public int <B>getLength</B>()</PRE>\r
 349 <DL>\r
 350 <DD><DL>\r
 351 \r
 352 <DT><B>Returns:</B><DD>sequence length</DL>\r
 353 </DD>\r
 354 </DL>\r
 355 <HR>\r
 356 \r
 357 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 358 toString</H3>\r
 359 <PRE>\r
 360 public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
 361 <DL>\r
 362 <DD>Same as oneLineFasta\r
 363 <P>\r
 364 <DD><DL>\r
 365 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 366 </DD>\r
 367 <DD><DL>\r
 368 </DL>\r
 369 </DD>\r
 370 </DL>\r
 371 <HR>\r
 372 \r
 373 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 374 equals</H3>\r
 375 <PRE>\r
 376 public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
 377 <DL>\r
 378 <DD><DL>\r
 379 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 380 </DD>\r
 381 <DD><DL>\r
 382 </DL>\r
 383 </DD>\r
 384 </DL>\r
 385 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 386 <HR>\r
 387 \r
 388 \r
 389 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 390 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 391 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 392 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 393 <TR>\r
 394 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
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 396 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
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 398   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 399   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 400   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 401   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/FastaSequence.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 402   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 403   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
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 405   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
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 409 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
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 415 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 416 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 417 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Program.html" title="enum in compbio.data.sequence"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 418 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 419   <A HREF="../../../index.html?compbio/data/sequence/FastaSequence.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 420 &nbsp;<A HREF="FastaSequence.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
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 422   <!--\r
 423   if(window==top) {\r
 424     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 425   }\r
 426   //-->\r
 427 </SCRIPT>\r
 428 <NOSCRIPT>\r
 429   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 430 </NOSCRIPT>\r
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 436 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 437   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 438 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 439 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 440 </TR>\r
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 443 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
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