website/full_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Jws2Client\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Jws2Client";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Jws2Client.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/client/Jws2Client.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Jws2Client.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;<A HREF="#nested_class_summary">NESTED</A>&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.ws.client</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class Jws2Client</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 java.lang.Object\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.client.Jws2Client</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <HR>\r
  99 <DL>\r
 100 <DT><PRE>public class <B>Jws2Client</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
 101 </PRE>\r
 102 \r
 103 <P>\r
 104 A command line client for Jalview Web Services version 2\r
 105 <P>\r
 106 \r
 107 <P>\r
 108 <DL>\r
 109 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 110   <DD>pvtroshin</DD>\r
 111 </DL>\r
 112 <HR>\r
 113 \r
 114 <P>\r
 115 <!-- ======== NESTED CLASS SUMMARY ======== -->\r
 116 \r
 117 <A NAME="nested_class_summary"><!-- --></A>\r
 118 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 119 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 120 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 121 <B>Nested Class Summary</B></FONT></TH>\r
 122 </TR>\r
 123 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 124 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 125 <CODE>static&nbsp;class</CODE></FONT></TD>\r
 126 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Jws2Client.Services</A></B></CODE>\r
 127 \r
 128 <BR>\r
 129 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List of web services currently supported by JWS2</TD>\r
 130 </TR>\r
 131 </TABLE>\r
 132 &nbsp;\r
 133 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 134 \r
 135 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 136 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 137 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 138 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 139 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 140 </TR>\r
 141 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 142 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 143 <CODE>static\r
 144 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 145 <TR ALIGN="right" VALIGN="">\r
 146 <TD NOWRAP><FONT SIZE="-1">\r
 147 <CODE>&lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 148 </TR>\r
 149 </TABLE>\r
 150 </CODE></FONT></TD>\r
 151 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Jws2Client.Services)">connect</A></B>(java.lang.String&nbsp;host,\r
 152         <A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Jws2Client.Services</A>&nbsp;service)</CODE>\r
 153 \r
 154 <BR>\r
 155 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Connects to a web service by the host and the service name</TD>\r
 156 </TR>\r
 157 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 158 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 159 <CODE>static&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 160 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])">getHost</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
 161 \r
 162 <BR>\r
 163 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts host name from the command line</TD>\r
 164 </TR>\r
 165 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 166 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 167 <CODE>static&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 168 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])">getServiceName</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
 169 \r
 170 <BR>\r
 171 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts service name from the command line</TD>\r
 172 </TR>\r
 173 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 174 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 175 <CODE>static&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 176 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(java.lang.String[]&nbsp;args)</CODE>\r
 177 \r
 178 <BR>\r
 179 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Starts command line client, if no parameter are supported print help.</TD>\r
 180 </TR>\r
 181 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 182 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 183 <CODE>static&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 184 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#validURL(java.lang.String)">validURL</A></B>(java.lang.String&nbsp;urlstr)</CODE>\r
 185 \r
 186 <BR>\r
 187 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Attempt to construct the URL object from the string</TD>\r
 188 </TR>\r
 189 </TABLE>\r
 190 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 191 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 192 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 193 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 194 </TR>\r
 195 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 196 <TD><CODE>equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 197 </TR>\r
 198 </TABLE>\r
 199 &nbsp;\r
 200 <P>\r
 201 \r
 202 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 203 \r
 204 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 205 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 206 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 207 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 208 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 209 </TR>\r
 210 </TABLE>\r
 211 \r
 212 <A NAME="validURL(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 213 validURL</H3>\r
 214 <PRE>\r
 215 public static boolean <B>validURL</B>(java.lang.String&nbsp;urlstr)</PRE>\r
 216 <DL>\r
 217 <DD>Attempt to construct the URL object from the string\r
 218 <P>\r
 219 <DD><DL>\r
 220 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>urlstr</CODE> - \r
 221 <DT><B>Returns:</B><DD>true if it succeed false otherwise</DL>\r
 222 </DD>\r
 223 </DL>\r
 224 <HR>\r
 225 \r
 226 <A NAME="getServiceName(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 227 getServiceName</H3>\r
 228 <PRE>\r
 229 public static java.lang.String <B>getServiceName</B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
 230 <DL>\r
 231 <DD>Extracts service name from the command line\r
 232 <P>\r
 233 <DD><DL>\r
 234 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
 235 <DT><B>Returns:</B><DD>service name or null if it is not defined</DL>\r
 236 </DD>\r
 237 </DL>\r
 238 <HR>\r
 239 \r
 240 <A NAME="getHost(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 241 getHost</H3>\r
 242 <PRE>\r
 243 public static java.lang.String <B>getHost</B>(java.lang.String[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
 244 <DL>\r
 245 <DD>Extracts host name from the command line\r
 246 <P>\r
 247 <DD><DL>\r
 248 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
 249 <DT><B>Returns:</B><DD>host name or null if it is not defined</DL>\r
 250 </DD>\r
 251 </DL>\r
 252 <HR>\r
 253 \r
 254 <A NAME="connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Jws2Client.Services)"><!-- --></A><H3>\r
 255 connect</H3>\r
 256 <PRE>\r
 257 public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt; <B>connect</B>(java.lang.String&nbsp;host,\r
 258                                    <A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Jws2Client.Services</A>&nbsp;service)\r
 259                         throws javax.xml.ws.WebServiceException</PRE>\r
 260 <DL>\r
 261 <DD>Connects to a web service by the host and the service name\r
 262 <P>\r
 263 <DD><DL>\r
 264 <DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - web service type<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>host</CODE> - <DD><CODE>service</CODE> - \r
 265 <DT><B>Returns:</B><DD>MsaWS<T>\r
 266 <DT><B>Throws:</B>\r
 267 <DD><CODE>javax.xml.ws.WebServiceException</CODE></DL>\r
 268 </DD>\r
 269 </DL>\r
 270 <HR>\r
 271 \r
 272 <A NAME="main(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 273 main</H3>\r
 274 <PRE>\r
 275 public static void <B>main</B>(java.lang.String[]&nbsp;args)</PRE>\r
 276 <DL>\r
 277 <DD>Starts command line client, if no parameter are supported print help. Two
 278  parameters are required for successfull call the JWS2 host name and a
 279  service name.\r
 280 <P>\r
 281 <DD><DL>\r
 282 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>args</CODE> - Usage: <Class or Jar file name> -h=host_and_context
 283             -s=serviceName ACTION [OPTIONS]
 284
 285             -h=<host_and_context> - a full URL to the JWS2 web server
 286             including context path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws
 287
 288             -s=<ServiceName> - one of [MafftWS, MuscleWS, ClustalWS,
 289             TcoffeeWS, ProbconsWS] ACTIONS:
 290
 291             -i=<inputFile> - full path to fasta formatted sequence file,
 292             from which to align sequences
 293
 294             -parameters - lists parameters supported by web service
 295
 296             -presets - lists presets supported by web service
 297
 298             -limits - lists web services limits Please note that if input
 299             file is specified other actions are ignored
 300
 301             OPTIONS: (only for use with -i action):
 302
 303             -r=<presetName> - name of the preset to use
 304
 305             -o=<outputFile> - full path to the file where to write an
 306             alignment -f=<parameterInputFile> - the name of the file with
 307             the list of parameters to use. Please note that -r and -f
 308             options cannot be used together. Alignment is done with either
 309             preset or a parameters from the file, but not both!</DL>\r
 310 </DD>\r
 311 </DL>\r
 312 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 313 <HR>\r
 314 \r
 315 \r
 316 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 317 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 318 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 319 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 320 <TR>\r
 321 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 322 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 323 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 324   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 325   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 326   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 327   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 328   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Jws2Client.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 329   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 330   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 331   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 332   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 333   </TR>\r
 334 </TABLE>\r
 335 </TD>\r
 336 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 337 </EM>\r
 338 </TD>\r
 339 </TR>\r
 340 \r
 341 <TR>\r
 342 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 343 &nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
 344 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 345 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 346   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/client/Jws2Client.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 347 &nbsp;<A HREF="Jws2Client.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 348 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 349   <!--\r
 350   if(window==top) {\r
 351     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 352   }\r
 353   //-->\r
 354 </SCRIPT>\r
 355 <NOSCRIPT>\r
 356   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 357 </NOSCRIPT>\r
 358 \r
 359 \r
 360 </FONT></TD>\r
 361 </TR>\r
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