website/full_javadoc/compbio/ws/server/ClustalWS.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 ClustalWS\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="ClustalWS";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/ClustalWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/MafftWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/server/ClustalWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="ClustalWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.ws.server</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class ClustalWS</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 java.lang.Object\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.server.ClustalWS</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</DD>\r
 100 </DL>\r
 101 <HR>\r
 102 <DL>\r
 103 <DT><PRE>public class <B>ClustalWS</B><DT>extends java.lang.Object<DT>implements <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</DL>\r
 104 </PRE>\r
 105 \r
 106 <P>\r
 107 <HR>\r
 108 \r
 109 <P>\r
 110 \r
 111 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 112 \r
 113 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 114 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 115 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 116 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 117 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 118 </TR>\r
 119 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 120 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#ClustalWS()">ClustalWS</A></B>()</CODE>\r
 121 \r
 122 <BR>\r
 123 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 124 </TR>\r
 125 </TABLE>\r
 126 &nbsp;\r
 127 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 128 \r
 129 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 130 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 131 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 132 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 133 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 134 </TR>\r
 135 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 136 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 137 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 138 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#align(java.util.List)">align</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)</CODE>\r
 139 \r
 140 <BR>\r
 141 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with default settings.</TD>\r
 142 </TR>\r
 143 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 144 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 145 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 146 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
 147 \r
 148 <BR>\r
 149 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Stop running job but leave its output untouched</TD>\r
 150 </TR>\r
 151 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 152 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 153 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 154 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 155             java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 156 \r
 157 <BR>\r
 158 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with options.</TD>\r
 159 </TR>\r
 160 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 161 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 162 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A></CODE></FONT></TD>\r
 163 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
 164 \r
 165 <BR>\r
 166 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the status of the job.</TD>\r
 167 </TR>\r
 168 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 169 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 170 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 171 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</CODE>\r
 172 \r
 173 <BR>\r
 174 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
 175 </TR>\r
 176 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 177 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 178 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 179 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#getLimits()">getLimits</A></B>()</CODE>\r
 180 \r
 181 <BR>\r
 182 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List Limits supported by a web service.</TD>\r
 183 </TR>\r
 184 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 185 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 186 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 187 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 188 \r
 189 <BR>\r
 190 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get presets supported by a web service</TD>\r
 191 </TR>\r
 192 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 193 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 194 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A></CODE></FONT></TD>\r
 195 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
 196 \r
 197 <BR>\r
 198 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the result of the job.</TD>\r
 199 </TR>\r
 200 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 201 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 202 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 203 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></B>()</CODE>\r
 204 \r
 205 <BR>\r
 206 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get options supported by a web service</TD>\r
 207 </TR>\r
 208 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 209 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 210 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 211 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 212             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;&nbsp;preset)</CODE>\r
 213 \r
 214 <BR>\r
 215 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with preset.</TD>\r
 216 </TR>\r
 217 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 218 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 219 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A></CODE></FONT></TD>\r
 220 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId,\r
 221                    long&nbsp;position)</CODE>\r
 222 \r
 223 <BR>\r
 224 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 225  service from the position.</TD>\r
 226 </TR>\r
 227 </TABLE>\r
 228 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 229 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 230 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 231 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 232 </TR>\r
 233 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 234 <TD><CODE>equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 235 </TR>\r
 236 </TABLE>\r
 237 &nbsp;\r
 238 <P>\r
 239 \r
 240 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 241 \r
 242 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 243 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 244 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 245 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 246 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 247 </TR>\r
 248 </TABLE>\r
 249 \r
 250 <A NAME="ClustalWS()"><!-- --></A><H3>\r
 251 ClustalWS</H3>\r
 252 <PRE>\r
 253 public <B>ClustalWS</B>()</PRE>\r
 254 <DL>\r
 255 </DL>\r
 256 \r
 257 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 258 \r
 259 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 260 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 261 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 262 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 263 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 264 </TR>\r
 265 </TABLE>\r
 266 \r
 267 <A NAME="align(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 268 align</H3>\r
 269 <PRE>\r
 270 public java.lang.String <B>align</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)\r
 271                        throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></PRE>\r
 272 <DL>\r
 273 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 274 <DD>Align a list of sequences with default settings.
 275
 276  Any dataset containing a greater number of sequences or the average
 277  length of the sequences are greater then defined in the default Limit
 278  will not be accepted for an alignment operation and
 279  JobSubmissionException will be thrown.\r
 280 <P>\r
 281 <DD><DL>\r
 282 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">align</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 283 </DD>\r
 284 <DD><DL>\r
 285 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 286             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 287             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 288             to validate this information\r
 289 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 290 <DT><B>Throws:</B>\r
 291 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 292              given web service, e.g. JWS2 is deployed on Windows and Mafft
 293              service is called\r
 294 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 295              exceeds what is defined by the limit\r
 296 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE></DL>\r
 297 </DD>\r
 298 </DL>\r
 299 <HR>\r
 300 \r
 301 <A NAME="presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)"><!-- --></A><H3>\r
 302 presetAlign</H3>\r
 303 <PRE>\r
 304 public java.lang.String <B>presetAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 305                                     <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;&nbsp;preset)\r
 306                              throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 307                                     <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 308 <DL>\r
 309 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 310 <DD>Align a list of sequences with preset. @see Preset
 311
 312  Limit for a presetName is used whether the calculation will be permitted
 313  or denied. If no Limit was defined for a presetName, than default limit
 314  is used.\r
 315 <P>\r
 316 <DD><DL>\r
 317 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 318 </DD>\r
 319 <DD><DL>\r
 320 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 321             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 322             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 323             to validate this information<DD><CODE>preset</CODE> - A list of Options\r
 324 <DT><B>Returns:</B><DD>String - jobId - unique identifier for the job\r
 325 <DT><B>Throws:</B>\r
 326 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 327              given web service, e.g. JWS2 is deployed on Windows and Mafft
 328              service is called\r
 329 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 330              exceeds what is defined by the limit\r
 331 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 332              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 333              boundaries. In both cases exception object contain the
 334              information on the violating Option.\r
 335 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE></DL>\r
 336 </DD>\r
 337 </DL>\r
 338 <HR>\r
 339 \r
 340 <A NAME="customAlign(java.util.List, java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 341 customAlign</H3>\r
 342 <PRE>\r
 343 public java.lang.String <B>customAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 344                                     java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;&gt;&nbsp;options)\r
 345                              throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 346                                     <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 347 <DL>\r
 348 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 349 <DD>Align a list of sequences with options.\r
 350 <P>\r
 351 <DD><DL>\r
 352 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 353 </DD>\r
 354 <DD><DL>\r
 355 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 356             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 357             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 358             to validate this information<DD><CODE>options</CODE> - A list of Options\r
 359 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 360 <DT><B>Throws:</B>\r
 361 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 362              given web service, e.g. JWS2 is deployed on Windows and Mafft
 363              service is called\r
 364 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 365              exceeds what is defined by the limit\r
 366 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 367              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 368              boundaries. In both cases exception object contain the
 369              information on the violating Option.\r
 370 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE><DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Default Limit is used to decide whether the calculation will be
 371       permitted or denied</CODE></A></DL>\r
 372 </DD>\r
 373 </DL>\r
 374 <HR>\r
 375 \r
 376 <A NAME="getRunnerOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 377 getRunnerOptions</H3>\r
 378 <PRE>\r
 379 public <A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt; <B>getRunnerOptions</B>()</PRE>\r
 380 <DL>\r
 381 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getRunnerOptions()">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 382 <DD>Get options supported by a web service\r
 383 <P>\r
 384 <DD><DL>\r
 385 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 386 </DD>\r
 387 <DD><DL>\r
 388 \r
 389 <DT><B>Returns:</B><DD>RunnerConfig the list of options and parameters supported by a
 390          web service.</DL>\r
 391 </DD>\r
 392 </DL>\r
 393 <HR>\r
 394 \r
 395 <A NAME="getResult(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 396 getResult</H3>\r
 397 <PRE>\r
 398 public <A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A> <B>getResult</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)\r
 399                     throws <A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></PRE>\r
 400 <DL>\r
 401 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 402 <DD>Return the result of the job.\r
 403 <P>\r
 404 <DD><DL>\r
 405 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 406 </DD>\r
 407 <DD><DL>\r
 408 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - a unique job identifier\r
 409 <DT><B>Returns:</B><DD>Alignment\r
 410 <DT><B>Throws:</B>\r
 411 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></CODE> - this exception is throw if the job execution was not
 412              successful or the result of the execution could not be found.
 413              (e.g. removed). Exception could also be thrown is dues to the
 414              lower level problems on the server i.e. IOException,
 415              FileNotFoundException problems as well as
 416              UnknownFileFormatException.</DL>\r
 417 </DD>\r
 418 </DL>\r
 419 <HR>\r
 420 \r
 421 <A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 422 getLimit</H3>\r
 423 <PRE>\r
 424 public <A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt; <B>getLimit</B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</PRE>\r
 425 <DL>\r
 426 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 427 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 428 <P>\r
 429 <DD><DL>\r
 430 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 431 </DD>\r
 432 <DD><DL>\r
 433 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - the name of the preset. if no name is provided, then the
 434             default preset is returned. If no limit for a particular
 435             preset is defined then the default preset is returned\r
 436 <DT><B>Returns:</B><DD>Limit</DL>\r
 437 </DD>\r
 438 </DL>\r
 439 <HR>\r
 440 \r
 441 <A NAME="getLimits()"><!-- --></A><H3>\r
 442 getLimits</H3>\r
 443 <PRE>\r
 444 public <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt; <B>getLimits</B>()</PRE>\r
 445 <DL>\r
 446 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimits()">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 447 <DD>List Limits supported by a web service.\r
 448 <P>\r
 449 <DD><DL>\r
 450 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimits()">getLimits</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 451 </DD>\r
 452 <DD><DL>\r
 453 \r
 454 <DT><B>Returns:</B><DD>LimitManager</DL>\r
 455 </DD>\r
 456 </DL>\r
 457 <HR>\r
 458 \r
 459 <A NAME="cancelJob(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 460 cancelJob</H3>\r
 461 <PRE>\r
 462 public boolean <B>cancelJob</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>\r
 463 <DL>\r
 464 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 465 <DD>Stop running job but leave its output untouched\r
 466 <P>\r
 467 <DD><DL>\r
 468 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 469 </DD>\r
 470 <DD><DL>\r
 471 \r
 472 <DT><B>Returns:</B><DD>true if job was cancelled successfully, false otherwise</DL>\r
 473 </DD>\r
 474 </DL>\r
 475 <HR>\r
 476 \r
 477 <A NAME="getJobStatus(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 478 getJobStatus</H3>\r
 479 <PRE>\r
 480 public <A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>\r
 481 <DL>\r
 482 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 483 <DD>Return the status of the job. @see JobStatus\r
 484 <P>\r
 485 <DD><DL>\r
 486 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 487 </DD>\r
 488 <DD><DL>\r
 489 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier\r
 490 <DT><B>Returns:</B><DD>JobStatus - status of the job</DL>\r
 491 </DD>\r
 492 </DL>\r
 493 <HR>\r
 494 \r
 495 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 496 getPresets</H3>\r
 497 <PRE>\r
 498 public <A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 499 <DL>\r
 500 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getPresets()">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 501 <DD>Get presets supported by a web service\r
 502 <P>\r
 503 <DD><DL>\r
 504 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getPresets()">getPresets</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 505 </DD>\r
 506 <DD><DL>\r
 507 \r
 508 <DT><B>Returns:</B><DD>PresetManager the object contains information about presets
 509          supported by a web service</DL>\r
 510 </DD>\r
 511 </DL>\r
 512 <HR>\r
 513 \r
 514 <A NAME="pullExecStatistics(java.lang.String, long)"><!-- --></A><H3>\r
 515 pullExecStatistics</H3>\r
 516 <PRE>\r
 517 public <A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(java.lang.String&nbsp;jobId,\r
 518                                       long&nbsp;position)</PRE>\r
 519 <DL>\r
 520 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 521 <DD>Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 522  service from the position. If in time of a request less then 1kb data is
 523  available from the position to the end of the file, then it returns all
 524  the data available from the position to the end of the file.\r
 525 <P>\r
 526 <DD><DL>\r
 527 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A>&gt;</CODE></DL>\r
 528 </DD>\r
 529 <DD><DL>\r
 530 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier<DD><CODE>position</CODE> - - next position within the file to read\r
 531 <DT><B>Returns:</B><DD>ChunkHolder - @see ChunkHolder which contains a chuink of data
 532          and a next position within the file from which no data has been
 533          read</DL>\r
 534 </DD>\r
 535 </DL>\r
 536 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 537 <HR>\r
 538 \r
 539 \r
 540 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 541 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 542 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 543 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 544 <TR>\r
 545 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 546 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 547 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
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 549   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 550   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 551   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 552   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/ClustalWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 553   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 554   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 555   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 556   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 557   </TR>\r
 558 </TABLE>\r
 559 </TD>\r
 560 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 561 </EM>\r
 562 </TD>\r
 563 </TR>\r
 564 \r
 565 <TR>\r
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 588   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
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