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   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
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   7 Constant Field Values\r
   8 </TITLE>\r
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  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
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  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Constant Field Values";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
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  23 </NOSCRIPT>\r
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  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
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  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
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  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
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  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
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  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="index.html?constant-values.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="constant-values.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
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  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
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  70 <NOSCRIPT>\r
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  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
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  83 <H1>\r
  84 Constant Field Values</H1>\r
  85 </CENTER>\r
  86 <HR SIZE="4" NOSHADE>\r
  87 <B>Contents</B><UL>\r
  88 <LI><A HREF="#compbio.data">compbio.data.*</A>\r
  89 <LI><A HREF="#compbio.engine">compbio.engine.*</A>\r
  90 <LI><A HREF="#compbio.metadata">compbio.metadata.*</A>\r
  91 <LI><A HREF="#compbio.runner">compbio.runner.*</A>\r
  92 </UL>\r
  93 \r
  94 <A NAME="compbio.data"><!-- --></A>\r
  95 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  96 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  97 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
  98 compbio.data.*</FONT></TH>\r
  99 </TR>\r
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 104 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 105 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 106 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence">ClustalAlignmentUtil</A></TH>\r
 107 </TR>\r
 108 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 109 <A NAME="compbio.data.sequence.ClustalAlignmentUtil.gapchar"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 110 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;char</CODE></FONT></TD>\r
 111 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html#gapchar">gapchar</A></CODE></TD>\r
 112 <TD ALIGN="right"><CODE>45</CODE></TD>\r
 113 </TR>\r
 114 </FONT></TD>\r
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 120 <P>\r
 121 <A NAME="compbio.engine"><!-- --></A>\r
 122 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 123 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 124 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
 125 compbio.engine.*</FONT></TH>\r
 126 </TR>\r
 127 </TABLE>\r
 128 \r
 129 <P>\r
 130 \r
 131 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 132 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 133 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html" title="class in compbio.engine.client">ConfExecutable</A>&lt;<A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html" title="type parameter in ConfExecutable">T</A>&gt;</TH>\r
 134 </TR>\r
 135 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 136 <A NAME="compbio.engine.client.ConfExecutable.CLUSTER_TASK_ID_PREFIX"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 137 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 138 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html#CLUSTER_TASK_ID_PREFIX">CLUSTER_TASK_ID_PREFIX</A></CODE></TD>\r
 139 <TD ALIGN="right"><CODE>"@"</CODE></TD>\r
 140 </TR>\r
 141 </FONT></TD>\r
 142 </TR>\r
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 145 <P>\r
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 148 \r
 149 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 150 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 151 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/EnvVariableProcessor.html" title="class in compbio.engine.client">EnvVariableProcessor</A></TH>\r
 152 </TR>\r
 153 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 154 <A NAME="compbio.engine.client.EnvVariableProcessor.PATH"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 155 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 156 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/EnvVariableProcessor.html#PATH">PATH</A></CODE></TD>\r
 157 <TD ALIGN="right"><CODE>"PATH"</CODE></TD>\r
 158 </TR>\r
 159 </FONT></TD>\r
 160 </TR>\r
 161 </TABLE>\r
 162 \r
 163 <P>\r
 164 \r
 165 <P>\r
 166 \r
 167 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 168 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 169 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/RunConfiguration.html" title="class in compbio.engine.client">RunConfiguration</A></TH>\r
 170 </TR>\r
 171 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 172 <A NAME="compbio.engine.client.RunConfiguration.rconfigFile"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 173 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 174 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/RunConfiguration.html#rconfigFile">rconfigFile</A></CODE></TD>\r
 175 <TD ALIGN="right"><CODE>"RunnerConfig.xml"</CODE></TD>\r
 176 </TR>\r
 177 </FONT></TD>\r
 178 </TR>\r
 179 </TABLE>\r
 180 \r
 181 <P>\r
 182 \r
 183 <P>\r
 184 \r
 185 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 186 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 187 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.cluster.drmaa.<A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html" title="class in compbio.engine.cluster.drmaa">ClusterSession</A></TH>\r
 188 </TR>\r
 189 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 190 <A NAME="compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterSession.JOBID"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 191 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 192 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html#JOBID">JOBID</A></CODE></TD>\r
 193 <TD ALIGN="right"><CODE>"JOBID"</CODE></TD>\r
 194 </TR>\r
 195 </FONT></TD>\r
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 198 \r
 199 <P>\r
 200 \r
 201 <P>\r
 202 \r
 203 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 204 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 205 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.cluster.dundee.<A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html" title="class in compbio.engine.cluster.dundee">_QueueConstraints</A></TH>\r
 206 </TR>\r
 207 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 208 <A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.FIRST_MEMORY_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 209 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 210 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#FIRST_MEMORY_LIMIT">FIRST_MEMORY_LIMIT</A></CODE></TD>\r
 211 <TD ALIGN="right"><CODE>14000</CODE></TD>\r
 212 </TR>\r
 213 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 214 <A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.LONG_TIME_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 215 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 216 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#LONG_TIME_LIMIT">LONG_TIME_LIMIT</A></CODE></TD>\r
 217 <TD ALIGN="right"><CODE>24</CODE></TD>\r
 218 </TR>\r
 219 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 220 <A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.MAX_MEMORY_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 221 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 222 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#MAX_MEMORY_LIMIT">MAX_MEMORY_LIMIT</A></CODE></TD>\r
 223 <TD ALIGN="right"><CODE>30000</CODE></TD>\r
 224 </TR>\r
 225 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 226 <A NAME="compbio.engine.cluster.dundee._QueueConstraints.SHORT_TIME_LIMIT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 227 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 228 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/dundee/_QueueConstraints.html#SHORT_TIME_LIMIT">SHORT_TIME_LIMIT</A></CODE></TD>\r
 229 <TD ALIGN="right"><CODE>8</CODE></TD>\r
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 231 </FONT></TD>\r
 232 </TR>\r
 233 </TABLE>\r
 234 \r
 235 <P>\r
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 237 <P>\r
 238 \r
 239 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 240 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 241 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.conf.<A HREF="compbio/engine/conf/_Key.html" title="class in compbio.engine.conf">_Key</A></TH>\r
 242 </TR>\r
 243 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 244 <A NAME="compbio.engine.conf._Key.DELIM"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 245 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 246 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/conf/_Key.html#DELIM">DELIM</A></CODE></TD>\r
 247 <TD ALIGN="right"><CODE>"#"</CODE></TD>\r
 248 </TR>\r
 249 </FONT></TD>\r
 250 </TR>\r
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 252 \r
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 254 \r
 255 <P>\r
 256 \r
 257 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 258 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 259 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.conf.<A HREF="compbio/engine/conf/DirectoryManager.html" title="class in compbio.engine.conf">DirectoryManager</A></TH>\r
 260 </TR>\r
 261 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 262 <A NAME="compbio.engine.conf.DirectoryManager.DELIM"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 263 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 264 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/conf/DirectoryManager.html#DELIM">DELIM</A></CODE></TD>\r
 265 <TD ALIGN="right"><CODE>"#"</CODE></TD>\r
 266 </TR>\r
 267 </FONT></TD>\r
 268 </TR>\r
 269 </TABLE>\r
 270 \r
 271 <P>\r
 272 \r
 273 <P>\r
 274 \r
 275 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 276 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 277 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.local.<A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html" title="class in compbio.engine.local">ExecutableWrapper</A></TH>\r
 278 </TR>\r
 279 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 280 <A NAME="compbio.engine.local.ExecutableWrapper.PROC_ERR_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 281 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 282 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html#PROC_ERR_FILE">PROC_ERR_FILE</A></CODE></TD>\r
 283 <TD ALIGN="right"><CODE>"procError.txt"</CODE></TD>\r
 284 </TR>\r
 285 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 286 <A NAME="compbio.engine.local.ExecutableWrapper.PROC_OUT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 287 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 288 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html#PROC_OUT_FILE">PROC_OUT_FILE</A></CODE></TD>\r
 289 <TD ALIGN="right"><CODE>"procOutput.txt"</CODE></TD>\r
 290 </TR>\r
 291 </FONT></TD>\r
 292 </TR>\r
 293 </TABLE>\r
 294 \r
 295 <P>\r
 296 \r
 297 <P>\r
 298 <A NAME="compbio.metadata"><!-- --></A>\r
 299 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 300 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 301 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
 302 compbio.metadata.*</FONT></TH>\r
 303 </TR>\r
 304 </TABLE>\r
 305 \r
 306 <P>\r
 307 \r
 308 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 309 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 310 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.metadata.<A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;</TH>\r
 311 </TR>\r
 312 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 313 <A NAME="compbio.metadata.PresetManager.LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 314 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 315 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html#LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</A></CODE></TD>\r
 316 <TD ALIGN="right"><CODE>"# LocalEngineExecutionLimit #"</CODE></TD>\r
 317 </TR>\r
 318 </FONT></TD>\r
 319 </TR>\r
 320 </TABLE>\r
 321 \r
 322 <P>\r
 323 \r
 324 <P>\r
 325 <A NAME="compbio.runner"><!-- --></A>\r
 326 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 327 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 328 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
 329 compbio.runner.*</FONT></TH>\r
 330 </TR>\r
 331 </TABLE>\r
 332 \r
 333 <P>\r
 334 \r
 335 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 336 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 337 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.<A HREF="compbio/runner/Util.html" title="class in compbio.runner">Util</A></TH>\r
 338 </TR>\r
 339 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 340 <A NAME="compbio.runner.Util.SPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 341 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 342 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/Util.html#SPACE">SPACE</A></CODE></TD>\r
 343 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 344 </TR>\r
 345 </FONT></TD>\r
 346 </TR>\r
 347 </TABLE>\r
 348 \r
 349 <P>\r
 350 \r
 351 <P>\r
 352 \r
 353 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 354 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 355 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A></TH>\r
 356 </TR>\r
 357 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 358 <A NAME="compbio.runner.msa.ClustalW.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 359 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 360 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/ClustalW.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 361 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 362 </TR>\r
 363 </FONT></TD>\r
 364 </TR>\r
 365 </TABLE>\r
 366 \r
 367 <P>\r
 368 \r
 369 <P>\r
 370 \r
 371 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 372 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 373 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/Mafft.html" title="class in compbio.runner.msa">Mafft</A></TH>\r
 374 </TR>\r
 375 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
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 395 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 396 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Muscle.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
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