website/manual_qs_client.html

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
   2 <!DOCTYPE html PUBLIC "XHTML 1.0 Strict" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="Last-modified" content="Mon, 4 Apr 2011 12:00:00 GMT"/>\r
   6 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) manual - getting started</title>\r
   7 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen,  projection, handheld, tv" />\r
   8 <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="print.css"/>\r
   9 \r
  10 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js"></script>\r
  11 </head>\r
  12 <body>\r
  13 <div id="page">\r
  14 <div id="banner">\r
  15 <table> \r
  16 <tr><td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif"  alt="University of Dundee" width="158" height="90" class="logo"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  17 <td class="bg"><img src="images/jabaws2.png" alt="JABAWS-2.0" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0"/></td>\r
  18 <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
  19 </tr>\r
  20 </table>\r
  21 </div><!-- banner end-->\r
  22 <div id="wrapper">\r
  23 <div id="panel">\r
  24 <a href="index.html">Home</a>\r
  25     <a class="selected" href="quick_start.html">Getting Started</a> \r
  26     <a href="man_about.html">Manual</a> \r
  27         <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/downloads/jabaws">Download</a>\r
  28     <a href="PublicAnnualStat" title="JABAWS server usage statistics">Usage Statistics</a>\r
  29          <a href="ServiceStatus" title="JABAWS webservices status. Click to test all web services. Please be patient while the services are being checked">Services Status</a>\r
  30         <a href="contacts.html">Contact Us</a>\r
  31     <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a></div>\r
  32 \r
  33 <!-- panel end-->       \r
  34 \r
  35 <div id="content">\r
  36 \r
  37 <h2 id="headtitle">Getting Started</h2>\r
  38 \r
  39 <h3><a name="whichjaba" id="whichjaba"></a>Choose a JABAWS distribution</h3>\r
  40 \r
  41 <table id="choicematrix">\r
  42 <tr>\r
  43   <th>I want to use JABAWS for...</th>\r
  44   <th>Quick Guide</th>\r
  45 </tr>\r
  46 <tr>\r
  47         <td>Running Muptiple Sequence Alignments through Jalview on my <strong>own</strong> computer</td>\r
  48     <td><a href="manual_qs_va.html#qsc">JABAWS Virtual Appliance (VA)</a></td>\r
  49 </tr>\r
  50 <tr>\r
  51   <td>Running JABAWS  on the <strong>cloud</strong>, for one or many users</td>\r
  52   <td><a href="man_awscloud.html">JABAWS on the Amazon cloud </a></td>\r
  53 </tr>\r
  54 <tr>\r
  55         <td>Running JABAWS for my group, lab, or organization on the <strong>local</strong> infrastructure </td>\r
  56     <td><a href="manual_qs_war.html#qsc">JABAWS Web Application aRchive (WAR)</a></td>\r
  57 </tr>\r
  58 <tr>\r
  59         <td>Accessing a JABAWS server from my own code</td>\r
  60     <td><a href="manual_qs_client.html#qsc">JABAWS Java Client</a></td>\r
  61 </tr>\r
  62 </table>\r
  63 \r
  64 \r
  65 \r
  66 \r
  67 <a name="qsc"/>\r
  68 <h3><a name="client"/>The JABAWS command line client</h3>\r
  69 <ul><li><a href=\r
  70 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/downloads/jabaws/get?id=min-jaba-client-2.0.jar">Download the Client Jar</a> (80 K)</li>\r
  71 </ul>\r
  72 <p>This is a single java archive which contains the JABAWS command line client. \r
  73 It requires Java version 1.6 to run, and allows anyone who wants to connect \r
  74 to and to use JABAWS from their own software. \r
  75 You can read more about how to use command line client <a href="man_client.html">in the CMD Client</a> section of the manual. \r
  76 You can also get command line help by changing to the directory where you downloaded the client jar, and typing:\r
  77 <ul>\r
  78         <li><span class="hightlight">java -jar jaba-client.jar</span></li>\r
  79 </ul>\r
  80 <p>A JABAWS server's Web Services are WS-I compliant. This means that you can access them from any \r
  81 language that has libraries or functions for consuming interoperable SOAP web services.\r
  82 <!-- PETER TODO Provide list of libraries for different languages --></p>\r
  83 </div> \r
  84 <!-- about end-->\r
  85 </div>\r
  86 <!-- content end--> \r
  87 <div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br/>\r
  88 Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
  89 </div><!-- wrapper end-->\r
  90 </div> <!-- page end-->\r
  91 \r
  92 <!-- Google analitics -->\r
  93 <script type="text/javascript">\r
  94 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
  95 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
  96 </script>\r
  97 <script type="text/javascript">\r
  98 try{\r
  99 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 100 pageTracker._trackPageview();\r
 101 } catch(err) {}\r
 102 </script>\r
 103 </body>\r
 104 </html>\r
 105 \r