Fix bug with DB checking in jpred.pl
authorSasha Sherstnev <a.sherstnev@dundee.ac.uk>
Fri, 4 Oct 2013 14:20:01 +0000 (15:20 +0100)
committerSasha Sherstnev <a.sherstnev@dundee.ac.uk>
Fri, 4 Oct 2013 14:20:01 +0000 (15:20 +0100)
binaries/src/jpred/jpred.pl

index a16a96a..436ae63 100755 (executable)
@@ -278,10 +278,12 @@ my $database = {
   },
 };
 
-my $dp = $database->{$db_entry}{database};
+my $dpf = $database->{$db_entry}{database}.'.pal';
+my $dpu = $database->{$db_entry}{unfiltered}.'.pal';
 pod2usage("ERROR! Input file should be provided with -sequence/-in")                                              unless $infile;
 pod2usage("ERROR! Unknown database at $db_path. Use -dbpath and -dbname for configuring the database")            unless exists $database->{$db_entry};
-pod2usage("ERROR! UNIREF database is not available at $dp. Use -dbpath and -dbname for configuring the database") unless -f $dp;
+pod2usage("ERROR! UNIREF filtered   database is not available at $dpf Use -dbpath and -dbname for configuring the database") unless -f $dpf;
+pod2usage("ERROR! UNIREF unfiltered database is not available at $dpu Use -dbpath and -dbname for configuring the database") unless -f $dpu;
 
 #####################################################################################################
 # lots of preparation steps