Add new method

Add new V3 namespace

Add method for reporting JABAWS namespace

report both operating and non-operating services

Changes which allow JpredWS test

Improved help message

merged conf/Executable.properties

Parameter bug fixed, Jalview will now run some parameters

A secondary parameters file with some Jalview friendly parameters

JWS-71 - nominal Limits for RNAFold service - necessary so 'drmaa
library not found' exception isn't raised when submitting to cluster

Clean-up, refactoring, commenting. Parameters file containts only options since Jalview still can't deal with them

JWS-69 RNAalifold Linux Binary

Merge branch 'RNAalifold' of https://source.jalview.org/git/jabaws into RNAalifold

conf/Executable.properties and compilebin.sh updated for linux.

Category.java updated to include new category for RNA folding. RNAalifoldParameters.xml cut down to a number of parameters which I think are needed and which work easily with Jalview

WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into the remote.

Import RNAalifold removed from RNAStructReader. @XmlSeeAlso line added
to ScoreManager.

Reverted some testing changes in TestRNAalifoldWS so that it will run
successfully.

Reverted some changes I made for testing back to their original states.

A third commit where there should have been one.... Everything is here
now I hope.

Update the last commit which missed some files. RNAStructScoreManager
replacing RNAStruct. Webservices returns ScoreManager!?!-

RNAStruct replaced by RNAStructScoreManager. Why does webservice
getAnnotation method still return a ScoreManager Not an
RNAStructScoreManager?!?

Webservices Actually working with ScoreManager

Webservice working with ScoreManager

Webservice Updated for scoremanager but I think I broke something on the way.

Alifold results are now parsed and stored in a ScoreManager object

Webservice which implements FoldWS and returns String. Parameters.xml file
updated in line with the RunnerConfig schema.

Merge branch 'JABAWS_Release_2_5' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_5

improve instruction for new web services

Fix problem with unknown global constants

Re-generated wsdl for old web services

JpredWS code and codes which provide support for JpredWS

Regenerated classes. No significant changes

Prepare JABAWS for generation of wsdl for Jpred

Add untracked dir

Add a file with the runnig command and environment in each wrok dir

Improve coding style

Change header

change header

Add untracked dir

Add a file with the runnig command and environment in each wrok dir

Improve coding style

change header

Change header

1st working Jpred tester

Check and correct several runner testers

Remove unused global varibles

Add test of parser of Jpred output

uncomment limit files in order to make some tests successful

Add results of tests of Jpred

Add Jpred result files

Webservice works! but only supports some parameters. Replacing RNAstuct
with String.

Necessary modifications in JABAWS for Jpred

Describe new parameters of Jpred

Modify Jpred for JABAWS

Simple datamodel for RNAalifold.exe output and method to convert from
fasta to clustal format and write clustal input files.

Parameters Tester updated. Untested webservice code. generate xsd/wsdl?

Basic Testing Setup, no getResults method yet

Add Java wrapper class for Jpred

Re-format configuration files

add results of one Jpred test

Add converion Jpred output from align/jnet to fasta

Change JABAWS version: 2.0.1 -> 2.5

Add new artwork

Impove coding style

Re-format the config files in order to get more readable files

JWS-67 configuration and manual file for jpred 3.0.1

JWS-67 Update internal man for jpred.pl

JWS-67 Add Jpred to configuration files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jabaws into develop

RNAalifold.java runner and RNAalifoldTester incomplete

Fix problem in a clean target

JWS-67 insert Jpred 3.0.1 sources into JABAWS

An attempt to sort out a warning in tomcat in Eclipse

Replace jar with GA sources: 1.0 -> 1.1

add list of ant targets

change code style

1. git rid of jaba (now jabaws is everywhere)
2. fix problem with the clearStatDB target

Replace jabaws-2.0.1 logo with jabaws-3.alpha logo

Update GoogleAnalytics jar.
bug fixed: tomcat did not stop after shutdown due to problem in the jar

merge JABAWS_Release_2_1 into develop

Correct log4j file

update derby.jar and add version number to the library

Improve shutdown of JABAWS and some code style improvements

improve logging system

Refactoring and code style improving

update derby.jar and add version number to the library

change a jsp page (make a link a real link)

change Eclipse configuration

re-configure log4j location in order to allow log4j using both in Eclipse and ant

Remove jar/zip files from git

Modify Eclipse configuration for log4j

Improve building process: log4j.properties is in a right place both in
jabaw.war and Eclipse building

Add SVG version of some logos

Add release date

Add funding page

Misprint correction

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1', 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Merge branches 'JABAWS_Release_2_1' and 'JABAWS_Release_2_1' of https://source.jalview.org/git/jabaws into JABAWS_Release_2_1

Conflicts:
website/man_about.html
Tweaked the wording a bit more - introduced standard man_about.html#jabaX.Y.Z style name anchor for update history

Change version number: 2.0 -> 2.0.1
add building min-client without log4j

Some small changes on web pages