build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6 plugins {
   7   id 'java'
   8   id 'application'
   9   id 'eclipse'
  10 }
  11
  12 repositories {
  13   jcenter()
  14   mavenCentral()
  15   mavenLocal()
  16   flatDir {
  17     dirs gradlePluginsDir
  18   }
  19 }
  20
  21 mainClassName = launcherClass
  22 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  23
  24 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  25
  26 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  27 def libDir
  28 def libDistDir
  29 def compile_source_compatibility
  30 def compile_target_compatibility
  31
  32 ext {
  33   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  34
  35   gitHash = ""
  36   gitBranch = ""
  37 }
  38
  39 def JAVA_INTEGER_VERSION
  40 //def additional_compiler_args = []
  41 // this property is for the Java library used in eclipse
  42 def eclipse_java_runtime_name
  43 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  44   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  45   //libDir = j8libDir
  46   libDir = j11libDir
  47   libDistDir = j8libDir
  48   compile_source_compatibility = 1.8
  49   compile_target_compatibility = 1.8
  50   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  51 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  52   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  53   libDir = j11libDir
  54   libDistDir = j11libDir
  55   compile_source_compatibility = 11
  56   compile_target_compatibility = 11
  57   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  58   /* compile without modules -- using classpath libraries
  59   additional_compiler_args += [
  60   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  61   '--add-modules', j11modules
  62   ]
  63   */
  64 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  65   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  66   libDir = j11libDir
  67   libDistDir = j11libDir
  68   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  69   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  70   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  71   /* compile without modules -- using classpath libraries
  72   additional_compiler_args += [
  73   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  74   '--add-modules', j11modules
  75   ]
  76   */
  77 } else {
  78   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  79 }
  80
  81 sourceSets {
  82
  83   main {
  84     java {
  85       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  86       outputDir = file("$classes")
  87     }
  88
  89     resources {
  90       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  91     }
  92
  93     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  94     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  95
  96     runtimeClasspath = compileClasspath
  97   }
  98
  99 }
 100
 101 eclipse {
 102   project {
 103     name = eclipse_project_name
 104
 105     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 106     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 107
 108     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 109     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 110   }
 111
 112   classpath {
 113     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 114     def removeThese = []
 115     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 116         removeThese += it
 117       }
 118     }
 119
 120     minusConfigurations += removeThese
 121     plusConfigurations = [ ]
 122     file {
 123
 124       whenMerged { cp ->
 125         def removeTheseToo = []
 126         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 127         cp.entries.each { entry ->
 128           if (entry.kind == 'src') {
 129             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 130               removeTheseToo += entry
 131             } else {
 132               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 133             }
 134           }
 135         }
 136         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 137
 138         cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 139         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 140         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 141
 142         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 143
 144         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 145         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 146         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 147           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 148           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 149             // don't add dirs to classpath
 150             return
 151           }
 152           def itPath = it.toString()
 153           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 154             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 155           }
 156           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 157             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 158           } else {
 159             //println("Adding entry "+itPath)
 160             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 161             addedLibPath.put(itPath, true)
 162           }
 163         }
 164       } // whenMerged
 165
 166     } // file
 167
 168     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 169   } // classpath
 170
 171   jdt {
 172     // for the IDE, use java 11 compatibility
 173     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 174     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 175     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 176
 177     /*
 178     file {
 179     withProperties { props ->
 180     def jalview_prefs = new Properties()
 181     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 182     jalview_prefs.load(ins)
 183     ins.close()
 184     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 185     if (props.getAt(t) == null) {
 186     props.putAt(t, v)
 187     }
 188     }
 189     }
 190     }
 191      */
 192   } // jdt
 193
 194   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 195   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 196 } // eclipse
 197
 198 /*
 199 compileJava {
 200
 201   doFirst {
 202     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 203     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 204     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 205     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 206   }
 207
 208 }
 209
 210 clean {
 211   delete sourceSets.main.java.outputDir
 212 }
 213 */
 214
 215 task jalviewjsUnzipFiles {
 216   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 217   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 218
 219   doLast {
 220     zipFiles.each { file_zip ->
 221       copy {
 222         from zipTree(file_zip)
 223         into jalviewjs_site_dir
 224       }
 225     }
 226   }
 227
 228   inputs.files zipFiles
 229   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 230 }
 231
 232 def eclipseBinary
 233 def eclipseDropinsDir
 234 def eclipsePluginsDir
 235 task jalviewjsEclipsePaths {
 236   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 237   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 238     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 239   }
 240         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 241     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 242                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 243                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 244                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 245         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 246                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 247                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 248                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 249         } else { // linux or unix
 250                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 251                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 252                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 253         }
 254   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 255 }
 256
 257 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 258   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 259   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 260   def outputDir = eclipseDropinsDir
 261
 262   from inputFiles
 263   into outputDir
 264   def outputFiles = []
 265   rename { filename ->
 266     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 267     null
 268   }
 269   outputs.files outputFiles
 270   inputs.files inputFiles
 271 }
 272
 273 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 274   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 275   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 276   def outputDir = eclipsePluginsDir
 277
 278   from inputFiles
 279   into outputDir
 280   def outputFiles = []
 281   rename { filename ->
 282     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 283     null
 284   }
 285   outputs.files outputFiles
 286   inputs.files inputFiles
 287 }
 288
 289 def tempEclipseWorkspace = ""
 290
 291 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 292   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 293   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 294     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 295     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 296   }
 297   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 298 }
 299
 300 task jalviewjsEclipseSetup {
 301   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 302   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 303   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 304 }
 305
 306
 307 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 308   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 309   def props = project.properties.sort { it.key }
 310   props.each { prop, val ->
 311     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 312       property(prop,val)
 313     }
 314   }
 315   outputs.file(outputFile)
 316 }
 317
 318 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 319   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 320   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 321
 322   from inputFiles
 323   into outputDir
 324   def outputFiles = []
 325   rename { filename ->
 326     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 327     null
 328   }
 329   outputs.files outputFiles
 330   inputs.files inputFiles
 331 }
 332
 333 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 334   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 335   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 336
 337   from inputFiles
 338   into outputDir
 339   def outputFiles = []
 340   rename { filename ->
 341     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 342     null
 343   }
 344   outputs.files outputFiles
 345   inputs.files inputFiles
 346 }
 347
 348 task cleanJalviewjs {
 349   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 350   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 351   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 352   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 353 }
 354
 355 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 356   // work out how to do this!
 357   dependsOn eclipseProject
 358   dependsOn eclipseClasspath
 359   dependsOn eclipseJdt
 360   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 361   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 362   executable(eclipseBinary)
 363   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 364
 365   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 366   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 367   outputs.dir(projdir)
 368 }
 369
 370 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 371   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 372   dependsOn jalviewjsProjectImport
 373   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 374   executable(eclipseBinary)
 375   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 376   inputs.dir(sourceDir)
 377   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 378   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 379   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 380 }
 381
 382 task jalviewjsBuildSite {
 383   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 384   dependsOn jalviewjsCopyResources
 385   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 386   dependsOn jalviewjsTranspile
 387 }
 388
 389 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 390   dependsOn jalviewjsBuildSite
 391   def outputFilename = "site.tar.gz"
 392   try {
 393     archiveFileName = outputFilename
 394   } catch (Exception e) {
 395     archiveName = outputFilename
 396   }
 397
 398   compression Compression.GZIP
 399
 400   from jalviewjs_site_dir
 401   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 402
 403   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 404 }
 405
 406 task jalviewjs {
 407   dependsOn jalviewjsBuildSite
 408 }
 409
 410 task jalviewjsServer {
 411   //dependsOn jalviewjsBuildSite
 412
 413   doLast {
 414     SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 415     def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 416     def add = 0
 417     def running = false
 418     while(add < 1000) {
 419       try {
 420         HttpFileServer server = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 421         running = true
 422       } catch (Exception e) {
 423         port++;
 424         add++;
 425       }
 426     }
 427     println("SERVER STARTED on http://localhost:"+port+"/ . Ctrc+C to kill it")
 428     java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 429   }
 430 }