build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6 plugins {
   7   id 'java'
   8   id 'application'
   9   id 'eclipse'
  10 }
  11
  12 repositories {
  13   jcenter()
  14   mavenCentral()
  15   mavenLocal()
  16   flatDir {
  17     dirs gradlePluginsDir
  18   }
  19 }
  20
  21 mainClassName = launcherClass
  22 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  23
  24 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  25
  26 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  27 def libDir
  28 def libDistDir
  29 def compile_source_compatibility
  30 def compile_target_compatibility
  31
  32 ext {
  33   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  34
  35   gitHash = ""
  36   gitBranch = ""
  37 }
  38
  39 def JAVA_INTEGER_VERSION
  40 //def additional_compiler_args = []
  41 // this property is for the Java library used in eclipse
  42 def eclipse_java_runtime_name
  43 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  44   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  45   //libDir = j8libDir
  46   libDir = j11libDir
  47   libDistDir = j8libDir
  48   compile_source_compatibility = 1.8
  49   compile_target_compatibility = 1.8
  50   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  51 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  52   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  53   libDir = j11libDir
  54   libDistDir = j11libDir
  55   compile_source_compatibility = 11
  56   compile_target_compatibility = 11
  57   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  58   /* compile without modules -- using classpath libraries
  59   additional_compiler_args += [
  60   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  61   '--add-modules', j11modules
  62   ]
  63   */
  64 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
  65   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
  66   libDir = j11libDir
  67   libDistDir = j11libDir
  68   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
  69   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
  70   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  71   /* compile without modules -- using classpath libraries
  72   additional_compiler_args += [
  73   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  74   '--add-modules', j11modules
  75   ]
  76   */
  77 } else {
  78   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  79 }
  80
  81 sourceSets {
  82
  83   main {
  84     java {
  85       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
  86       outputDir = file("$classes")
  87     }
  88
  89     resources {
  90       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
  91     }
  92
  93     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  94     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
  95
  96     runtimeClasspath = compileClasspath
  97   }
  98
  99 }
 100
 101 eclipse {
 102   project {
 103     name = eclipse_project_name
 104
 105     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 106     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 107
 108     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 109     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 110   }
 111
 112   classpath {
 113     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 114     def removeThese = []
 115     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 116         removeThese += it
 117       }
 118     }
 119
 120     minusConfigurations += removeThese
 121     plusConfigurations = [ ]
 122     file {
 123
 124       whenMerged { cp ->
 125         def removeTheseToo = []
 126         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 127         cp.entries.each { entry ->
 128           if (entry.kind == 'src') {
 129             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 130               removeTheseToo += entry
 131             } else {
 132               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 133             }
 134           }
 135         }
 136         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 137
 138         cp.entries += new Output("bin/main")
 139         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 140         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 141
 142         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 143
 144         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 145         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 146         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 147           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 148           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 149             // don't add dirs to classpath
 150             return
 151           }
 152           def itPath = it.toString()
 153           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 154             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 155           }
 156           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 157             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 158           } else {
 159             //println("Adding entry "+itPath)
 160             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 161             addedLibPath.put(itPath, true)
 162           }
 163         }
 164       } // whenMerged
 165
 166     } // file
 167
 168     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 169   } // classpath
 170
 171   jdt {
 172     // for the IDE, use java 11 compatibility
 173     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 174     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 175     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 176
 177     /*
 178     file {
 179     withProperties { props ->
 180     def jalview_prefs = new Properties()
 181     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 182     jalview_prefs.load(ins)
 183     ins.close()
 184     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 185     if (props.getAt(t) == null) {
 186     props.putAt(t, v)
 187     }
 188     }
 189     }
 190     }
 191      */
 192   } // jdt
 193
 194   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 195   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 196 } // eclipse
 197
 198 compileJava {
 199
 200   doFirst {
 201     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 202     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 203     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 204     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 205   }
 206
 207 }
 208
 209 clean {
 210   delete sourceSets.main.java.outputDir
 211 }
 212
 213
 214 task jalviewjs_unzipFiles {
 215   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 216   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 217
 218   doLast {
 219     zipFiles.each { file_zip ->
 220       copy {
 221         from zipTree(file_zip)
 222         into jalviewjs_site_dir
 223       }
 224     }
 225   }
 226
 227   inputs.files zipFiles
 228   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 229 }
 230
 231 def eclipseBinary
 232 def eclipseDropinsDir
 233 def eclipsePluginsDir
 234 task jalviewjs_eclipsePaths {
 235         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 236                 eclipseDropinsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/Contents/Eclipse/dropins"
 237                 eclipsePluginsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/Contents/Eclipse/plugins"
 238                 eclipseBinary = jalviewjs_eclipse_root+"/Contents/MacOS/eclipse"
 239         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check this!
 240                 eclipseDropinsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/dropins"
 241                 eclipsePluginsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/plugins"
 242                 eclipseBinary = jalviewjs_eclipse_root+"/eclipse"
 243         } else { // linux or unix
 244                 eclipseDropinsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/dropins"
 245                 eclipsePluginsDir = jalviewjs_eclipse_root+"/plugins"
 246                 eclipseBinary = jalviewjs_eclipse_root+"/eclipse"
 247         }
 248 }
 249
 250 task jalviewjs_eclipse_copy_dropins (type: Copy) {
 251   dependsOn jalviewjs_eclipsePaths
 252   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 253   def outputDir = eclipseDropinsDir
 254   from inputFiles
 255   into outputDir
 256   inputs.files inputFiles
 257   //outputs.dir outputDir
 258 }
 259
 260 task jalviewjs_eclipse_copy_plugins (type: Copy) {
 261   dependsOn jalviewjs_eclipsePaths
 262   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 263   def outputDir = eclipsePluginsDir
 264   from inputFiles
 265   into outputDir
 266   //inputs.files inputFiles
 267   //outputs.dir outputDir
 268 }
 269
 270 def tempEclipseWorkspace = ""
 271
 272 task jalviewjs_setTempEclipseWorkspace {
 273   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 274   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 275     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 276     //tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 277   }
 278 }
 279
 280 task jalviewjs_eclipse_setup {
 281   dependsOn jalviewjs_eclipse_copy_dropins
 282   dependsOn jalviewjs_eclipse_copy_plugins
 283   dependsOn jalviewjs_setTempEclipseWorkspace
 284 }
 285
 286 task jalviewjs_createJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 287   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 288   def props = project.properties.sort { it.key }
 289   props.each { prop, val ->
 290         if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 291                 property(prop,val)
 292         }
 293   }
 294   outputs.file(outputFile)
 295 }
 296
 297 task jalviewjs_copyResources (type: Copy) {
 298   from fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 299   into jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 300 }
 301
 302 task jalviewjs_copySiteResources (type: Copy) {
 303   from fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 304   into jalviewjs_site_dir
 305 }
 306
 307 task cleanJalviewjsSite {
 308   //delete jalviewjs_site_dir
 309 }
 310
 311 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 312   // work out how to do this!
 313   //dependsOn eclipse
 314   dependsOn jalviewjs_eclipsePaths
 315   dependsOn jalviewjs_eclipse_setup
 316   executable(eclipseBinary)
 317   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 318
 319   def tempdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview"
 320   outputs.dir(tempdir)
 321 }
 322
 323 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 324   dependsOn jalviewjsProjectImport
 325   dependsOn jalviewjs_eclipsePaths
 326   executable(eclipseBinary)
 327   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 328 }
 329
 330 task jalviewjsBuildSite {
 331   dependsOn jalviewjs_unzipFiles
 332   dependsOn jalviewjs_copyResources
 333   dependsOn jalviewjs_copySiteResources
 334   dependsOn jalviewjsTranspile
 335 }
 336
 337 task jalviewjs {
 338   dependsOn jalviewjs_createJ2sSettings
 339   dependsOn jalviewjsBuildSite
 340 }